$userSubQuery = UserProject::find()->select('project_id')->where(['user_id' => Yii::$app->user->id])

$model = Project::find()
    ->where(['id' => $id]) // view action, GET-ből jön a $id, listázónál csak ez a sor a különbség
    ->andWhere(['!=','status', Project::STATUS_DELETED]) // Töröltet ne találjon meg
    ->andWhere(['id' => $userSubQuery])
    ->one();