Рекурсивно пройтись по массиву

require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php");

$xml = simplexml_load_file('company_new.xml');

$json_string = json_encode($xml);
$arData = json_decode($json_string, true);
#p($arData);

$arResult = array();

function itemRecursive($arr, $parent){
    global $arResult;

    // нет подразделенний, раздел только оник
    if(isset($arr["Ид"])){
        $arResult[] = array(
            'XML_ID' => $arr["Ид"],
            'NAME' => $arr["Наименование"],
            'HEAD' => $arr["Руководитель"],
            'PARENT' => $parent
        );

        itemRecursive($arr["Подразделения"]["Подразделение"], $arr["Ид"]);
    }
    else{
        // подразделов много, делаем перебор
        foreach($arr as $key=>$arItems){
            $arResult[] = array(
                'XML_ID' => $arItems["Ид"],
                'NAME' => $arItems["Наименование"],
                "HEAD" => $arItems["Руководитель"],
                'PARENT' => $parent
            );

            if(isset($arItems["Подразделения"]["Подразделение"])){
                itemRecursive($arItems["Подразделения"]["Подразделение"], $arItems["Ид"]);
            }
        }
    }


}

itemRecursive($arData["Классификатор"]["Подразделения"]["Подразделение"], "");

p($arResult);