library(sp)
library(rgdal)
library(leaflet)

tmp <- tempdir()
url <- "http://personal.tcu.edu/kylewalker/data/mexico.zip"
file <- basename(url)

download.file(url, file)

unzip(file, exdir = tmp)
mexico <- readOGR(dsn = tmp, layer = "mexico", encoding = "UTF-8")

pts <- data.frame(x=runif(100000, mexico@bbox[1,],mexico@bbox[3]),
                  y=runif(100000, mexico@bbox[2,],mexico@bbox[4])
                 )

coordinates(pts) <- ~x+y  # pts needs to be a data.frame for this to work
proj4string(pts) <- proj4string(mexico)
estados <- over(pts, mexico)$id      # matching de las coordenadas con los estados

estados <- estados[!is.na(estados)]  # Borramos Na (puntos fuera de cualquier estado)
mexico@data$random <- as.integer(unlist(aggregate(estados, by=list(estados), FUN=sum)[2]))

head(data.frame(id=mexico$id, estado=mexico$name, data=mexico@data$random))

  id              estado  data
1  1      Aguascalientes    39
2  2     Baja California  1170
3  3 Baja California Sur  1647
4  4            Campeche  1672
5  5             Chiapas  2840
6  6           Chihuahua 12234

pal <- colorQuantile("Blues", NULL, n = 10)
state_popup <- paste0("<strong>Estado: </strong>",
                      mexico$name,
                      "<br><strong>Valores random para cada estado: </strong>",
                      mexico$random)

leaflet(data = mexico) %>%
    addProviderTiles("CartoDB.Positron") %>%
    addPolygons(fillColor = ~pal(random),
                fillOpacity = 0.8,
                color = "#BDBDC3",
                weight = 1,
                popup = state_popup)