<?php
class configs {
    public static $array = [
        ['subarray0','Heading 0',['0-0','0-1']], // configs::$array[0] =>
        ['subarray1','Heading 1',['1-0','1-1']] // configs::$array[1] =>
    ];
}
?>

<?php
$fileToBeOverwritten = __DIR__ .'/configs.php';
require_once $fileToBeOverwritten;
$currentSubarray = configs::$array[1]; // берем текущий подмассив с индексом 1 с общего массива $array
configs::$array[1][1] = 'New Heading 1'; // меняем 'Heading 1' на 'New Heading 1'
$changedSubarray = configs::$array[1]; // определяем изменённый подмассив
$currentFileSource = file_get_contents($fileToBeOverwritten); // берем текущий код configs.php
$changedFileSource = str_replace($currentSubarray,$changedSubarray,$currentFileSource); // заменяем в коде файла текущий подмассив изменённым подмассивом
file_put_contents($fileToBeOverwritten,$changedFileSource); // перезаписываем изменённый код файла
?>

...
$currentSubarray = configs::$array[1];
configs::$array[1][2][0] = 'New 1-0'; // берём в подмассиве с индексом 1 третий элемент, который является вложенным массивом и пытаемся поменять в нем значение первого элемента
$changedSubarray = configs::$array[1];
...

<?php $configs = [
    'array' => [
        ['subarray0','Heading 0',['0-0','0-1']], // 0 =>
        ['subarray1','Heading 1',['1-0','1-1']] // 1 =>
    ]
];
?>

<?php
$fileToBeOverwritten = __DIR__ .'/configs.php';
require_once $fileToBeOverwritten;
$configs['array'][1][2][0] = 'New 1-0';
file_put_contents($fileToBeOverwritten, '<?php $configs = '.var_export($configs, true));
?>

$changedFileSource = '<?php

class configs {
    public static $array = ' . var_export($changedConfigs) . ';
 }
';
file_put_contents($fileToBeOverwritten, $changedFileSource);

<?php
// configs.php

return [
    ['subarray0','Heading 0',['0-0','0-1']],
    // ...
];

<?php
// main.php

$configs = require __DIR__ . '/configs.php';