daily pastebin goal
31%
SHARE
TWEET

Untitled

a guest Jul 19th, 2018 50 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. ```python
  2. import mygene
  3. mg = mygene.MyGeneInfo()
  4. mg.querymany("BRCA1", returnall=True)
  5. ```
  6.  
  7.     querying 1-1...done.
  8.     Finished.
  9.     1 input query terms found no hit:
  10.         ['BRCA1']
  11.  
  12.  
  13.  
  14.  
  15.  
  16.     {'out': [{'query': 'BRCA1', 'notfound': True}],
  17.      'dup': [],
  18.      'missing': ['BRCA1']}
  19.  
  20.  
  21.  
  22.  
  23. ```python
  24. mg.query("BRCA1", returnall=True)
  25. ```
  26.  
  27.  
  28.  
  29.  
  30.     {'max_score': 428.93326,
  31.      'took': 33,
  32.      'total': 4778,
  33.      'hits': [{'_id': '672',
  34.        '_score': 428.93326,
  35.        'entrezgene': 672,
  36.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  37.        'symbol': 'BRCA1',
  38.        'taxid': 9606},
  39.       {'_id': '12189',
  40.        '_score': 363.50424,
  41.        'entrezgene': 12189,
  42.        'name': 'breast cancer 1, early onset',
  43.        'symbol': 'Brca1',
  44.        'taxid': 10090},
  45.       {'_id': '497672',
  46.        '_score': 309.35406,
  47.        'entrezgene': 497672,
  48.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  49.        'symbol': 'Brca1',
  50.        'taxid': 10116},
  51.       {'_id': '101814437',
  52.        '_score': 290.66235,
  53.        'entrezgene': 101814437,
  54.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  55.        'symbol': 'BRCA1',
  56.        'taxid': 59894},
  57.       {'_id': '100347269',
  58.        '_score': 290.66235,
  59.        'entrezgene': 100347269,
  60.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  61.        'symbol': 'BRCA1',
  62.        'taxid': 9986},
  63.       {'_id': '101429125',
  64.        '_score': 290.66235,
  65.        'entrezgene': 101429125,
  66.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  67.        'symbol': 'BRCA1',
  68.        'taxid': 9361},
  69.       {'_id': '110388719',
  70.        '_score': 290.66235,
  71.        'entrezgene': 110388719,
  72.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  73.        'symbol': 'BRCA1',
  74.        'taxid': 8996},
  75.       {'_id': '106858689',
  76.        '_score': 290.66235,
  77.        'entrezgene': 106858689,
  78.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  79.        'symbol': 'BRCA1',
  80.        'taxid': 9172},
  81.       {'_id': '106948321',
  82.        '_score': 290.66235,
  83.        'entrezgene': 106948321,
  84.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  85.        'symbol': 'brca1',
  86.        'taxid': 48699},
  87.       {'_id': '109963046',
  88.        '_score': 290.66235,
  89.        'entrezgene': 109963046,
  90.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  91.        'symbol': 'brca1',
  92.        'taxid': 43700}]}
  93.  
  94.  
  95.  
  96.  
  97. ```python
  98. mg.querymany("BRCA1", species='human', fields="ensembl,symbol,hgnc,alias", scopes="symbol,alias", returnall=True)
  99. ```
  100.  
  101.     querying 1-1...done.
  102.     Finished.
  103.     1 input query terms found dup hits:
  104.         [('BRCA1', 2)]
  105.  
  106.  
  107.  
  108.  
  109.  
