#include <stdio.h>
#include <string.h>
int main()
{
    // объявляем указатели на дескрипторы файлов
    FILE *f, *r,*q;
    // объявляем счётчик цикла и переменные для хранения длин считанных строк
    int i=0, l1, l2;

    // объявляем 2 буффера для ЧТЕНИЯ двух файлов;
    char x[128];
    char y[128];

    f=fopen("/home/byvrt/1.txt", "rt");
    r=fopen("/home/byvrt/2.txt", "rt");
    q=fopen("/home/byvrt/3.txt", "w"); // тут про w не уверен

    // нам нужны первые 2 строки из каждого файла
    for(i=0; i<2; i++)
    {
        // считываем в буффер строку из первого файла и записываем её длину в l1
        l1 = fread(x,sizeof(char),128,f);
        printf("%s ", x);
        l2 = fread(y,sizeof(char),128,r);
        printf("%s ", y);

        // поочерёдно записываем считанные строки в новый файл
        fwrite(x, sizeof(char), l1, q);
        fwrite(y, sizeof(char), l2, q);
    }

    // закрываем все файлы
    fclose(r);
    fclose(f);
    fclose(q);

    return 0;
}