function wpcodex_set_capabilities() {

    // Перечень прав на удаление
    $caps = array(
        'install_plugins'
    );

    $user_id = 2; // ID администратора, которго надо ограничить в правах
    $user = new WP_User( $user_id );

    foreach ( $caps as $cap ) {
        // Удалить права
        $user->remove_cap( $cap );
    }

}
add_action( 'init', 'wpcodex_set_capabilities' );

define('DISALLOW_FILE_EDIT',true);
define('DISALLOW_FILE_MODS',true);

function wpcodex_set_capabilities() {

    // Перечень прав на удаление
    $caps = array(
        'activate_plugins',
        'export',
        'remove_users',
        'switch_themes',
        'delete_site'
    );

    $user_id = xxx; // ID администратора, которго надо ограничить в правах
    $user = new WP_User( $user_id );

    foreach ( $caps as $cap ) {
        // Удалить права
        $user->remove_cap( $cap );
    }

}
add_action( 'init', 'wpcodex_set_capabilities' );