  110.     {'out': [{'query': 'BRCA1',
  111.        '_id': '672',
  112.        '_score': 85.786644,
  113.        'alias': ['BRCAI',
  114.         'BRCC1',
  115.         'BROVCA1',
  116.         'FANCS',
  117.         'IRIS',
  118.         'PNCA4',
  119.         'PPP1R53',
  120.         'PSCP',
  121.         'RNF53'],
  122.        'ensembl': {'gene': 'ENSG00000012048',
  123.         'protein': ['ENSP00000312236',
  124.          'ENSP00000326002',
  125.          'ENSP00000350283',
  126.          'ENSP00000397145',
  127.          'ENSP00000417148',
  128.          'ENSP00000417241',
  129.          'ENSP00000417554',
  130.          'ENSP00000417988',
  131.          'ENSP00000418212',
  132.          'ENSP00000418548',
  133.          'ENSP00000418775',
  134.          'ENSP00000418819',
  135.          'ENSP00000418960',
  136.          'ENSP00000418986',
  137.          'ENSP00000419103',
  138.          'ENSP00000419274',
  139.          'ENSP00000419481',
  140.          'ENSP00000419988',
  141.          'ENSP00000420201',
  142.          'ENSP00000420253',
  143.          'ENSP00000420412',
  144.          'ENSP00000420705',
  145.          'ENSP00000420781',
  146.          'ENSP00000465347',
  147.          'ENSP00000465818',
  148.          'ENSP00000467329',
  149.          'ENSP00000478114',
  150.          'ENSP00000489431',
  151.          'ENSP00000494614',
  152.          'ENSP00000495897',
  153.          'ENSP00000496570'],
  154.         'transcript': ['ENST00000352993',
  155.          'ENST00000354071',
  156.          'ENST00000357654',
  157.          'ENST00000412061',
  158.          'ENST00000461221',
  159.          'ENST00000461574',
  160.          'ENST00000461798',
  161.          'ENST00000468300',
  162.          'ENST00000470026',
  163.          'ENST00000471181',
  164.          'ENST00000472490',
  165.          'ENST00000473961',
  166.          'ENST00000476777',
  167.          'ENST00000477152',
  168.          'ENST00000478531',
  169.          'ENST00000484087',
  170.          'ENST00000487825',
  171.          'ENST00000489037',
  172.          'ENST00000491747',
  173.          'ENST00000492859',
  174.          'ENST00000493795',
  175.          'ENST00000493919',
  176.          'ENST00000494123',
  177.          'ENST00000497488',
  178.          'ENST00000586385',
  179.          'ENST00000591534',
  180.          'ENST00000591849',
  181.          'ENST00000618469',
  182.          'ENST00000621897',
  183.          'ENST00000634433',
  184.          'ENST00000642945',
  185.          'ENST00000644379',
  186.          'ENST00000644555'],
  187.         'translation': [{'protein': 'ENSP00000312236', 'rna': 'ENST00000352993'},
  188.          {'protein': 'ENSP00000350283', 'rna': 'ENST00000357654'},
  189.          {'protein': 'ENSP00000418960', 'rna': 'ENST00000471181'},
  190.          {'protein': 'ENSP00000417148', 'rna': 'ENST00000468300'},
  191.          {'protein': 'ENSP00000496570', 'rna': 'ENST00000644379'},
  192.          {'protein': 'ENSP00000465818', 'rna': 'ENST00000586385'},
  193.          {'protein': 'ENSP00000467329', 'rna': 'ENST00000591534'},
  194.          {'protein': 'ENSP00000465347', 'rna': 'ENST00000591849'},
  195.          {'protein': 'ENSP00000418775', 'rna': 'ENST00000493795'},
  196.          {'protein': 'ENSP00000418548', 'rna': 'ENST00000461221'},
  197.          {'protein': 'ENSP00000420705', 'rna': 'ENST00000491747'},
  198.          {'protein': 'ENSP00000419481', 'rna': 'ENST00000484087'},
  199.          {'protein': 'ENSP00000420412', 'rna': 'ENST00000478531'},
  200.          {'protein': 'ENSP00000418819', 'rna': 'ENST00000493919'},
  201.          {'protein': 'ENSP00000418212', 'rna': 'ENST00000487825'},
  202.          {'protein': 'ENSP00000417241', 'rna': 'ENST00000461574'},
  203.          {'protein': 'ENSP00000326002', 'rna': 'ENST00000354071'},
  204.          {'protein': 'ENSP00000489431', 'rna': 'ENST00000634433'},
  205.          {'protein': 'ENSP00000397145', 'rna': 'ENST00000412061'},
  206.          {'protein': 'ENSP00000419274', 'rna': 'ENST00000470026'},
  207.          {'protein': 'ENSP00000419988', 'rna': 'ENST00000477152'},
  208.          {'protein': 'ENSP00000420253', 'rna': 'ENST00000492859'},
  209.          {'protein': 'ENSP00000418986', 'rna': 'ENST00000497488'},
  210.          {'protein': 'ENSP00000419103', 'rna': 'ENST00000494123'},
  211.          {'protein': 'ENSP00000420201', 'rna': 'ENST00000473961'},
  212.          {'protein': 'ENSP00000495897', 'rna': 'ENST00000642945'},
  213.          {'protein': 'ENSP00000417554', 'rna': 'ENST00000476777'},
  214.          {'protein': 'ENSP00000417988', 'rna': 'ENST00000461798'},
  215.          {'protein': 'ENSP00000420781', 'rna': 'ENST00000489037'},
  216.          {'protein': 'ENSP00000494614', 'rna': 'ENST00000644555'},
  217.          {'protein': 'ENSP00000478114', 'rna': 'ENST00000618469'}],
  218.         'type_of_gene': 'protein_coding'},
  219.        'symbol': 'BRCA1'},
  220.       {'query': 'BRCA1',
  221.        '_id': '394269',
  222.        '_score': 3.1628551,
  223.        'alias': ['LBRCA1', 'PsiBRCA1', 'pseudo-BRCA1'],
  224.        'symbol': 'BRCA1P1'}],
  225.      'dup': [('BRCA1', 2)],
  226.      'missing': []}
  227.  
