// Событие на оформление заказа
$event = Main\EventManager::getInstance()->addEventHandler(
    'sale',
    'OnSaleOrderBeforeSaved',
    'writeOffBonus'
);

function writeOffBonus(Main\Event $event)
{
    if ($_SESSION['order_bonus']) { // Проверяем, новый заказ ли и используются ли бонусы?
        $order = $event->getParameter('ENTITY');
        $order_id = $order->getField('ACCOUNT_NUMBER');
        $order_bonus = $_SESSION['order_bonus'];

        $paymentCollection = $order->getPaymentCollection();

        // Добавление нового платежа
        $service = PaySystem\Manager::getObjectById(PAYMENT_BONUS_ID);
        if ($service) {
            $payment = $paymentCollection->createItem($service);
            $payment->setField('SUM', $order_bonus);
            $payment->setPaid("Y");

            // Списание бонусов внутри магазина
            changeBonusLocalUser($order_id, $order_bonus);

            // Списание бонуса в сервисе
            changeBonusExternalUser($order_bonus);
        }

        // Редактирование первого платежа
        $fields = array();
        $payment = $paymentCollection[0];
        if($payment) {
            $fields = $payment->getFieldValues();
            $sum = $fields['SUM'] - $order_bonus;
            $payment->setField('SUM', $sum);
        }

        // Уничтожаем сессию которая больше не нужна
        unset($_SESSION['order_bonus']);
    }
}