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Aug 23rd, 2022
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text 4.17 KB | Cryptocurrency | 0 0
  1. ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
  2. # EstimateLibraryComplexity --INPUT _S3.MarkDuplicates.bam --OUTPUT _S3.MarkDuplicates.EstimateLibraryComplexity.txt --MIN_IDENTICAL_BASES 5 --MAX_DIFF_RATE 0.03 --MIN_MEAN_QUALITY 20 --MAX_GROUP_RATIO 500 --MAX_READ_LENGTH 0 --MIN_GROUP_COUNT 2 --READ_NAME_REGEX <optimized capture of last three ':' separated fields as numeric values> --OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE 100 --MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE 300000 --VERBOSITY INFO --QUIET false --VALIDATION_STRINGENCY STRICT --COMPRESSION_LEVEL 5 --MAX_RECORDS_IN_RAM 18237653 --CREATE_INDEX false --CREATE_MD5_FILE false --GA4GH_CLIENT_SECRETS client_secrets.json --help false --version false --showHidden false --USE_JDK_DEFLATER false --USE_JDK_INFLATER false
  3. ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
  4. # Started on: Tue Aug 23 14:32:37 MSK 2022
  5.  
  6. ## METRICS CLASS picard.sam.DuplicationMetrics
  7. LIBRARY UNPAIRED_READS_EXAMINED READ_PAIRS_EXAMINED SECONDARY_OR_SUPPLEMENTARY_RDS UNMAPPED_READS UNPAIRED_READ_DUPLICATES READ_PAIR_DUPLICATES READ_PAIR_OPTICAL_DUPLICATES PERCENT_DUPLICATION ESTIMATED_LIBRARY_SIZE
  8. _S3 0 64239472 0 0 0 45646223 2528 0,710563 19282490
  9.  
  10. ## HISTOGRAM java.lang.Integer
  11. duplication_group_count _S3
  12. 1 8557400
  13. 2 3728128
  14. 3 2564899
  15. 4 1540204
  16. 5 832230
  17. 6 419974
  18. 7 209286
  19. 8 109576
  20. 9 63256
  21. 10 41605
  22. 11 30515
  23. 12 24383
  24. 13 20231
  25. 14 18055
  26. 15 15913
  27. 16 14712
  28. 17 13555
  29. 18 12417
  30. 19 11723
  31. 20 10746
  32. 21 10247
  33. 22 9626
  34. 23 9409
  35. 24 8829
  36. 25 8408
  37. 26 8106
  38. 27 7709
  39. 28 7438
  40. 29 7186
  41. 30 6839
  42. 31 6625
  43. 32 6471
  44. 33 6147
  45. 34 5919
  46. 35 5769
  47. 36 5554
  48. 37 5523
  49. 38 5243
  50. 39 5018
  51. 40 5050
  52. 41 4826
  53. 42 4695
  54. 43 4543
  55. 44 4391
  56. 45 4321
  57. 46 4186
  58. 47 3977
  59. 48 3975
  60. 49 3943
  61. 50 3772
  62. 51 3726
  63. 52 3682
  64. 53 3593
  65. 54 3382
  66. 55 3537
  67. 56 3319
  68. 57 3225
  69. 58 3072
  70. 59 3119
  71. 60 2995
  72. 61 2994
  73. 62 2915
  74. 63 2813
  75. 64 2889
  76. 65 2783
  77. 66 2668
  78. 67 2697
  79. 68 2564
  80. 69 2446
  81. 70 2339
  82. 71 2356
  83. 72 2363
  84. 73 2238
  85. 74 2173
  86. 75 2244
  87. 76 2187
  88. 77 2068
  89. 78 2090
  90. 79 2049
  91. 80 1895
  92. 81 1942
  93. 82 1872
  94. 83 1831
  95. 84 1775
  96. 85 1762
  97. 86 1665
  98. 87 1747
  99. 88 1713
  100. 89 1664
  101. 90 1627
  102. 91 1625
  103. 92 1556
  104. 93 1591
  105. 94 1545
  106. 95 1519
  107. 96 1461
  108. 97 1424
  109. 98 1396
  110. 99 1398
  111. 100 1353
  112. 101 1313
  113. 102 1289
  114. 103 1315
  115. 104 1261
  116. 105 1221
  117. 106 1198
  118. 107 1104
  119. 108 1092
  120. 109 1170
  121. 110 1126
  122. 111 1118
  123. 112 1004
  124. 113 1036
  125. 114 981
  126. 115 1015
  127. 116 1023
  128. 117 947
  129. 118 917
  130. 119 907
  131. 120 893
  132. 121 901
  133. 122 859
  134. 123 872
  135. 124 881
  136. 125 754
  137. 126 761
  138. 127 747
  139. 128 725
  140. 129 754
  141. 130 732
  142. 131 736
  143. 132 665