  228.  
  229.  
  230.  
  231. ```python
  232. mg.querymany("BRCA1", scopes="symbol,alias", returnall=True)
  233. ```
  234.  
  235.     querying 1-1...done.
  236.     Finished.
  237.     1 input query terms found dup hits:
  238.         [('BRCA1', 10)]
  239.  
  240.  
  241.  
  242.  
  243.  
  244.     {'out': [{'query': 'BRCA1',
  245.        '_id': '672',
  246.        '_score': 85.42936,
  247.        'entrezgene': 672,
  248.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  249.        'symbol': 'BRCA1',
  250.        'taxid': 9606},
  251.       {'query': 'BRCA1',
  252.        '_id': '12189',
  253.        '_score': 73.24706,
  254.        'entrezgene': 12189,
  255.        'name': 'breast cancer 1, early onset',
  256.        'symbol': 'Brca1',
  257.        'taxid': 10090},
  258.       {'query': 'BRCA1',
  259.        '_id': '497672',
  260.        '_score': 61.91373,
  261.        'entrezgene': 497672,
  262.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  263.        'symbol': 'Brca1',
  264.        'taxid': 10116},
  265.       {'query': 'BRCA1',
  266.        '_id': '101814437',
  267.        '_score': 58.15771,
  268.        'entrezgene': 101814437,
  269.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  270.        'symbol': 'BRCA1',
  271.        'taxid': 59894},
  272.       {'query': 'BRCA1',
  273.        '_id': '109626726',
  274.        '_score': 58.15771,
  275.        'entrezgene': 109626726,
  276.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  277.        'symbol': 'brca1',
  278.        'taxid': 8255},
  279.       {'query': 'BRCA1',
  280.        '_id': '100347269',
  281.        '_score': 58.15771,
  282.        'entrezgene': 100347269,
  283.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  284.        'symbol': 'BRCA1',
  285.        'taxid': 9986},
  286.       {'query': 'BRCA1',
  287.        '_id': '101429125',
  288.        '_score': 58.15771,
  289.        'entrezgene': 101429125,
  290.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  291.        'symbol': 'BRCA1',
  292.        'taxid': 9361},
  293.       {'query': 'BRCA1',
  294.        '_id': '106858689',
  295.        '_score': 58.15771,
  296.        'entrezgene': 106858689,
  297.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  298.        'symbol': 'BRCA1',
  299.        'taxid': 9172},
  300.       {'query': 'BRCA1',
  301.        '_id': '110388719',
  302.        '_score': 58.15771,
  303.        'entrezgene': 110388719,
  304.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  305.        'symbol': 'BRCA1',
  306.        'taxid': 8996},
  307.       {'query': 'BRCA1',
  308.        '_id': '102289404',
  309.        '_score': 58.15771,
  310.        'entrezgene': 102289404,
  311.        'name': 'BRCA1, DNA repair associated',
  312.        'symbol': 'brca1',
  313.        'taxid': 8153}],
  314.      'dup': [('BRCA1', 10)],
  315.      'missing': []}
RAW Paste Data
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy. OK, I Understand
 
Top