SELECT *
FROM table
WHERE value IN(1,2,3)

<?
$filter = array(
    'IBLOCK_ID' => INFOBLOCK_ID,
    'CODE' => array('символьныйКод1', 'символьныйКод2')
);
$res = CIBlockProperty::GetList(array(), $filter);
while ($field = $res->Fetch()) {
    // не работает - отбирает все свойства инфоблока
}

$filter = array(
    'IBLOCK_ID' => INFOBLOCK_ID,
    'CODE' => array('символьныйКод1', 'символьныйКод2')
);
$res = BitrixIblockPropertyTable::getList(array(
    'filter' => $filter
));
while ($field = $res->Fetch()) {
    // все должно работать
}