  144. 133 653
  145. 134 689
  146. 135 619
  147. 136 603
  148. 137 631
  149. 138 586
  150. 139 638
  151. 140 572
  152. 141 525
  153. 142 498
  154. 143 511
  155. 144 480
  156. 145 496
  157. 146 515
  158. 147 504
  159. 148 463
  160. 149 464
  161. 150 445
  162. 151 436
  163. 152 373
  164. 153 420
  165. 154 407
  166. 155 364
  167. 156 335
  168. 157 387
  169. 158 385
  170. 159 377
  171. 160 321
  172. 161 323
  173. 162 312
  174. 163 299
  175. 164 307
  176. 165 321
  177. 166 290
  178. 167 271
  179. 168 298
  180. 169 258
  181. 170 290
  182. 171 279
  183. 172 259
  184. 173 250
  185. 174 213
  186. 175 225
  187. 176 200
  188. 177 192
  189. 178 187
  190. 179 204
  191. 180 185
  192. 181 206
  193. 182 203
  194. 183 193
  195. 184 170
  196. 185 169
  197. 186 162
  198. 187 172
  199. 188 152
  200. 189 142
  201. 190 168
  202. 191 136
  203. 192 136
  204. 193 141
  205. 194 127
  206. 195 120
  207. 196 111
  208. 197 114
  209. 198 116
  210. 199 98
  211. 200 107
  212. 201 93
  213. 202 95
  214. 203 98
  215. 204 93
  216. 205 81
  217. 206 83
  218. 207 87
  219. 208 76
  220. 209 87
  221. 210 97
  222. 211 69
  223. 212 66
  224. 213 65
  225. 214 42
  226. 215 62
  227. 216 58
  228. 217 55
  229. 218 62
  230. 219 64
  231. 220 58
  232. 221 45
  233. 222 39
  234. 223 56
  235. 224 41
  236. 225 44
  237. 226 37
  238. 227 35
  239. 228 43
  240. 229 47
  241. 230 30
  242. 231 37
  243. 232 33
  244. 233 28
  245. 234 30
  246. 235 23
  247. 236 21
  248. 237 23
  249. 238 21
  250. 239 22
  251. 240 22
  252. 241 21
  253. 242 22
  254. 243 18
  255. 244 26
  256. 245 23
  257. 246 16
  258. 247 8
  259. 248 16
  260. 249 16
  261. 250 15
  262. 251 20
  263. 252 11
  264. 253 18
  265. 254 10
  266. 255 12
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  268. 257 9
  269. 258 13
  270. 259 7
  271. 260 7
  272. 261 8
  273. 262 10
  274. 263 4
  275. 264 8
  276. 265 11
  277. 266 9
  278. 267 11
  279. 268 9
  280. 269 8
  281. 270 5
  282. 271 7
  283. 272 6
  284. 273 5
  285. 274 7
  286. 275 3
  287. 276 6
  288. 277 3
  289. 278 2
  290. 279 3
  291. 280 6
  292. 281 1
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  294. 283 5
  295. 284 4
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  297. 286 2
  298. 287 4
  299. 288 2
  300. 289 1
  301. 290 4
  302. 291 1
  303. 292 4
  304. 293 1
  305. 294 2
  306. 295 1
  307. 296 3
  308. 297 1
  309. 298 2
  310. 299 1
  311. 300 3
  312. 301 1
  313. 303 2
  314. 304 1
  315. 305 3
  316. 307 1
  317. 308 2
  318. 309 1
  319. 310 1
  320. 311 1
  321. 312 2
  322. 313 2
  323. 314 1
  324. 315 1
  325. 316 2
  326. 317 2
  327. 319 2
  328. 320 3
  329. 321 2
  330. 322 2
  331. 323 2
  332. 324 1
  333. 326 1
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  336. 332 1
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  339. 336 3
  340. 339 1
  341. 341 1
  342. 344 1
  343. 353 1
  344. 363 1
  345. 366 1
  346. 367 1
  347. 372 1
  348. 378 1
  349. 381 2
  350. 383 1
  351. 384 2
  352. 391 1
  353. 396 3
  354. 398 1
  355. 400 1
  356. 401 1
  357. 402 1
  358. 410 1
  359. 411 1
  360. 428 1
  361. 436 1
  362. 443 1
  363. 445 1
  364. 446 1
  365. 465 1
  366. 473 1
  367. 491 1
  368. 495 1
  369. 530 1
  370. 539 1
  371. 553 1
  372. 579 1
  373. 679 1
  374. 790 1
  375.  
  376.  
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