vmd

.
├── include
│   ├── molfile_plugin.h
│   ├── vmdconio.h
│   └── vmdplugin.h
├── LINUXAARCH64ARM
│   ├── bin
│   │   ├── catdcd5.2
│   │   │   └── catdcd
│   │   └── cionize1.0
│   │       └── cionize
│   ├── molfile
│   │   ├── abinitplugin.so
│   │   ├── amiraplugin.so
│   │   ├── avsplugin.so
│   │   ├── babelplugin.so
│   │   ├── basissetplugin.so
│   │   ├── bgfplugin.so
│   │   ├── binposplugin.so
│   │   ├── biomoccaplugin.so
│   │   ├── brixplugin.so
│   │   ├── carplugin.so
│   │   ├── ccp4plugin.so
│   │   ├── corplugin.so
│   │   ├── cpmdplugin.so
│   │   ├── crdplugin.so
│   │   ├── cubeplugin.so
│   │   ├── dcdplugin.so
│   │   ├── dlpolyplugin.so
│   │   ├── dsn6plugin.so
│   │   ├── dtrplugin.so
│   │   ├── dxplugin.so
│   │   ├── edmplugin.so
│   │   ├── fs4plugin.so
│   │   ├── gamessplugin.so
│   │   ├── graspplugin.so
│   │   ├── grdplugin.so
│   │   ├── gridplugin.so
│   │   ├── gromacsplugin.so
│   │   ├── jsplugin.so
│   │   ├── lammpsplugin.so
│   │   ├── libmolfile_plugin.a
│   │   ├── libmolfile_plugin.h
│   │   ├── maeffplugin.so
│   │   ├── mapplugin.so
│   │   ├── mdfplugin.so
│   │   ├── mol2plugin.so
│   │   ├── moldenplugin.so
│   │   ├── molemeshplugin.so
│   │   ├── msmsplugin.so
│   │   ├── namdbinplugin.so
│   │   ├── offplugin.so
│   │   ├── parm7plugin.so
│   │   ├── parmplugin.so
│   │   ├── pbeqplugin.so
│   │   ├── pdbplugin.so
│   │   ├── pdbxplugin.so
│   │   ├── phiplugin.so
│   │   ├── pltplugin.so
│   │   ├── plyplugin.so
│   │   ├── pqrplugin.so
│   │   ├── psfplugin.so
│   │   ├── raster3dplugin.so
│   │   ├── rst7plugin.so
│   │   ├── situsplugin.so
│   │   ├── spiderplugin.so
│   │   ├── stlplugin.so
│   │   ├── tinkerplugin.so
│   │   ├── uhbdplugin.so
│   │   ├── vasp5xdatcarplugin.so
│   │   ├── vaspchgcarplugin.so
│   │   ├── vaspoutcarplugin.so
│   │   ├── vaspparchgplugin.so
│   │   ├── vaspposcarplugin.so
│   │   ├── vaspxdatcarplugin.so
│   │   ├── vaspxmlplugin.so
│   │   ├── vtkplugin.so
│   │   ├── xbgfplugin.so
│   │   ├── xsfplugin.so
│   │   └── xyzplugin.so
│   └── tcl
│       ├── bossconvert1.0
│       │   ├── bossconvert.tcl
│       │   ├── imprlist
│       │   ├── oplsaa.par
│       │   ├── oplsaa.sb
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── Topology
│       ├── cionize1.0
│       │   ├── cionize.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── clustalw1.1
│       │   ├── clustalw
│       │   ├── clustalw_help
│       │   ├── clustalw.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── libbiokit1.1
│       │   ├── libbiokit_entropy.tcl
│       │   ├── libbiokit_profcombine.tcl
│       │   ├── libbiokit.tcl
│       │   ├── metric.tcl
│       │   ├── percid
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── q
│       │   ├── qpair
│       │   ├── rmsd
│       │   ├── seqqr
│       │   └── structqr
│       ├── mafft1.1
│       │   ├── mafft.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── phylotree1.2
│       │   ├── cluster.tcl
│       │   ├── phylotree_analysis.tcl
│       │   ├── phylotree_data.tcl
│       │   ├── phylotree_export.tcl
│       │   ├── phylotree_je.tcl
│       │   ├── phylotree_matrixviewer.tcl
│       │   ├── phylotree_newick.tcl
│       │   ├── phylotree_nexus.tcl
│       │   ├── phylotree_nodeprops.tcl
│       │   ├── phylotree.tcl
│       │   ├── phylotree_widget.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── upgmaclu
│       ├── rnaview1.1
│       │   ├── BASEPARS
│       │   │   ├── Atomic_A.pdb
│       │   │   ├── Atomic_C.pdb
│       │   │   ├── Atomic_G.pdb
│       │   │   ├── Atomic_I.pdb
│       │   │   ├── Atomic_P.pdb
│       │   │   ├── Atomic_T.pdb
│       │   │   ├── Atomic_U.pdb
│       │   │   ├── CVS
│       │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   └── Root
│       │   │   ├── misc_rna.par
│       │   │   ├── ps_image.par
│       │   │   ├── raster3d.par
│       │   │   └── vrml_image.par
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── rnaview
│       │   └── rnaview.tcl
│       ├── stamp1.2
│       │   ├── dssp.directories
│       │   ├── pdb.directories
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── stamp
│       │   ├── stamp.defaults
│       │   └── stamp.tcl
│       └── volutil1.3
│           ├── pkgIndex.tcl
│           ├── volutil
│           └── volutil.tcl
├── noarch
│   └── tcl
│       ├── alascanfep1.0
│       │   ├── alascan_analysis.tcl
│       │   ├── alascan.tcl
│       │   ├── fep.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── apbsrun1.3
│       │   ├── apbsrun.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── radii.dat
│       ├── atomedit1.0
│       │   ├── atomedit.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── autoimd1.7
│       │   ├── autoimd-api.tcl
│       │   ├── autoimd-gui.tcl
