SHARE
TWEET

dvd

a guest Jun 19th, 2017 50 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. {
  2.     "Compartments": [{
  3.         "Compartments": [],
  4.         "IngredientGroups": [{
  5.             "Ingredients": [{
  6.                 "ingredient_id": 19,
  7.                 "name": "surf_0__HIV1_ENV",
  8.                 "nbMol": 12,
  9.                 "path": "",
  10.                 "source": {
  11.                     "pdb": "HIV1_ENV_4ncoABEFIJ.pdb",
  12.                     "transform": {
  13.                         "center": true,
  14.                         "offset": [-0.005,
  15.                         0.334,
  16.                         -84.096]
  17.                     }
  18.                 }
  19.             },
  20.             {
  21.                 "ingredient_id": 20,
  22.                 "name": "surf_0__HIV1_MA",
  23.                 "nbMol": 534,
  24.                 "path": "",
  25.                 "source": {
  26.                     "pdb": "MA_matrix_G1.pdb",
  27.                     "transform": {
  28.                         "center": true,
  29.                         "offset": [0,
  30.                         -33.453,
  31.                         0]
  32.                     }
  33.                 }
  34.             },
  35.             {
  36.                 "ingredient_id": 21,
  37.                 "name": "surf_0__HIV1_NEF",
  38.                 "nbMol": 5,
  39.                 "path": "",
  40.                 "source": {
  41.                     "pdb": "nef_1avv.pdb",
  42.                     "transform": {
  43.                         "center": true,
  44.                         "offset": [-5.399,
  45.                         4.518,
  46.                         -30.788]
  47.                     }
  48.                 }
  49.             },
  50.             {
  51.                 "ingredient_id": 22,
  52.                 "name": "surf_0__HIV1_HLA",
  53.                 "nbMol": 6,
  54.                 "path": "",
  55.                 "source": {
  56.                     "pdb": "1dlh_HLA_Moved_0_1_0.pdb",
  57.                     "transform": {
  58.                         "center": true,
  59.                         "offset": [0.045,
  60.                         -0.006,
  61.                         -30.101]
  62.                     }
  63.                 }
  64.             },
  65.             {
  66.                 "ingredient_id": 23,
  67.                 "name": "surf_0__HIV1_VPU",
  68.                 "nbMol": 4,
  69.                 "path": "",
  70.                 "source": {
  71.                     "pdb": "1PI7_1vpu_biounit.pdb",
  72.                     "transform": {
  73.                         "center": true,
  74.                         "offset": [0,
  75.                         0,
  76.                         -11.356]
  77.                     }
  78.                 }
  79.             }],
  80.             "fiber": false,
  81.             "local_id": 0,
  82.             "name": "surface",
  83.             "unique_id": 1
  84.         },
  85.         {
  86.             "Ingredients": [{
  87.                 "ingredient_id": 24,
  88.                 "name": "int_0__HIV1_SP1",
  89.                 "nbMol": 2500,
  90.                 "path": "",
  91.                 "source": {
  92.                     "pdb": "HIV1_SP1_hack_0_1_0.pdb",
  93.                     "transform": {
  94.                         "center": true
  95.                     }
  96.                 }
  97.             },
  98.             {
  99.                 "ingredient_id": 25,
  100.                 "name": "int_0__HIV1_NC",
  101.                 "nbMol": 328,
  102.                 "path": "",
  103.                 "source": {
  104.                     "pdb": "1a1t_model1_A.pdb",
  105.                     "transform": {
  106.                         "center": true
  107.                     }
  108.                 }
  109.             },
  110.             {
  111.                 "ingredient_id": 26,
  112.                 "name": "int_0__HIV1_P6_VPR",
  113.                 "nbMol": 136,
  114.                 "path": "",
  115.                 "source": {
  116.                     "pdb": "HIV1_P6_VPR.pdb",
  117.                     "transform": {
  118.                         "center": true
  119.                     }
  120.                 }
  121.             },
  122.             {
  123.                 "ingredient_id": 27,
  124.                 "name": "int_0__HIV1_P6",
  125.                 "nbMol": 1019,
  126.                 "path": "",
  127.                 "source": {
  128.                     "pdb": "HIV1_P6_SwissMod_0_1_0.pdb",
  129.                     "transform": {
  130.                         "center": true
  131.                     }
  132.                 }
  133.             },
  134.             {
  135.                 "ingredient_id": 28,
  136.                 "name": "int_0__HIV1_PR_7hvp_0_1_0",
  137.                 "nbMol": 125,
  138.                 "path": "",
  139.                 "source": {
  140.                     "pdb": "7hvp",
  141.                     "transform": {
