var chapter_flipper = function(chapter_prefix_arg,menu_class_arg){
  this.chapter_prefix = chapter_prefix_arg;
  this.menu_class = menu_class_arg;
  $("."+menu_class+" a").bind("click",this.flip);

  this.flip = this.flip.bind(this); // ecma5 метод
  // или
  this.flip = $.proxy(this.flip, this); // в jq тоже есть подобное
};

chapter_flipper.prototype.flip = function(event){
  console.log('ok');
  this.stop_event(event,this); // this теперь указывает на ссылку, как я могу обратится к методу объекта, содержащего данный метод?
};
chapter_flipper.prototype.stop_event = function(event,anchor){
  event.preventDefault();
  anchor.blur();
};