Codice Allineamento Target Fasta

cd /home/genomica/DATA/GENOLICS/RUN/GENOLICS_R_Leccino_Confronti
cp index* /home/genomica/DATA/GENOLICS/Target_FARGA

cd /home/genomica/DATA/GENOLICS/RUN/GENOLICS/
mkdir Target_Farga

#Librerie da importare
library(Rsubread)

##Individuazione file da utilizzare per l'allineamento a Leccino
fastqPath_R1 <- list.files("//home/genomica/DATA/GENOLICS/Target_FARGA", pattern="fasta$", full=TRUE)

##Creazione dei .BAM di allineamento
align(index="index", maxMismatches=7, readfile1=fastqPath_R1, input_format="FASTA", output_format="BAM")

samtools sort Target_FARGA.subread.BAM > Target_FARGA.sorted.BAM
samtools index Target_FARGA.sorted.BAM
bamCoverage -b Target_FARGA.sorted.BAM --normalizeUsing RPKM -o Target_FARGA.bw --verbose --numberOfProcessors max/2 --binSize 1