<?php

function parseShittyFile($string) {

    // daca functia va primi un STRING si nu un FISIER, comenteaza linia de mai jos
    $string = file_get_contents($string);

    preg_match_all('#-A (\w+)#', $string, $a);
    preg_match_all('#-j (\w+)#', $string, $j);

    foreach (array_unique($j[1]) as $j_parameter) {

        if (!in_array($j_parameter, array_unique($a[1]))) {
            $string = str_replace("-j $j_parameter", "-j " . strtoupper($j_parameter), $string);
        }

    }

    return $string;

}
// mod de folosire (a se servi calda):
echo parseShittyFile("string_file.txt");