R-stuff

# 1. OLP-Functions
source(file.choose())

# 2. Packages
library(car)
library(moments)
library(ggplot2)
library(GGally)
library(scatterplot3d)
library(effects)
library(lavaan)
library(semPlot)
library(Rcpp)
library(lme4)
library(lmerTest)
library(sjPlot)
library(lattice)

options(scipen=999)

# 3. Dataset
load(file.choose()) # Rdata

#renaming variables
Montenegro$Thuisvoelen<-(Montenegro$ASBGSSB)
mean(Montenegro$Thuisvoelen, na.rm=T)
sd(Montenegro$Thuisvoelen, na.rm=T)

Montenegro$Geslacht<-(Montenegro$ASBG01)
Montenegro$Thuistaal<-(Montenegro$ASBG03)
Montenegro$Leermiddelen_thuis<-(Montenegro$ASBGHRL)
Montenegro$Gepest_voelen<-(Montenegro$ASBGSB)

#recoding variables
Montenegro$Gepest_voelenR <-(Montenegro$Gepest_voelen)*-1
Montenegro$Gepest_voelen
Montenegro$Gepest_voelenR

#z-score
Montenegro$Leermiddelen_thuisZ <- zscore(Montenegro$Leermiddelen_thuis)
Montenegro$Gepest_voelenRZ <- zscore(Montenegro$Gepest_voelenR)
Montenegro$Gepest_voelenZ <- zscore(Montenegro$Gepest_voelen)
Montenegro$ThuisvoelenZ <- zscore(Montenegro$ASBGSSB)

#categorical variables > dummyvariables
Montenegro$Meisje<-(Montenegro$Geslacht=="1")*1
Montenegro$Jongen<-(Montenegro$Geslacht=="2")*1
Montenegro$Instructietaal_Zelfde <- (Montenegro$Thuistaal=="1" | Montenegro$Thuistaal=="2" )*1
Montenegro$Instructietaal_Andere <- (Montenegro$Thuistaal=="3" | Montenegro$Thuistaal=="4")*1

## So far so good
Montenegro_Model2C0 <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + (1|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro, REML = F)
summary(Montenegro_Model2C0)

Montenegro_Model2C1 <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro, REML = F)
summary(Montenegro_Model2C1)

## Here, things start to go wrong...
Montenegro_Model2C2 <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + Instructietaal_Andere + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1 + Instructietaal_Andere|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro, REML = F)
summary(Montenegro_Model2C2)

Montenegro_Model2C3 <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + Instructietaal_Andere + Leermiddelen_thuisZ + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1 + Instructietaal_Andere|IDSCHOOL) + (1 + Leermiddelen_thuisZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro, REML = F)
summary(Montenegro_Model2C3)

Montenegro_Model2C4 <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + Instructietaal_Andere + Leermiddelen_thuisZ + Meisje + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1 + Instructietaal_Andere|IDSCHOOL) + (1 + Leermiddelen_thuisZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro, REML = F)
summary(Montenegro_Model2C4)

Montenegro_NA<-na.omit(Montenegro[c("IDSCHOOL","IDCLASS","ThuisvoelenZ", "Meisje", "Instructietaal_Andere", "Instructietaal_Zelfde", "Gepest_voelenRZ" , "Leermiddelen_thuisZ")])
Montenegro_Model2C0NA <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + (1|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro_NA, REML = F)
Montenegro_Model2c1NA <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro_NA, REML = F)
Montenegro_Model2C2NA <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + Instructietaal_Andere + (1 + Instructietaal_Andere|IDSCHOOL) + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro_NA, REML = F)
Montenegro_Model2C3NA <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + Instructietaal_Andere + Leermiddelen_thuisZ + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1 + Instructietaal_Andere|IDSCHOOL) + (1 + Leermiddelen_thuisZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro_NA, REML = F)
Montenegro_Model2C4NA <- lmer(ThuisvoelenZ ~ 1 + Gepest_voelenRZ + Instructietaal_Andere + Leermiddelen_thuisZ + Meisje + (1 + Gepest_voelenRZ|IDSCHOOL) + (1 + Instructietaal_Andere|IDSCHOOL) + (1 + Leermiddelen_thuisZ|IDSCHOOL) + (1|IDCLASS), data = Montenegro_NA, REML = F)