Codice Allineamento contro genoma FARGA

cd /home/genomica/DATA/GENOLICS/RUN/GENOLICS_R_Leccino_Confronti
mkdir Sonde_FARGA_controFARGA
cd Sonde_FARGA_controFARGA

#Copiare le sonde SondeFARGA.fasta tramite pannello di controllo nella cartella

Indicizzare il genoma di FARGA
#buildindex(basename = "index", reference="/home/genomica/DATA/Databases/BLAST/Genoma_FARGA/OE6_Farga/Oe6.scaffolds.fa")

#Librerie da importare
library(Rsubread)

##Individuazione file da utilizzare per l'allineamento a Leccino
fastqPath_R1 <- list.files("//home/genomica/DATA/GENOLICS/Sonde_FARGA_controFARGA", pattern="fasta$", full=TRUE)

##Creazione dei .BAM di allineamento
align(index="index", maxMismatches=1, readfile1=fastqPath_R1, input_format="FASTA", output_format="BAM")

samtools sort SondeFASTA.fasta.subread.BAM > SondeFASTA.sorted.BAM
samtools index SondeFASTA.sorted.BAM
bamCoverage -b SondeFASTA.sorted.BAM --normalizeUsing RPKM -o SondeFASTA.bw --verbose --numberOfProcessors max/2 --binSize 1