mRNA -> protein translation

<head>
<style>
body {
    font-family:Monospace;
    font-size:20;
}
</style>
<script>
function adn() {
    location.href = "adn.php";
}
function arn() {
    location.href = "arn.php";
}
</script>
</head>

<body>
<?php
for ($i = 1; $i <= 10; $i++) {
    $str[$i] = htmlspecialchars($_POST['in'.$i]);
}

if (!$str[1] == null) {
    goto c;              // Si le formulaire a déjà été rempli, on n'affiche pas le formulaire
}
echo "
<form action='prot.php' method='post'>
    Collez les s&eacute;quences ARNm à traduire ici : <br/>
    <input name=in1 type=textarea /><br/>
    <input name=in2 type=textarea /><br/>
    <input name=in3 type=textarea /><br/>
    <input name=in4 type=textarea /><br/>
    <input name=in5 type=textarea /><br/>
    <input name=in6 type=textarea /><br/>
    <input name=in7 type=textarea /><br/>
    <input name=in8 type=textarea /><br/>
    <input name=in9 type=textarea /><br/>
    <input name=in10 type=textarea /><br/>
    <br/>
    <input type=submit value=Traduire! /><br/>
</form>
<br/><br/><br/><br/>Autres fonctions : <br/>
<input type=button onClick='adn();' value='Comparer des séquences ADN' /><br/>
<input type=button onClick='arn();' value='Transcrire ADN en ARN' /><br/>
";

c: //pour goto

if ($str[1] == null) {
    exit();              // Si le formulaire n'a pas été rempli, exit
}

//liste des codons valides, sauf les codons stop :
$liste1 = array(
"AAA" => "Lys",
"AAC" => "Asn",
"AAG" => "Lys",
"AAU" => "Asn",
"ACA" => "Thr",
"ACC" => "Thr",
"ACG" => "Thr",
"ACU" => "Thr",
"AGA" => "Arg",
"AGC" => "Ser",
"AGG" => "Arg",
"AGU" => "Ser",
"AUA" => "Ile",
"AUC" => "Ile",
"AUG" => "Met",
"AUU" => "Ile",
"CAA" => "Gln",
"CAC" => "His",
"CAG" => "Gln",
"CAU" => "His",
"CCA" => "Pro",
"CCC" => "Pro",
"CCG" => "Pro",
"CCU" => "Pro",
"CGA" => "Arg",
"CGC" => "Arg",
"CGG" => "Arg",
"CGU" => "Arg",
"CUA" => "Leu",
"CUC" => "Leu",
"CUG" => "Leu",
"CUU" => "Leu",
"GAA" => "Glu",
"GAC" => "Asp",
"GAG" => "Glu",
"GAU" => "Asp",
"GCA" => "Ala",
"GCC" => "Ala",
"GCG" => "Ala",
"GCU" => "Ala",
"GGA" => "Gly",
"GGC" => "Gly",
"GGG" => "Gly",
"GGU" => "Gly",
"GUA" => "Val",
"GUC" => "Val",
"GUG" => "Val",
"GUU" => "Val",

"UAC" => "Tyr",

"UAU" => "Tyr",
"UCA" => "Ser",
"UCC" => "Ser",
"UCG" => "Ser",
"UCU" => "Ser",

"UGC" => "Cys",
"UGG" => "Trp",
"UGU" => "Cys",
"UUA" => "Leu",
"UUC" => "Phe",
"UUG" => "Leu",
"UUU" => "Phe"
);

for ($i = 1; $i <= 10; $i++) {
    // echo $i; //debug
    $str_fin[$i] = null;
    $str_cur[$i] = $str[$i];
    while (!$str_cur[$i] == null) {
        $str_tmp[$i] = substr($str_cur[$i], 0, 3); //ATGCCTGGCTA : prend ATG
        $str_cur[$i] = substr($str_cur[$i], 3); //ATGCCTGGCTA : prend CCTGGCTA (le reste)
        // echo "cur:".$str_cur[$i]." tmp:".$str_tmp[$i]."<br/>"; //debug
        if ($str_tmp[$i] == "UGA" || $str_tmp[$i] == "UAG" || $str_tmp[$i] == "UAA") {
            echo "<br/>Codon stop détecté : ".$str_tmp[$i]." dans la chaîne numéro ".$i."<br/>";
            break; // Si codon stop, on arrête le while
        }
        foreach ($liste1 as $A => $B) {
            // echo $A.$B.$str_tmp[$i].$str_fin[$i]."<br/>"; //debug
            if ($str_tmp[$i] == $A) {
                $str_fin[$i] = $str_fin[$i].$B;
            }
            if (!strlen($str_tmp[$i]) == 3) {
                $str_fin[$i] = $str_fin[$i]."<font color='red'>ERR</font>";
            }
        }
        //echo $str_fin[$i]; //debug
    }
}

// Affichage
if (!$str[1] == null) {
    echo "Traitement terminé <br/><br/><u>Affichage des séquences ARN et peptidiques :</u><br/>";
    for ($i = 1; $i <=10; $i++) {
        if (!$str[$i] == null) {
            echo "<br/>".$str[$i]."<br/>".$str_fin[$i]."<br/>";
        }
    }
}


?>
<br/>
<small>Cr&eacute;&eacute; par Hugo en php - (c) hugoland.fr<br/>
Code source (pour les curieux...) <a href="http://pastebin.com/ZdGyVb8G">ici</a></small>
</body>