fileA, fileB, fileC

# coding=utf-8

filenameA = "fileA.txt"
filenameB = "fileB.txt"
filenameC = "fileC.txt"

# открываем 2 файла для чтения "r"
filepointerA = file(filenameA, "r")
filepointerB = file(filenameB, "r")

# открываем fileC для чтения "w"
filepointerC = file(filenameC, "w")

# читаем все строки разом из fileB.txt,
# readlines() возвращает список всех строк
linesB = filepointerB.readlines()

# set() = это структура данных, которая
# умеет быстрая проверять принадлежит ли
# элемент множесту или нет.
setB = set()

for lineB in linesB:
  # удаляем символ конца строки шобы не мешал
  currentString = lineB.replace('\n', '')

  # добавляем в setB
  setB.add(currentString)

for lineNumber, lineA in enumerate(filepointerA):
  currentString = lineA.replace('\n', '')
  # быстро проверяем, принадлежит ли строка из fileA
  # набору строк из setB
  if currentString in setB:
    # если принадлежит, пропускаем
    print "Skip line %d: %s" % (lineNumber, currentString)
  else:
    # если не принадлежит, записываем в fileC
    filepointerC.write("%s\n" % currentString)

filepointerA.close()
filepointerB.close()
filepointerC.close()