Игроки

struct Player
{
    ...
};

void Main()
{
    const int NUMBER__RESERVED = -1; //номер зарезервирован

    const int N = 20;
    int* freeNums = new int[N];

    //заполнение игроков из файла
    for  (int i=0; i < N; i++)
    {
        ...
        freeNums[i] = i;
    }

    //первый проход
    for (int i = 0; i < N; i++)
    {
        if (Player[i].clubnumb == i + 1 && freeNums[i] != NUMBER__RESERVED)
        {
            Player[i].nationnumb = i + 1;
            freeNums[i]          = NUMBER__RESERVED;
        }
    }

    //второй проход
    for (int i = 0; i < N; i++)
    {
        if(freeNums[i] != NUMBER__RESERVED)
            Player[i].nationnumb = i + 1;
    }
}