SharedPreferences sharedPrefs = getApplicationContext().getSharedPreferences("TAG", Context.MODE_PRIVATE);
sharedPrefs.edit().putString("CLAVE",VALOR).apply();

@Override
protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
    super.onCreate(savedInstanceState);

    sharedPref = getApplicationContext().getSharedPreferences("TAG", Context.MODE_PRIVATE);
    String valor = sharedPref.getString("CLAVE", "VALOR_POR_DEFECTO");
    Intent intent;

    /* Si el valor guardo es diferente al valor por defecto, significa que ya inicio sesion
     *  asi que lo puedes enviar al main
     */
    if (!valor.equals("VALOR_POR_DEFECTO")) {
        intent = new Intent(getApplicationContext(), MainActivity.class);
        intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK | Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK);
        startActivity(intent);
    }


    //Puedes hacerlo antes de pintar tu layout, asi no se hara tan rapido que no se notara
    setContentView(R.layout.tu_layout);
}

public class MainActivity extends AppCompatActivity {

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);


    }

    public void loginButton(View view) {

        // Coloca este fragmento de codigo donde quieras lanzar
        // la actividad para que quede configurada como la actividad principal.
        // Como por ejemplo en el boton de login o cuando confirmes que el
        // usuario se ah logueado correctamente.
        Intent intent_Login = new Intent(this, SegundaActivity.class);
        intent_Login.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP | Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK | Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK);
        startActivity(intent_Login);

    }
}

public class SegundaActivity extends AppCompatActivity {

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
         super.onCreate(savedInstanceState);
         setContentView(R.layout.segunda_activity);

    }
}