public static void main(String[] args) throws IOException {
    //conteudo
    String conteudo = "arquivo inicialnlinha2"; //conteudo inicial
    String conteudo1 = null; //o que vai ser separado para o arquivo1(comentarios)
    String conteudo2 = null; //o que vai ser separado para o arquivo2(codigo a ser compilado)

    //cria os 3 arquivos (inicial , txt dos comentarios e txt do codigo
    File arquivo = new File("arquivo.txt");
    File arquivo1 = new File ("arquivo1.txt");
    File arquivo2 = new File("arquivo2.txt");

    //prepara pra escrever no arquivo inicial
    FileWriter fw = new FileWriter(arquivo.getAbsoluteFile());
    BufferedWriter bw = new BufferedWriter(fw);

    //escreve e fecha o arquivo
    bw.write(conteudo);
    bw.close();

    //le o arquivo linha por linha
    FileReader ler = new FileReader("arquivo.txt");
    BufferedReader reader = new BufferedReader(ler);
    String linha;
    while( (linha = reader.readLine()) != null) {
        System.out.println(linha);  //printa linha por linha do arquivo inicial
        if (linha.contains("//")) {    //se o arquivo conter // , ele separa para outro arquivo
            }
        else {

        }
    }

    }