DNA comparison

<head>
<style>
body {
    font-family:Monospace;
    font-size:20;
}
</style>
<script>
function prot() {
    location.href = "prot.php";
}
function arn() {
    location.href = "arn.php";
}
</script>
</head>

<body>
<?php
for ($i = 0; $i <= 10; $i++) {
    $str[$i] = htmlspecialchars($_POST['in'.$i]);
}

if (!$str[1] == null) {
    goto c;              // Si le formulaire a déjà été rempli, on n'affiche pas le formulaire
}
echo "
<form action='adn.php' method='post'>
    Collez la s&eacute;quence ADN de r&eacute;f&eacute;rence ici : <br/>
    <input name=\"in0\" id=\"in0\" type=textarea /><br/>
    <br/>
    Collez ensuite les s&eacute;quences &agrave; comparer, jusqu'&agrave 10 :<br/>
    <input name=\"in1\" id=\"in1\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in2\" id=\"in2\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in3\" id=\"in3\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in4\" id=\"in4\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in5\" id=\"in5\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in6\" id=\"in6\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in7\" id=\"in7\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in8\" id=\"in8\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in9\" id=\"in9\" type=textarea /><br/>
    <input name=\"in10\" id=\"in10\" type=textarea /><br/>
    <br/>
    <input name=\"ok\" id=\"ok\" type=submit value=Comparer! /><br/>
</form>
<br/><br/><br/><br/>Autres fonctions : <br/>
<input type=button onClick='prot();' value='Traduire ARNm en protéine' /><br/>
<input type=button onClick='arn();' value='Transcrire ADN en ARN' /><br/>
";

c: //pour goto


if ($str[1] == null) {
    exit();              // Si le formulaire n'a pas été rempli, exit
}
for ($i = 1; $i <= 10; $i++) {
    $str_fin[$i] = null;
    $str_cur[$i] = $str[$i];
    $str_cur[0] = $str[0]; //La séqu de réf arrive à null après chaque tour
    $count_id[$i] = 0; //nb de nucléotides en commun à réf ($str[0]) pour faire %id
    $count_total[$i] = strlen($str[$i]); //taille totale de la chaîne à comparer pour faire %id
    while (!$str_cur[0] == null) {
        $str_tmp[$i] = substr($str_cur[$i], 0, 1); //ATGC : prend A
        $str_cur[$i] = substr($str_cur[$i], 1); // ATGC : prend TGC
        $str_tmp[0] = substr($str_cur[0], 0, 1); //ATGC : prend A
        $str_cur[0] = substr($str_cur[0], 1); // ATGC : prend TGC
        if ($str_tmp[$i] == $str_tmp[0]) {
            $str_fin[$i] = $str_fin[$i]."-";
            $count_id[$i] = $count_id[$i] + 1; // +1 nd en commun avec ref ($str[0])
        } elseif ($str_tmp[$i] == null) { // pas de nd alors que réf en a
            $str_fin[$i] = $str_fin[$i]."_";
            $count_total[$i] = $count_total[$i] +1;
        } else {
            $str_fin[$i] = $str_fin[$i].$str_tmp[$i];
        }
    }
    if (!$count_total[$i] == null) {
        $pourcent_id[$i] = $count_id[$i] / $count_total[$i];
        $pourcent_id[$i] = $pourcent_id[$i] * 100;
        $pourcent_id[$i] = round($pourcent_id[$i], 2);
    }
}

// Affichage
if (!$str[0] == null) {
        echo "Traitement terminé <br/><br/><u>Affichage des comparaisons :</u><br/>".$str[0]." <- référence";
        for ($i = 1; $i <=10; $i++) {
            if (!$str[$i] == null) {
                echo "<br/><span id=\"out".$i."str\" name=\"out".$i."str\">".$str_fin[$i]."</span>, soit <span id=\"out".$i."int\" name=\"out".$i."int\">".$pourcent_id[$i]."</span>% d'identité.";
            }
    }
    echo "<br/><br/>La première séquence est la séquence de référence, et les tirets sur les autres <br/>séquences montrent des similitudes par rapport à la séquence de référence.";
}


?>
<br/><br/>
<small>Cr&eacute;&eacute; par Hugo en php - (c) hugoland.fr<br/>
Code source (pour les curieux...) <a href="http://pastebin.com/as2s8aCx">ici</a></small>
</body>