  142.                         "center": true,
  143.                         "offset": [0,
  144.                         0,
  145.                         0]
  146.                     }
  147.                 }
  148.             },
  149.             {
  150.                 "ingredient_id": 29,
  151.                 "name": "int_0__HIV1_VIF_Modbase_0_1_0",
  152.                 "nbMol": 100,
  153.                 "path": "",
  154.                 "source": {
  155.                     "pdb": "ModBase_VIF.pdb",
  156.                     "transform": {
  157.                         "center": true
  158.                     }
  159.                 }
  160.             },
  161.             {
  162.                 "ingredient_id": 30,
  163.                 "name": "int_0__HIV1_VPR_1esx_0_1_0",
  164.                 "nbMol": 145,
  165.                 "path": "",
  166.                 "source": {
  167.                     "pdb": "1esx",
  168.                     "transform": {
  169.                         "center": true
  170.                     }
  171.                 }
  172.             },
  173.             {
  174.                 "ingredient_id": 31,
  175.                 "name": "int_0__HIV1_CAhexCyclophilA_0_1_0",
  176.                 "nbMol": 100,
  177.                 "path": "",
  178.                 "source": {
  179.                     "pdb": "1AK4fitTo1VU4hex_manu.pdb",
  180.                     "transform": {
  181.                         "center": true
  182.                     }
  183.                 }
  184.             },
  185.             {
  186.                 "ingredient_id": 32,
  187.                 "name": "int_0__HIV1_NC_1f6u_0_1_0",
  188.                 "nbMol": 359,
  189.                 "path": "",
  190.                 "source": {
  191.                     "pdb": "1f6u",
  192.                     "transform": {
  193.                         "center": true
  194.                     }
  195.                 }
  196.             },
  197.             {
  198.                 "ingredient_id": 33,
  199.                 "name": "int_0__HIV1_CAhex_0_1_0",
  200.                 "nbMol": 91,
  201.                 "path": "",
  202.                 "source": {
  203.                     "pdb": "1AK4fitTo1VU4hex_manu.pdb",
  204.                     "transform": {
  205.                         "center": true
  206.                     }
  207.                 }
  208.             },
  209.             {
  210.                 "ingredient_id": 34,
  211.                 "name": "int_0__HIV1_SP2_hack_0_1_0",
  212.                 "nbMol": 2500,
  213.                 "path": "",
  214.                 "source": {
  215.                     "pdb": "HIV1_SP2_hack_0_1_0.pdb",
  216.                     "transform": {
  217.                         "center": true
  218.                     }
  219.                 }
  220.             },
  221.             {
  222.                 "ingredient_id": 35,
  223.                 "name": "int_0__HIV1_RT_3hvt_0_1_0",
  224.                 "nbMol": 11,
  225.                 "path": "",
  226.                 "source": {
  227.                     "pdb": "3hvt",
  228.                     "transform": {
  229.                         "center": true
  230.                     }
  231.                 }
  232.             },
  233.             {
  234.                 "ingredient_id": 36,
  235.                 "name": "int_0__HIV1_NEFsol_Hyb_0_2_0",
  236.                 "nbMol": 5,
  237.                 "path": "",
  238.                 "source": {
  239.                     "pdb": "nefStef_1.pdb",
  240.                     "transform": {
  241.                         "center": true
  242.                     }
  243.                 }
  244.             },
  245.             {
  246.                 "ingredient_id": 37,
  247.                 "name": "int_0__HIV1_CyclophilinA_1ak4_0_1_0",
  248.                 "nbMol": 150,
  249.                 "path": "",
  250.                 "source": {
  251.                     "pdb": "1AK4A.pdb",
  252.                     "transform": {
  253.                         "center": true
  254.                     }
  255.                 }
  256.             },
  257.             {
  258.                 "ingredient_id": 38,
  259.                 "name": "int_0__HIV1_IN_1ex4_0_1_0",
  260.                 "nbMol": 25,
  261.                 "path": "",
  262.                 "source": {
  263.                     "pdb": "1ex4",
  264.                     "transform": {
  265.                         "center": true
  266.                     }
  267.                 }
  268.             }],
  269.             "fiber": false,
  270.             "local_id": 1,
  271.             "name": "interior",
  272.             "unique_id": 2
  273.         }],
  274.         "local_id": 0,
  275.         "name": "envelope",
  276.         "unique_id": 1
  277.     },
  278.     {
  279.         "Compartments": [],
  280.         "IngredientGroups": [{
  281.             "Ingredients": [{
  282.                 "ingredient_id": 39,
  283.                 "name": "surf_1__HIV1_CA_mono",
  284.                 "nbMol": 1356,
  285.                 "path": "",
