Istruzioni CentOS

Ad installazione terminata, con il terminale , da 'su' impostiamo il repository per Centos6-EOL (End Of Life)

curl https://www.getpagespeed.com/files/centos6-eol.repo --output /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo

poi aggiorniamo con yum i pacchetti installati e aggiungiamo alcune cose per Guest Addition
(richiederanno un po di minuti)

sudo yum update
sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install kernel-devel

Riavviamo il sistema



Dal menu di VirtualBox della finestra della VM scegliamo "Dispositivi" --> "Inserisci l'immagine del CD delle Guest Addition"
Confermiamo di volerlo avviare con "OK" e poi "Esegui", quindi autenticare con la password utente root e premi "Autentica"
Il pacchetto "VirtualBox Guest Additions Installation" verrà ricompilato per il Kernel di Centos 6.9.
Al termine premere Invio per chiudere la finestra terminale.
Riavviare il sistema per consentire la sostituzione del Kernel ricompilato.
Adesso, dopo il riavvio, funziona il copia ed incolla biditezionale tra Host e Guest.


Verificare che nel menu di VirtualBox della finestra della VM scegliamo "Dispositivi" --> "Appunti condivisi" e
"Dispositivi" --> "Trascinamento e rilascio"  sia selezionato "Bidirezionale".
Questa impostazione consente di usare le funzioni Cut&Paste e Drag&Drop tra Host e Guest.

Ora predisporre nel Host una cartella di interscambio dati , chiamandola ad esempio "Shared",
oppure scegliere la cartella esistente da condividere come accesso.

Dal menu di VirtualBox della finestra della VM scegliamo "Dispositivi" --> "Cartelle condivise" --> "Impostazioni cartelle condivise"
Evidenziare il rigo "Cartelle della macchina" e poi premere l'icona con "+" a destra
Compilare i campi della maschera che appare con:
Percorso della cartella: Selezionare la cartella da condividere (tirare giù la casella e premere Altro)
Nome della cartella: si puo lasciare quello che propone o cambiare il nome
Sola lettura: Non spuntare
Montaggio automatico: Spuntare. Collega automaticamente la cartella condivisa all'avvio
Punto di mount: /home/bioinformatica/shared   E' il percorso dove deve apparire la cartella collegata nel filesystem di Centos

NON APRIRE L'ICONA APPARSA SUL DESKTOP.
Occorre prima dare i diritti corretti all'utente per accedere a queste cartelle virtuali nel seguente modo:

sudo usermod -aG vboxsf bioinformatica

dove "bioinformatica" è il nome utente impostato in fase di installazione del sistema.
Occorre ancora un'ultimo riavvio e anche questa funzionalità dovrebbe funzionare.

Dopo aver confermato, se i percorsi indicati sono esatti, apparirà sul desktop l'icona di una unita che è la cartella condivisa.
Inoltre, nel filesystem di Centos, si può accedere al percorso /home/bioinformatica/shared alla cartella condivisa.

Ora possiamo scaricare da Illumina il software bcl2fastq2-v2.20.0.422-Linux-x86_64.rpm, Poi basta andare nella cartella Scaricati ed eseguirlo
direttamente per installarlo. Chiederà la password root per completare l'installazione.

A questo punto si puo utilizzare dalla finestra terminale con il comando bcl2fastq


Buon lavoro.