│       │   ├── autoimd-settings.tcl
│       │   ├── autoimd.tcl
│       │   ├── autoimd-template.namd
│       │   ├── namdrun.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── ug.pdf
│       ├── autoionize1.5
│       │   ├── autoionizegui.tcl
│       │   ├── autoionize.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── bdtk1.0
│       │   ├── bdtk_gui.tcl
│       │   ├── bdtk_procs.tcl
│       │   ├── bdtk.tcl
│       │   ├── database
│       │   │   ├── CVS
│       │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   └── Root
│       │   │   ├── interactions.dat
│       │   │   ├── ions.dat
│       │   │   ├── membrane.dat
│       │   │   ├── potentials
│       │   │   │   ├── CVS
│       │   │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   │   └── Root
│       │   │   │   ├── extend114_chl-chl.dat
│       │   │   │   ├── extend114_pot-chl.dat
│       │   │   │   ├── extend114_pot-pot.dat
│       │   │   │   ├── graphene_cla.dat
│       │   │   │   └── graphene_pot.dat
│       │   │   └── shapes
│       │   │       ├── CVS
│       │   │       │   ├── Entries
│       │   │       │   ├── Repository
│       │   │       │   └── Root
│       │   │       ├── shape1.gif
│       │   │       ├── shape1.shp
│       │   │       ├── shape2.gif
│       │   │       └── shape2.shp
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── bendix1.1
│       │   ├── bendix.tcl
│       │   ├── GUI-tips.gif
│       │   ├── Monsieur_Bendix_smaller_still.gif
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── bfeestimator0.4
│       │   ├── bfee.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── bignum1.0
│       │   ├── bignum.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── biocore1.1
│       │   ├── biocorechat.tcl
│       │   ├── biocoreHelper.tcl
│       │   ├── biocorelogin.tcl
│       │   ├── biocorepubsync.tcl
│       │   ├── biocore.tcl
│       │   ├── biocoreutil.tcl
│       │   ├── locked.gif
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── unlocked.gif
│       ├── blast1.11
│       │   ├── blast_resultviewer.tcl
│       │   ├── blast.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── cgtools1.2
│       │   ├── cggui.tcl
│       │   ├── cgnetworking.tcl
│       │   ├── cgtools.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── protein.cgc
│       │   ├── rbcg-2007.par
│       │   ├── rbcg-2007.top
│       │   └── water.cgc
│       ├── chirality1.2
│       │   ├── chirality_gui.tcl
│       │   ├── chirality.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── cispeptide1.3
│       │   ├── cispeptide_gui.tcl
│       │   ├── cispeptide.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── cliptool1.0
│       │   ├── cliptool.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── clonerep1.3
│       │   ├── clonerep.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── colorscalebar3.0
│       │   ├── colorscalebar.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── contactmap1.1
│       │   ├── contactmap.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── cv_dashboard1.1
│       │   ├── cv_dashboard_editor.tcl
│       │   ├── cv_dashboard_main.tcl
│       │   ├── cv_dashboard_plots.tcl
│       │   ├── cv_dashboard.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── templates
│       │       ├── colvar_analysis.in
│       │       ├── colvar_extended.in
│       │       ├── colvar.in
│       │       ├── components
│       │       │   ├── angle.in
│       │       │   ├── coordnum.in
│       │       │   ├── CVS
│       │       │   │   ├── Entries
│       │       │   │   ├── Repository
│       │       │   │   └── Root
│       │       │   ├── dihedral.in
│       │       │   ├── dihedralPC.in
│       │       │   ├── dipoleangle.in
│       │       │   ├── dipolemagnitude.in
│       │       │   ├── distancedir.in
│       │       │   ├── distance.in
│       │       │   ├── distanceinv.in
│       │       │   ├── distancepairs.in
│       │       │   ├── distancevec.in
│       │       │   ├── distancexy.in
│       │       │   ├── distancez.in
│       │       │   ├── groupcoord.in
│       │       │   ├── gyration.in
│       │       │   ├── hbond.in
│       │       │   ├── inertia.in
│       │       │   ├── orientation.in
│       │       │   ├── rmsd.in
│       │       │   ├── selfcoordnum.in
│       │       │   ├── spinangle.in
│       │       │   └── tilt.in
│       │       ├── CVS
│       │       │   ├── Entries
│       │       │   ├── Repository
│       │       │   └── Root
│       │       └── moving_frame_of_reference.in
│       ├── dataimport1.0
│       │   ├── dataimport.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── demomaster1.0
│       │   ├── demomaster.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── dipwatch1.2
