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<?php


$dados = '[
   {
      "id":1,
      "descricao":"Tipo de Registro 01",
      "status_op":"status de op 01",
      "status_atividade":"status de atividade 01",
      "exige_atividade":false,
      "acao_op":"Nenhum",
      "acao_atividade":"Nenhum",
      "tipo_registro_campos":[
         {
            "id":3,
            "nome":"teste",
            "tipo_dado":"Texto",
            "comportamento":"CodigoRastreavel",
            "tamanho":10,
            "obrigatorio":false,
            "id_tipo_registro":1
         }
      ]
   },
   {
      "id":2,
      "descricao":"Teste 2",
      "status_op":"status 01",
      "status_atividade":"status 02",
      "exige_atividade":false,
      "acao_op":"Nenhum",
      "acao_atividade":"Nenhum",
      "tipo_registro_campos":[
         {
            "id":6,
            "nome":"Label 1",
            "tipo_dado":"Numerico",
            "comportamento":"Nenhum",
            "tamanho":null,
            "obrigatorio":true,
            "id_tipo_registro":2
         },
         {
            "id":7,
            "nome":"Label 2",
            "tipo_dado":"Boolean",
            "comportamento":"Nenhum",
            "tamanho":null,
            "obrigatorio":false,
            "id_tipo_registro":2
         },
         {
            "id":8,
            "nome":"Label 3",
            "tipo_dado":"Texto",
            "comportamento":"Nenhum",
            "tamanho":null,
            "obrigatorio":false,
            "id_tipo_registro":2
         }
      ]
    }
]';

$atividades = json_decode($dados);
$atividades_total = count($atividades);

for($i=0;$i<$atividades_total;$i++) {
   for($j=0;$j<count($atividades[$i]->tipo_registro_campos);$j++) {
      $atividades[$i]->tipo_registro_campos[$j]->valor = null;
   }
}

var_dump($atividades);