Такие вещи лучше в константы:
	username='Anonymous',
	email='anonymous',
	password='b67f71a782accc6e99740fb4d0295572d81c9a15f8e9e24174e0d1a2a1cee7435d1a99833490983eaba65c68022122bcea002e29fb8d76716e97db79741819dc'

######################################################

Это:
	k = self.__db.get(key)
    if k:
        return k.decode()
    return k

я бы сделал так:
	k = self.__db.get(key)
	return k.decode() if k else k

######################################################

return True if self[item] else False --> return bool(self[item])

######################################################

В декоратор:
if token not in r:
    return {'error': 'Not authorized'}, 401

######################################################

Варианты ответов подобного вида:
{
    'id': re.id,
    'expression': re.expression,
    'explanation': re.explanation,
    'author': user.username
}

Встречаются тоже не раз, мб есть смысл какойто namedtuple сделать

######################################################

if re.author_id != author_id:
    abort(404)

мб есть смысл отдавать 403, т.к. это права

######################################################

Сомнительная хрень перехватывать все ошибки базы:
except (IntegrityError, sqlalchemy.exc.IntegrityError):

Лучше конкретизировать

######################################################

Такие вещи:
0 + limit_by * offset, limit_by * offset + limit_by

Лучше выносить в отдельные переменные с осмысленным именем

######################################################