│       │   ├── dipwatch.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── dowser1.1
│       │   ├── dowser_gui.tcl
│       │   ├── dowser.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── exectool1.2
│       │   ├── exectool.tcl
│       │   ├── jobmanager.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── extendedpdb1.0
│       │   ├── extendedpdb.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── fftk1.3
│       │   ├── fftk_BondAngleOpt.tcl
│       │   ├── fftk_BuildPar.tcl
│       │   ├── fftk_ChargeOpt_ESP.tcl
│       │   ├── fftk_ChargeOpt.tcl
│       │   ├── fftk_Configuration.tcl
│       │   ├── fftk_DihOpt.tcl
│       │   ├── fftk_distort.tcl
│       │   ├── fftk_GenBonded.tcl
│       │   ├── fftk_GenDihScan.tcl
│       │   ├── fftk_GenZMatrix.tcl
│       │   ├── fftk_GeomOpt.tcl
│       │   ├── fftk_guiInterface.tcl
│       │   ├── fftk_guiProcs.tcl
│       │   ├── fftk_QMGaussian.tcl
│       │   ├── fftk_QMORCA.tcl
│       │   ├── fftk_SharedFcns.tcl
│       │   ├── fftk.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── gofrgui1.3
│       │   ├── gofrgui.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── hbonds1.2
│       │   ├── hbonds.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── heatmapper1.1
│       │   ├── heatmapper.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── idatm0.2
│       │   ├── idatm.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── ilstools1.5
│       │   ├── acetylene.xyz
│       │   ├── carbondioxide.xyz
│       │   ├── carbonmonoxide.xyz
│       │   ├── ethene.xyz
│       │   ├── hydrogen.xyz
│       │   ├── ilstools.tcl
│       │   ├── methane.xyz
│       │   ├── nitricoxide.xyz
│       │   ├── nitrogendioxide.xyz
│       │   ├── nitrogen.xyz
│       │   ├── nitrousoxide.xyz
│       │   ├── oxygen.xyz
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── imdmenu1.0
│       │   ├── imdmenu.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── infobutton1.0
│       │   ├── infobutton.tcl
│       │   ├── info.gif
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── inorganicbuilder0.1
│       │   ├── inorganicbuilder.tcl
│       │   ├── materials
│       │   │   ├── asio2.inp
│       │   │   ├── asio2.pdb
│       │   │   ├── asio2.top
│       │   │   ├── au.pdb
│       │   │   ├── au.top
│       │   │   ├── CVS
│       │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   └── Root
│       │   │   ├── graphite.pdb
│       │   │   ├── graphite.top
│       │   │   ├── quartz_alpha.pdb
│       │   │   ├── quartz_alpha.top
│       │   │   ├── si3n4.inp
│       │   │   ├── si3n4.pdb
│       │   │   ├── si3n4.top
│       │   │   ├── sio2.inp
│       │   │   ├── sio2.pdb
│       │   │   ├── sio2.top
│       │   │   ├── si.pdb
│       │   │   └── si.top
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── irspecgui1.3
│       │   ├── irspecgui.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── json1.0
│       │   ├── json.tcl
│       │   ├── json_write.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── mdff0.6
│       │   ├── load-mdff-results.tcl
│       │   ├── mdff_check.tcl
│       │   ├── mdff_correlation.tcl
│       │   ├── mdffgui_balloon.tcl
│       │   ├── mdff_gui.tcl
│       │   ├── mdff_map.tcl
│       │   ├── mdff_setup.tcl
│       │   ├── mdff_sim.tcl
│       │   ├── mdff.tcl
│       │   ├── mdff_template.namd
│       │   ├── mdff_tmp.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── README_REMDFF.txt
│       │   ├── remdff_template.namd
│       │   ├── replica-mdff.namd
│       │   ├── resetmaps.sh
│       │   ├── show_replicas_mdff.vmd
│       │   ├── xmdff_phenix.tcl
│       │   └── xmdff_template.namd
│       ├── membrane1.2
│       │   ├── membrane.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── popc36_box.pdb
│       │   ├── popc36_box.psf
│       │   ├── popc_box.pdb
│       │   ├── popc_box.psf
│       │   ├── pope36_box.pdb
│       │   ├── pope36_box.psf
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│       │   ├── pope_box.psf
│       │   └── top_all27_prot_lipid.inp
│       ├── mergestructs1.1
│       │   ├── mergestructs.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── modelmaker0.1
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│       │   ├── find_selection.tcl
│       │   ├── helix-turn-cc.tcl
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│       │   ├── modelmaker.tcl
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│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── README.md
│       │   ├── rosetta_input_generator.tcl
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│       ├── molefacture2.0
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│       │   │   ├── amino_acids
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│       │   │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   │   ├── Repository
