Defunciones COVD por fecha y comuna

library(tidyverse)
library(magrittr, include.only="%<>%")

# Se debe descargar y descomprimir dos archivos:
# - Defunciones Oficiales de 1990 a 2020:
#   Link: https://repositoriodeis.minsal.cl/DatosAbiertos/VITALES/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_1990_2020_CIFRAS_OFICIALES.zip
# - Defunciones Preliminares de 2021 a la fecha:
#   Link: https://repositoriodeis.minsal.cl/DatosAbiertos/VITALES/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_2021_2023_28112023.zip

# Link a la ruta de las defunciones oficiales.
# Se filtra el archivo para que no ocupe mucho peso en la memoria.
ruta1 <- "~/../Downloads/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_1990_2020_CIFRAS_OFICIALES/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_1990_2020_CIFRAS_OFICIALES.csv"
defunciones_deis <- read_delim(ruta1, delim = ";", escape_double = FALSE,
                               col_names = FALSE, locale=locale(encoding = "ISO-8859-1"),
                               trim_ws = TRUE) %>%
  filter(X1 >= 2019)

# Link a la ruta de las defunciones preliminares. Las filas se añaden a la base
# de datos usando add_row.
ruta2 <- "~/../Downloads/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_2021_2023_28112023/DEFUNCIONES_FUENTE_DEIS_2021_2023_28112023.csv"
defunciones_deis %<>%
  add_row(
    read_delim(ruta2, delim = ";", escape_double = FALSE,
               col_names = FALSE, locale=locale(encoding = "ISO-8859-1"),
               trim_ws = TRUE)
  )


names(defunciones_deis) <- c("ANO_DEF", "FECHA_DEF", "GLOSA_SEXO", "EDAD_TIPO", "EDAD_CANT",
                             "CODIGO_COMUNA_RESIDENCIA", "GLOSA_COMUNA_RESIDENCIA",
                             "GLOSA_REG_RES", "DIAG1", "CAPITULO_DIAG1", "GLOSA_CAPITULO_DIAG1",
                             "CODIGO_GRUPO_DIAG1", "GLOSA_GRUPO_DIAG1", "CODIGO_CATEGORIA_DIAG1",
                             "GLOSA_CATEGORIA_DIAG1", "CODIGO_SUBCATEGORIA_DIAG1",
                             "GLOSA_SUBCATEGORIA_DIAG1", "DIAG2", "CAPITULO_DIAG2",
                             "GLOSA_CAPITULO_DIAG2", "CODIGO_GRUPO_DIAG2", "GLOSA_GRUPO_DIAG2",
                             "CODIGO_CATEGORIA_DIAG2", "GLOSA_CATEGORIA_DIAG2", "CODIGO_SUBCATEGORIA_DIAG2",
                             "GLOSA_SUBCATEGORIA_DIAG2", "LUGAR_DEFUNCION")

defunciones_deis %<>%
  filter(grepl("COVID", GLOSA_SUBCATEGORIA_DIAG1)) %>%
  group_by(ANO_DEF, FECHA_DEF, CODIGO_COMUNA_RESIDENCIA, GLOSA_COMUNA_RESIDENCIA) %>%
  count()