  286.                 "source": {
  287.                     "pdb": "3j3q_1vu4_A_biomt.pdb",
  288.                     "transform": {
  289.                         "center": true
  290.                     }
  291.                 }
  292.             }],
  293.             "fiber": false,
  294.             "local_id": 0,
  295.             "name": "surface",
  296.             "unique_id": 3
  297.         },
  298.         {
  299.             "Ingredients": [{
  300.                 "ingredient_id": 40,
  301.                 "name": "int_1__HIV1_RT_3hvt_0_1_0",
  302.                 "nbMol": 19,
  303.                 "path": "",
  304.                 "source": {
  305.                     "pdb": "3hvt",
  306.                     "transform": {
  307.                         "center": true
  308.                     }
  309.                 }
  310.             },
  311.             {
  312.                 "ingredient_id": 41,
  313.                 "name": "int_1__HIV1_NC",
  314.                 "nbMol": 212,
  315.                 "path": "",
  316.                 "source": {
  317.                     "pdb": "1a1t_model1_A.pdb",
  318.                     "transform": {
  319.                         "center": true
  320.                     }
  321.                 }
  322.             },
  323.             {
  324.                 "ingredient_id": 42,
  325.                 "name": "int_1__HIV1_NC_1f6u_0_1_0",
  326.                 "nbMol": 230,
  327.                 "path": "",
  328.                 "source": {
  329.                     "pdb": "1f6u",
  330.                     "transform": {
  331.                         "center": true
  332.                     }
  333.                 }
  334.             },
  335.             {
  336.                 "ingredient_id": 43,
  337.                 "name": "int_1__HIV1_TAT",
  338.                 "nbMol": 54,
  339.                 "path": "",
  340.                 "source": {
  341.                     "pdb": "1JFWpm.pdb",
  342.                     "transform": {
  343.                         "center": true
  344.                     }
  345.                 }
  346.             },
  347.             {
  348.                 "ingredient_id": 44,
  349.                 "name": "int_1__HIV1_IN_1ex4_0_1_0",
  350.                 "nbMol": 25,
  351.                 "path": "",
  352.                 "source": {
  353.                     "pdb": "1ex4",
  354.                     "transform": {
  355.                         "center": true
  356.                     }
  357.                 }
  358.             }],
  359.             "fiber": false,
  360.             "local_id": 1,
  361.             "name": "interior",
  362.             "unique_id": 4
  363.         }],
  364.         "local_id": 1,
  365.         "name": "capsid",
  366.         "unique_id": 2
  367.     }],
  368.     "IngredientGroups": [{
  369.         "Ingredients": [{
  370.             "ingredient_id": 0,
  371.             "name": "ext__HumanIgG",
  372.             "nbMol": 906,
  373.             "path": "",
  374.             "source": {
  375.                 "pdb": "igg.pdb",
  376.                 "transform": {
  377.                     "center": true
  378.                 }
  379.             }
  380.         },
  381.         {
  382.             "ingredient_id": 1,
  383.             "name": "ext__HumanIgM",
  384.             "nbMol": 23,
  385.             "path": "",
  386.             "source": {
  387.                 "pdb": "2rcj",
  388.                 "transform": {
  389.                     "center": true
  390.                 }
  391.             }
  392.         },
  393.         {
  394.             "ingredient_id": 2,
  395.             "name": "ext__Hemoglobin",
  396.             "nbMol": 4,
  397.             "path": "",
  398.             "source": {
  399.                 "pdb": "2hhb",
  400.                 "transform": {
  401.                     "center": true
  402.                 }
  403.             }
  404.         },
  405.         {
  406.             "ingredient_id": 3,
  407.             "name": "ext__HumanFibrinogen",
  408.             "nbMol": 139,
  409.             "path": "",
  410.             "source": {
  411.                 "pdb": "3ghg_ABCDEFMNOP.pdb",
  412.                 "transform": {
  413.                     "center": true
  414.                 }
  415.             }
  416.         },
  417.         {
  418.             "ingredient_id": 4,
  419.             "name": "ext__Heparin",
  420.             "nbMol": 2,
  421.             "path": "",
  422.             "source": {
  423.                 "pdb": "3irl",
  424.                 "transform": {
  425.                     "center": true
  426.                 }
  427.             }
  428.         },
  429.         {
  430.             "ingredient_id": 5,
  431.             "name": "ext__dLDL",
  432.             "nbMol": 16,
  433.             "path": "",
  434.             "source": {
  435.                 "emdb": "5239",
  436.                 "pdb": "None",
  437.                 "transform": {
  438.                     "center": true
  439.                 }
  440.             }
