$queryObj = ElementTable::query()
    ->where([
        ['IBLOCK.CODE', 'apartments'], ['ACTIVE', 'Y'], // получаю только активные элементы из инфоблока "Квартиры"
        ['APARTMENT_PROPERTY.CODE', 'LAYOUTS_ID'], // получаю только свойство с кодом LAYOUTS_ID (привязка к эл. инфоблока "Квартиры")
        ['LAYOUT_PROPERTY.CODE', 'COMPLEX_ID'], // получаю только свойство с кодом COMPLEX_ID (привязка к эл. инфоблока "Планировки")
    ])

    ->registerRuntimeField(new Reference( // получаю таблицу свойств инфоблока "Квартиры"
        'APARTMENT_PROPERTY',
        PropertyTable::class,
        Join::on('this.APARTMENT_ELEMENT_PROPERTY.IBLOCK_PROPERTY_ID', 'ref.ID')
    ))
    ->registerRuntimeField(new Reference( // получаю таблицу значений свойств инфоблока "Квартиры"
        'APARTMENT_ELEMENT_PROPERTY',
        ElementPropertyTable::class,
        Join::on('this.ID', 'ref.IBLOCK_ELEMENT_ID')
    ))

    ->registerRuntimeField(new Reference( // получаю таблицу элементов инфоблока "Планировки"
        'LAYOUT',
        ElementTable::class,
        Join::on('this.APARTMENT_ELEMENT_PROPERTY.VALUE', 'ref.ID')
    ))
    ->registerRuntimeField(new Reference( // получаю таблицу свойств инфоблока "Планировки"
        'LAYOUT_PROPERTY',
        PropertyTable::class,
        Join::on('this.LAYOUT_ELEMENT_PROPERTY.IBLOCK_PROPERTY_ID', 'ref.ID')
    ))
    ->registerRuntimeField(new Reference( // получаю таблицу значений свойств инфоблока "Планировки"
        'LAYOUT_ELEMENT_PROPERTY',
        ElementPropertyTable::class,
        Join::on('this.LAYOUT.ID', 'ref.IBLOCK_ELEMENT_ID')
    ))

    ->addSelect('LAYOUT_ELEMENT_PROPERTY.VALUE', 'COMPLEX_ID') // получаю ID домов с активными квартирами. Указываю alias "COMPLEX_ID"
    ->addSelect(new ExpressionField('CNT', 'COUNT(%s)', 'LAYOUT_ELEMENT_PROPERTY.VALUE')) // считаю количество активных квартир
;

var_dump($queryObj->fetchAll());