スレタイ:
【1ボードPC】分散コンピューティング【コロナ】


レス1:
◆分散コンピューティングについて

一つ一つのPCの処理能力は微力であっても数が集まれば、スーパーコンピューターに匹敵あるいはそれ以上の処理能力となる。
ネットでつながった複数のPCに仕事を分散させて処理させることを分散コンピューティングという。

このスレでは主に、シングルボードPCによる分散コンピューティングについて取り扱っています。

◆BOINCプラットフォームについて
（Berkeley Open Infrastructure for Network Computing プラットフォーム）

分散コンピューティングのためのプラットフォームの一つであり、カリフォルニア大学バークレー校によって開発された。
汎用性が考慮され、このプラットフォーム一つで複数の分散コンピューティングプロジェクトに参加しそれぞれにPCの処理能力を提供できる。

参加者が行うべきことは、第一にBOINCプラットフォームのインストールと、第二に参加したいプロジェクトに対してBOINCを通してログインすることである。
後は自動で、BOINCプラットフォームを通じてこのプロジェクト側からPCに次々タスクが割り当てられ、PCは延々とその処理を行って結果を返す。

BOINCにおいて分散コンピューティングは次のソフトウェアによって実現される。
・「アプリケーション」
 分散コンピューティングの各プロジェクトからダウンロードされ、プロジェクトのタスクを含んでいる。
・「コア・クライアント」
 各アプリケーションの共通基盤でライブラリのようなものである。
・「GUIやTUIなどの操作用インターフェイス」

「アプリケーション」を除く二つの部分を合わせて、BOINC クライアントと総称する。
Linux, Windows, Mac, Android などで動作する。

【参考】
・Berkeley Open Infrastructure for Network Computing
https://ja.wikipedia.org/wiki/Berkeley_Open_Infrastructure_for_Network_Computing

>>2（BOINCのインストール）


レス2:
◆BOINCクライアントのインストールについて

〇各種Linuxへのインストール方法、並びにDockerイメージ、Linuxを含んだブータブルイメージを用いる方法について次のページに記載されている。
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Installing_BOINC#Linux

〇Raspberry Pi 3 or 4 へのインストール方法は、次のサイトが参考になる。
https://www.element14.com/community/thread/75254/l/set-your-processors-to-analyse-for-the-covid-19-virus

簡単に手順を記す。

1、Raspbianの場合、64bitカーネルへの切り替え（Ubuntu 64bit等では不要）
/boot/config.txt の最後の行に、arm_64bit=1 を加えて保存して再起動する。uname -a を参照して、
「Linux raspberrypi 4.19.113-v8+ #1300 SMP PREEMPT Thu Mar 26 17:04:40 GMT 2020 aarch64 GNU/Linux」のように、
aarch64が含まれていれば成功である。

2、BOINC クライアントのインストール
apt-getコマンドで、次のパッケージ、boinc-client boinctui boinc-manager をインストールする。
（何かエラーが出る場合は、先ず、apt-get update を実行しておこう。）
boinctuiはTUI（boinctuiで起動できる）であり、 boinc-managerはGUIである。

3、設定ファイルの編集（Ubuntu 64bit等では不要らしい）
/etc/boinc-client/cc_config.xml を次のように編集する。
</cc_config>の直前に、次の要素を加える。

<options>
  <alt_platform>aarch64-unknown-linux-gnu</alt_platform>
</options>

最後に、マシンを再起動すれば、boinc環境が整う。

>>3（プロジェクトへの参加手順）


レス3:
◆BOINCからプロジェクトへの参加手順

ここでは例として、Rosetta@homeプロジェクトへ参加する手順を挙げる。
Rosetta@homeプロジェクトでは、生体分子であるタンパク質の立体構造の予測や新しいタンパク質のデザインを取り扱っている。
これは、病気の薬物治療や診断に役立つ。このプロジェクトに参加すると最先端の医学研究に貢献することができる。
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah/rah_graphics.php
最近では新型コロナウイルスの解析に取り組んでいる。

下記手順では、RaspbianのデスクトップにおいてGUIのBOINCマネージャーを用いているものとする。

1、BOINCマネージャーの起動
BOINCマネージャーは、System Tools内にショートカットがあるので起動する。

２、参加するプロジェクトの選択（Rosetta@homeに参加する方法）
プロジェクトの追加ボタンを押す。
プロジェクトの選択から、カテゴリーに"Biology and Medicine"を選び、プロジェクト名に、"Rosetta@home"を選ぶ。

３、Rosetta@homeのアカウントを作成
Emailアドレスと、パスワードを登録する。
ブラウザが起動して、Rosetta@homeのWEBページが開くのでアカウントに紐づける名前（公開される）を設定する。

４、チームへの参加を行う（任意）
チームへ参加するとRosetta@homeに対するチーム全体における処理貢献度を見ることができます。
処理能力などについてチームに所属している参加者の中で比較することができるので面白いです。

「【Raspberry Pi】ラズベリー・パイ part54【Arm】」スレに端を発したチームがあります。
名称は、rosetta@raspberrypi.linux.5ch です。このチームの稼働状況は次のページから確認できます。
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=19963
参加手順を次に挙げます。軽い気持ちで参加してみてはどうでしょうか。

>>4（Rosettaプロジェクトのチームへの参加手順）


レス4:
◆Rosettaプロジェクトのチームへの参加手順

例として、rosetta@raspberrypi.linux.5chチームへの参加方法と注意点を挙げます。
英語版のBOINC Managerで説明します。日本語版では適宜読み替えてください。

BOINC Manager（Advanced View）から、Projectタブを開き、右リストから参加中プロジェクトを選択する。
左下に出て来るProject Web pagesから、Your Accountボタンをクリックする。
ブラウザが自動起動し、自分のアカウント情報ページ（Your accountページ）が開く。ログインした状態である。

１、チーム主催者に自分のメールアドレスを通知したくない場合
（通知したい場合は1の手順を飛ばして2へ）
Your accountページの中に、Preferences欄があり、そこに、Preferences for this project Rosetta@home preferencesがあるので、リンクを開く。
開いたページに、Edit preferences リンクがあるので開く。
Is it OK for Rosetta@home and your team (if any) to email you?にチェックが入っているのを外す。そして、更新ボタンを押す。
BOINC Manager でも、ProjectタブのUpdateボタンを押しておく。（これではじめて、さきの更新が有効化される。）

２、チームに参加する。
ログイン状態で、https://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=19963 へ飛ぶ。
Team info欄の、Join this team リンクをクリックする。

これで参加が完了する。
BOINC Managerでもチーム参加を反映させるために、BOINC Manager でも、ProjectタブのUpdateボタンを押しておく。すると、チーム名が表示される。


以上で基本的なセットアップは完了しました。
タスクはすぐには与えられないようです。半日程度待ってみましょう。

>>5（関連スレ）


レス5:
◆関連スレ

・【Raspberry Pi】ラズベリー・パイ part54【Arm】
https://mao.5ch.net/test/read.cgi/linux/1583188359/

・【BOINC】余ったPCで分散演算処理【Linux】
https://mao.5ch.net/test/read.cgi/linux/1351064171/

・【Team 2ch】分散コンピューティング総合321【UD→BOINC】
https://matsuri.5ch.net/test/read.cgi/entrance/1587083021/

・Folding@Homeで難病解明 Part9【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1587377692/