  441.         },
  442.         {
  443.             "ingredient_id": 6,
  444.             "name": "ext__AntiTrypsin",
  445.             "nbMol": 646,
  446.             "path": "",
  447.             "source": {
  448.                 "pdb": "1atu",
  449.                 "transform": {
  450.                     "center": true
  451.                 }
  452.             }
  453.         },
  454.         {
  455.             "ingredient_id": 7,
  456.             "name": "ext__plv_Polio",
  457.             "nbMol": 1,
  458.             "path": "",
  459.             "source": {
  460.                 "biomt": true,
  461.                 "pdb": "2plv",
  462.                 "transform": {
  463.                     "center": false
  464.                 }
  465.             }
  466.         },
  467.         {
  468.             "ingredient_id": 8,
  469.             "name": "ext__i2tsc_63kD",
  470.             "nbMol": 369,
  471.             "path": "",
  472.             "source": {
  473.                 "pdb": "2tsc",
  474.                 "transform": {
  475.                     "center": true
  476.                 }
  477.             }
  478.         },
  479.         {
  480.             "ingredient_id": 9,
  481.             "name": "ext__i1ysx_23kD",
  482.             "nbMol": 92,
  483.             "path": "",
  484.             "source": {
  485.                 "pdb": "1ysx",
  486.                 "transform": {
  487.                     "center": true
  488.                 }
  489.             }
  490.         },
  491.         {
  492.             "ingredient_id": 10,
  493.             "name": "ext__SerumAlbumin",
  494.             "nbMol": 4702,
  495.             "path": "",
  496.             "source": {
  497.                 "pdb": "1e7i",
  498.                 "transform": {
  499.                     "center": true
  500.                 }
  501.             }
  502.         },
  503.         {
  504.             "ingredient_id": 11,
  505.             "name": "ext__Ceruloplasmin",
  506.             "nbMol": 29,
  507.             "path": "",
  508.             "source": {
  509.                 "pdb": "1kcw",
  510.                 "transform": {
  511.                     "center": true
  512.                 }
  513.             }
  514.         },
  515.         {
  516.             "ingredient_id": 12,
  517.             "name": "ext__iLDL",
  518.             "nbMol": 17,
  519.             "path": "",
  520.             "source": {
  521.                 "emdb": "5421",
  522.                 "transform": {
  523.                     "center": true
  524.                 }
  525.             }
  526.         },
  527.         {
  528.             "ingredient_id": 13,
  529.             "name": "ext__HumanIgA",
  530.             "nbMol": 92,
  531.             "path": "",
  532.             "source": {
  533.                 "biomt": true,
  534.                 "pdb": "igg_dim.pdb",
  535.                 "transform": {
  536.                     "center": false
  537.                 }
  538.             }
  539.         },
  540.         {
  541.             "ingredient_id": 14,
  542.             "name": "ext__Insulin",
  543.             "nbMol": 2,
  544.             "path": "",
  545.             "source": {
  546.                 "pdb": "2hiu",
  547.                 "transform": {
  548.                     "center": true
  549.                 }
  550.             }
  551.         },
  552.         {
  553.             "ingredient_id": 15,
  554.             "name": "ext__FactorH1",
  555.             "nbMol": 38,
  556.             "path": "",
  557.             "source": {
  558.                 "pdb": "3gau",
  559.                 "transform": {
  560.                     "center": true
  561.                 }
  562.             }
  563.         },
  564.         {
  565.             "ingredient_id": 16,
  566.             "name": "ext__Transferrin",
  567.             "nbMol": 370,
  568.             "path": "",
  569.             "source": {
  570.                 "pdb": "1lfg",
  571.                 "transform": {
  572.                     "center": true
  573.                 }
  574.             }
  575.         },
  576.         {
  577.             "ingredient_id": 17,
  578.             "name": "ext__i1smd_56kD",
  579.             "nbMol": 646,
  580.             "path": "",
  581.             "source": {
  582.                 "pdb": "1smd",
  583.                 "transform": {
  584.                     "center": true
  585.                 }
  586.             }
  587.         },
  588.         {
  589.             "ingredient_id": 18,
  590.             "name": "ext__i7aat_91kD",
  591.             "nbMol": 370,
  592.             "path": "",
  593.             "source": {
  594.                 "pdb": "7aat",
  595.                 "transform": {
  596.                     "center": true
  597.                 }
  598.             }
  599.         }],
  600.         "fiber": false,
  601.         "local_id": 0,
  602.         "name": "plasma",
  603.         "unique_id": 0
  604.     }],
  605.     "local_id": 0,
  606.     "name": "root",
  607.     "unique_id": 0
  608. }
RAW Paste Data
Top