<?php

    $host = "localhost";
    $db_user = "root";
    $db_pass = "123456";
    $database = "database";

    $db = new mysqli($host, $db_user, $db_pass, $database);

?>

<?php

    class Token
    {
        function usuarioToken($token)
        {
            include("../modules/config.php");

            // Seleccion de datos segun token
            $sql = "SELECT * FROM `tokens` WHERE `token`='".$token."'";
            $db->query($sql);
            $buffer = [];
            while ($data = $db->fetch_assoc) {
                $buffer[] = $data["id"];
            }
            return $buffer;
        }
    }

?>

<?php

    include("../classes/token.php");

    $token = new Token();

    print_r( $token->usuarioToken($_GET["t"]) );

?>

Array ( )

class Token
{
    function usuarioToken($token)
    {
        include("../modules/config.php");

        // Seleccion de datos segun token
        $sql = "SELECT * FROM `tokens` WHERE `token`='".$token."'";
        $resultado=$db->query($sql); //Resultado de la consulta
        $buffer = [];
        while ($data = $resultado->fetch_assoc()) { //con ()
            $buffer[] = $data["id"];
        }
        return $buffer;
    }
}

class Token
{
    function usuarioToken($token)
    {
        include("../modules/config.php");

        if ($db)
        {

            // Seleccion de datos segun token
            $sql = "SELECT id FROM `tokens` WHERE `token`=?";  //Parece que sólo quieres el id

            $stmt=$db->prepare($sql);

            if ($stmt){
            $stmt->bind_param("s", $token);
            $stmt->execute();
            $stmt->store_result();
            $resultado=$db->query($sql); //Resultado de la consulta
            $buffer = [];
            while ($data = $resultado->fetch_assoc()) { //con ()
                $buffer[] = $data["id"];
            }

            return $buffer;
            $stmt->close();

            }else{

                echo "Error preparando la consulta";

            }

        //Cerrar $db si es preciso

        }else{

            echo "Error en la conexión";

        }


    }
}