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fetchRefSeq.sh

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Aug 1st, 2019
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  1. (metagenomics_env) -bash-4.1$ /usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/metagenomics_env/opt/bbmap-38.58-0/pipelines/fetchRefSeq.sh
  2. ModuleCmd_Load.c(204):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for 'pigz'
  3. java -ea -Xmx1g -Xms1g -cp /usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/metagenomics_env/opt/bbmap-38.58-0/current/ tax.RenameGiToTaxid -Xmx1g in=stdin.fa.gz out=renamed.fa.gz pigz=32 unpigz zl=9 tree=null table=null accession=null server ow
  4. Executing tax.RenameGiToTaxid [-Xmx1g, in=stdin.fa.gz, out=renamed.fa.gz, pigz=32, unpigz, zl=9, tree=, table=, accession=, server, ow]
  5.  
  6. java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)
  7. at java.net.PlainSocketImpl.socketConnect(Native Method)
  8. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.doConnect(AbstractPlainSocketImpl.java:350)
  9. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connectToAddress(AbstractPlainSocketImpl.java:206)
  10. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:188)
  11. at java.net.SocksSocketImpl.connect(SocksSocketImpl.java:392)
  12. at java.net.Socket.connect(Socket.java:589)
  13. at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.connect(SSLSocketImpl.java:673)
  14. at sun.net.NetworkClient.doConnect(NetworkClient.java:175)
  15. at sun.net.www.http.HttpClient.openServer(HttpClient.java:432)
  16. at sun.net.www.http.HttpClient.openServer(HttpClient.java:527)
  17. at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.<init>(HttpsClient.java:264)
  18. at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.New(HttpsClient.java:367)
  19. at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.getNewHttpClient(AbstractDelegateHttpsURLConnection.java:191)
  20. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect0(HttpURLConnection.java:1138)
  21. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect(HttpURLConnection.java:1032)
  22. at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.connect(AbstractDelegateHttpsURLConnection.java:177)
  23. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getOutputStream0(HttpURLConnection.java:1316)
  24. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getOutputStream(HttpURLConnection.java:1291)
  25. at sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.getOutputStream(HttpsURLConnectionImpl.java:250)
  26. at server.ServerTools.sendAndReceive(ServerTools.java:98)
  27. at tax.TaxClient.sendAndRecieve(TaxClient.java:199)
  28. at tax.TaxClient.accessionToTaxidArray(TaxClient.java:139)
  29. at tax.RenameGiToTaxid.updateHeadersFromServer(RenameGiToTaxid.java:474)
  30. at tax.RenameGiToTaxid.processInner_server(RenameGiToTaxid.java:545)
  31. at tax.RenameGiToTaxid.process(RenameGiToTaxid.java:234)
  32. at tax.RenameGiToTaxid.main(RenameGiToTaxid.java:38)
  33. java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)
  34. at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
  35. at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:62)
  36. at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45)
  37. at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:423)
  38. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection$10.run(HttpURLConnection.java:1926)
  39. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection$10.run(HttpURLConnection.java:1921)
  40. at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
  41. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getChainedException(HttpURLConnection.java:1920)
  42. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream0(HttpURLConnection.java:1490)
  43. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(HttpURLConnection.java:1474)
  44. at java.net.HttpURLConnection.getResponseCode(HttpURLConnection.java:480)
  45. at sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.getResponseCode(HttpsURLConnectionImpl.java:338)
  46. at server.ServerTools.sendAndReceive(ServerTools.java:134)
  47. at tax.TaxClient.sendAndRecieve(TaxClient.java:199)
  48. at tax.TaxClient.accessionToTaxidArray(TaxClient.java:139)
  49. at tax.RenameGiToTaxid.updateHeadersFromServer(RenameGiToTaxid.java:474)
  50. at tax.RenameGiToTaxid.processInner_server(RenameGiToTaxid.java:545)
  51. at tax.RenameGiToTaxid.process(RenameGiToTaxid.java:234)
  52. at tax.RenameGiToTaxid.main(RenameGiToTaxid.java:38)
  53. Caused by: java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)
  54. at java.net.PlainSocketImpl.socketConnect(Native Method)
  55. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.doConnect(AbstractPlainSocketImpl.java:350)
  56. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connectToAddress(AbstractPlainSocketImpl.java:206)
  57. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:188)
  58. at java.net.SocksSocketImpl.connect(SocksSocketImpl.java:392)
  59. at java.net.Socket.connect(Socket.java:589)
  60. at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.connect(SSLSocketImpl.java:673)
  61. at sun.net.NetworkClient.doConnect(NetworkClient.java:175)
  62. at sun.net.www.http.HttpClient.openServer(HttpClient.java:432)
  63. at sun.net.www.http.HttpClient.openServer(HttpClient.java:527)
  64. at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.<init>(HttpsClient.java:264)
  65. at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.New(HttpsClient.java:367)
  66. at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.getNewHttpClient(AbstractDelegateHttpsURLConnection.java:191)
  67. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect0(HttpURLConnection.java:1138)
  68. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect(HttpURLConnection.java:1032)
  69. at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.connect(AbstractDelegateHttpsURLConnection.java:177)
  70. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream0(HttpURLConnection.java:1546)
  71. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(HttpURLConnection.java:1474)
  72. at sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.getInputStream(HttpsURLConnectionImpl.java:254)
  73. at server.ServerTools.sendAndReceive(ServerTools.java:127)
  74. ... 6 more
  75. java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)
  76. at java.net.PlainSocketImpl.socketConnect(Native Method)
  77. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.doConnect(AbstractPlainSocketImpl.java:350)
  78. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connectToAddress(AbstractPlainSocketImpl.java:206)
  79. at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:188)
  80. at java.net.SocksSocketImpl.connect(SocksSocketImpl.java:392)
  81. at java.net.Socket.connect(Socket.java:589)
  82. at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.connect(SSLSocketImpl.java:673)
  83. at sun.net.NetworkClient.doConnect(NetworkClient.java:175)
  84. at sun.net.www.http.HttpClient.openServer(HttpClient.java:432)
  85. at sun.net.www.http.HttpClient.openServer(HttpClient.java:527)
  86. at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.<init>(HttpsClient.java:264)
  87. at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.New(HttpsClient.java:367)
  88. at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.getNewHttpClient(AbstractDelegateHttpsURLConnection.java:191)
  89. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect0(HttpURLConnection.java:1138)
  90. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect(HttpURLConnection.java:1032)
  91. at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.connect(AbstractDelegateHttpsURLConnection.java:177)
  92. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream0(HttpURLConnection.java:1546)
  93. at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(HttpURLConnection.java:1474)
  94. at sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.getInputStream(HttpsURLConnectionImpl.java:254)
  95. at server.ServerTools.sendAndReceive(ServerTools.java:127)
  96. at tax.TaxClient.sendAndRecieve(TaxClient.java:199)
  97. at tax.TaxClient.accessionToTaxidArray(TaxClient.java:139)
  98. at tax.RenameGiToTaxid.updateHeadersFromServer(RenameGiToTaxid.java:474)
  99. at tax.RenameGiToTaxid.processInner_server(RenameGiToTaxid.java:545)
  100. at tax.RenameGiToTaxid.process(RenameGiToTaxid.java:234)
  101. at tax.RenameGiToTaxid.main(RenameGiToTaxid.java:38)
  102. Exception in thread "main" java.lang.AssertionError: Null response for 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