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- ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
- # EstimateLibraryComplexity --INPUT _S3.MarkDuplicates.bam --OUTPUT _S3.MarkDuplicates.EstimateLibraryComplexity.txt --MIN_IDENTICAL_BASES 5 --MAX_DIFF_RATE 0.03 --MIN_MEAN_QUALITY 20 --MAX_GROUP_RATIO 500 --MAX_READ_LENGTH 0 --MIN_GROUP_COUNT 2 --READ_NAME_REGEX <optimized capture of last three ':' separated fields as numeric values> --OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE 100 --MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE 300000 --VERBOSITY INFO --QUIET false --VALIDATION_STRINGENCY STRICT --COMPRESSION_LEVEL 5 --MAX_RECORDS_IN_RAM 18237653 --CREATE_INDEX false --CREATE_MD5_FILE false --GA4GH_CLIENT_SECRETS client_secrets.json --help false --version false --showHidden false --USE_JDK_DEFLATER false --USE_JDK_INFLATER false
- ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
- # Started on: Tue Aug 23 14:32:37 MSK 2022
- ## METRICS CLASS picard.sam.DuplicationMetrics
- LIBRARY UNPAIRED_READS_EXAMINED READ_PAIRS_EXAMINED SECONDARY_OR_SUPPLEMENTARY_RDS UNMAPPED_READS UNPAIRED_READ_DUPLICATES READ_PAIR_DUPLICATES READ_PAIR_OPTICAL_DUPLICATES PERCENT_DUPLICATION ESTIMATED_LIBRARY_SIZE
- _S3 0 64239472 0 0 0 45646223 2528 0,710563 19282490
- ## HISTOGRAM java.lang.Integer
- duplication_group_count _S3
- 1 8557400
- 2 3728128
- 3 2564899
- 4 1540204
- 5 832230
- 6 419974
- 7 209286
- 8 109576
- 9 63256
- 10 41605
- 11 30515
- 12 24383
- 13 20231
- 14 18055
- 15 15913
- 16 14712
- 17 13555
- 18 12417
- 19 11723
- 20 10746
- 21 10247
- 22 9626
- 23 9409
- 24 8829
- 25 8408
- 26 8106
- 27 7709
- 28 7438
- 29 7186
- 30 6839
- 31 6625
- 32 6471
- 33 6147
- 34 5919
- 35 5769
- 36 5554
- 37 5523
- 38 5243
- 39 5018
- 40 5050
- 41 4826
- 42 4695
- 43 4543
- 44 4391
- 45 4321
- 46 4186
- 47 3977
- 48 3975
- 49 3943
- 50 3772
- 51 3726
- 52 3682
- 53 3593
- 54 3382
- 55 3537
- 56 3319
- 57 3225
- 58 3072
- 59 3119
- 60 2995
- 61 2994
- 62 2915
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- 65 2783
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- 70 2339
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- 74 2173
- 75 2244
- 76 2187
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- 78 2090
- 79 2049
- 80 1895
- 81 1942
- 82 1872
- 83 1831
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- 400 1
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- 530 1
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