covid-19

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Created on Wed May 13 17:44:05 2020

@author: jerem
"""

def add_age_range(data):
    age_range_list = []
    is_nan = lambda x : x != x
    for i in range(len(data)):
        if is_nan(data['Idade'][i]):
            age_range_list.append('Não Informado')
        elif data['Idade'][i] < 10:
            age_range_list.append('0 a 9 anos')
        elif data['Idade'][i] < 20:
            age_range_list.append('10 a 19 anos')
        elif data['Idade'][i] < 30:
            age_range_list.append('20 a 29 anos')
        elif data['Idade'][i] < 40:
            age_range_list.append('30 a 39 anos')
        elif data['Idade'][i] < 50:
            age_range_list.append('40 a 49 anos')
        elif data['Idade'][i] < 60:
            age_range_list.append('50 a 59 anos')
        elif data['Idade'][i] < 70:
            age_range_list.append('60 a 69 anos')
        elif data['Idade'][i] < 80:
            age_range_list.append('70 a 79 anos')
        elif data['Idade'][i] >= 80:
            age_range_list.append('80 anos ou mais')
    data['Faixa Etária'] = age_range_list

def get_data(path='D:/Documents/Github/covid-19/todos_os_casos.csv', county='Garrafão do Norte'):

    sex = {'Homem':'Masculino', 'Mulher':'Feminino'}

    if path != None and county != None:
      raw_data = pd.read_csv(path, index_col=False)
      ct_data = raw_data[raw_data['Município'] == county]
      #ct_data = ct_data.replace(sex)
      ct_data= ct_data.reset_index()
      add_age_range(ct_data)
      return ct_data
    else:
        print('No path or county name passed!')




#%%

def pyr_pop(data):
    global county_name
    my_text = 'Fonte dos dados: SESPA\ncovid-19.pa.gov.br\nFeito por Jeremias Abreu\n'+dt_string

    sex = list(data['Sexo'].unique())

    sex1 = data[data['Sexo'] == sex[0]].reset_index()
    sex2 = data[data['Sexo'] == sex[1]].reset_index()

    order_of_bars = ['0 a 9 anos', '10 a 19 anos', '20 a 29 anos',
                 '30 a 39 anos', '40 a 49 anos', '50 a 59 anos',
                 '60 a 69 anos', '70 a 79 anos', '80 anos ou mais',
                 'Não Informado']

    c1 = dict(Counter(sex1['Faixa Etária']))
    c2 = dict(Counter(sex2['Faixa Etária']))


    sex_df = pd.DataFrame()

    sex_df['age range'] = list(c1.keys())
    sex_df['freq'] = list(c1.values())
    sex_df['sex'] = [sex[0] for i in range(len(c1))]

    for age, freq, sex in zip(list(c2.keys()), list(c2.values()), [sex[1] for i in range(len(c1))]):
        sex_df = sex_df.append({'age range': age, 'freq':freq, 'sex':sex}, ignore_index=True)

    plt.figure(figsize=(15,10))

    ax = sns.barplot(y='age range', x='freq', hue='sex', data=sex_df,
                     order=order_of_bars, palette='Spectral')
    m1 = max(list(c1.values()))
    m2 = max(list(c2.values()))
    y_pos_text = max(m1, m2) + 1
    plt.xlabel('Número de Casos Confirmados', fontsize=30)
    plt.ylabel('Faixa Etária', fontsize=30)
    plt.yticks(fontsize=25)
    plt.xticks(fontsize=25)
    plt.title('Distribuição etária dos casos confirmados em '+county_name, fontsize=40, pad=20, loc='center')
    plt.legend(loc='lower right', fontsize=40)
    plt.grid()
    plt.text(y_pos_text, 9, my_text, fontsize=30)
    plt.savefig('D:/Documents/Github/covid-19/figures/distribuicao-etaria-'+ \
                county_name[:5]+'.png', dpi=100, bbox_inches='tight')
    plt.show()
#%%

def pie(data):
    global dt_string
    my_text = 'Fonte dos dados: SESPA\ncovid-19.pa.gov.br\nFeito por Jeremias Abreu\n'+dt_string
    pie_data = {'Homem':len(data[data['Sexo'] == 'Homem']),
                'Mulher':len(data[data['Sexo'] == 'Mulher'])}
    fix, ax = plt.subplots()
    wedges, text, autotexts = ax.pie(list(pie_data.values()), labels=list(pie_data.keys()),
            autopct='%1.1f%%', shadow=True, startangle=90, explode=[0,0.1],
            colors=['tab:blue', 'tab:orange'])
    ax.axis('equal')
    plt.setp(autotexts, size=30, weight='bold')
    plt.setp(text, size=30, weight='bold')
    ax.set_title(r'Casos Confirmados Por Sexo em '+ \
                 county_name + r' (%)', fontsize=30)
    ax.text(1.15, -0.95, my_text,
            fontsize=20)
    plt.savefig('D:/Documents/Github/covid-19/figures/pie-sex-'+ \
                county_name[:5]+'.png', dpi=100, bbox_inches='tight')
    plt.show()

#%%


def statistics(data):
    pass





if __name__ == '__main__':
    import pandas as pd
    import matplotlib.pyplot as plt
    import seaborn as sns
    import os
    import numpy as np
    from collections import Counter
    from datetime import datetime

    now = datetime.now()

    dt_string = now.strftime("%d/%m/%Y %H:%M:%S")

    print(os.getcwd())
    os.chdir(r'D:\Documents\Github\covid-19')

# =============================================================================
#     large = 22; med = 16; small = 12
#     params = {'axes.titlesize': large,
#               'legend.fontsize': med,
#               'figure.figsize': (16, 10),
#               'axes.labelsize': med,
#               'axes.titlesize': med,
#               'xtick.labelsize': med,
#               'ytick.labelsize': med,
#               'figure.titlesize': large}
#     plt.rcParams.update(params)
# =============================================================================
    plt.style.use('seaborn-whitegrid')
    sns.set_style("white")

    county_name = 'Capitão Poço'