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│       │   │   │   ├── CVS
│       │   │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   │   └── Root
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│       │   │   ├── convert_xbgf_to_frags.tcl
│       │   │   ├── CVS
│       │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   ├── Repository
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│       │   │   │   ├── CVS
│       │   │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   │   └── Root
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│       │   │   ├── icons
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│       │   │   │   ├── CVS
│       │   │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   │   └── Root
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│       │   │       ├── CVS
│       │   │       │   ├── Entries
│       │   │       │   ├── Repository
│       │   │       │   └── Root
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│       │   │       ├── rna_backbone.mfrag
│       │   │       ├── T.mfrag
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│       │   ├── molefacture_balloontext.tcl
│       │   ├── molefacture_builder.tcl
│       │   ├── molefacture_edit.tcl
│       │   ├── molefacture_geometry.tcl
│       │   ├── molefacture_gui.tcl
│       │   ├── molefacture_internals.tcl
│       │   ├── molefacture_state.tcl
│       │   ├── molefacture.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── moltoptools0.1
│       │   ├── moltoptools.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── multimolanim1.0
│       │   ├── multimolanim.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── multiplot1.7
│       │   ├── multiplot.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── multiseq2.1
│       │   ├── colormap_vmd.tcl
│       │   ├── export_options.tcl
│       │   ├── find.tcl
│       │   ├── get_input.tcl
│       │   ├── import_options.tcl
│       │   ├── multiseq.tcl
│       │   ├── phylotree_options.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── plot.tcl
│       │   ├── select_contactshell.tcl
│       │   ├── select_nrset.tcl
│       │   ├── select_residues.tcl
│       │   ├── stamp_options.tcl
│       │   ├── versions.txt
│       │   └── versions_WIN32.txt
│       ├── multiseqdialog1.1
│       │   ├── download_updates.tcl
│       │   ├── multiseqdialog.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── scrolledframe.tcl
│       │   └── wait_dialog.tcl
│       ├── multitext1.1
│       │   ├── multitext.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── namdenergy1.4
│       │   ├── namdenergy.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── namdgui1.4
│       │   ├── namdgui.tcl
│       │   ├── namdgui_tclforces.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── namdplot1.2
│       │   ├── namdplot.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── namdserver1.1
│       │   ├── namdserver.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── nanotube1.6
│       │   ├── graphene.tcl
│       │   ├── gui.tcl
│       │   ├── nanotube.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── navfly1.0
│       │   ├── navfly.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── navigate1.0
│       │   ├── navigate.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── networkview1.41
│       │   ├── adjacencyMatrix.tcl
│       │   ├── communityNetwork.tcl
│       │   ├── networkSetup.tcl
│       │   ├── networkViewGui.tcl
│       │   ├── networkView.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── suboptimalPaths.tcl
│       ├── nmwiz1.2
│       │   ├── nmwiz.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── optimization1.3
│       │   ├── optimization.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── palettetool1.0
│       │   ├── palettetool.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── paratool1.6
│       │   ├── paratool_atomedit.tcl
│       │   ├── paratool_aux.tcl
│       │   ├── paratool_charmmcharges.tcl
│       │   ├── paratool_components.tcl
│       │   ├── paratool_energies.tcl
│       │   ├── paratool_hessian.tcl
│       │   ├── paratool_intcoor.tcl
│       │   ├── paratool_lists.tcl
│       │   ├── paratool_parameters.tcl
│       │   ├── paratool_potscan.tcl
│       │   ├── paratool_readwrite.tcl
│       │   ├── paratool_refinement.tcl
│       │   ├── paratool_respcharges.tcl
│       │   ├── paratool.tcl
│       │   ├── paratool_tmcomplex.tcl
│       │   ├── paratool_topology.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── parsefep2.1
│       │   ├── parseFEP.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── pbctools2.8
│       │   ├── pbcbox.tcl
│       │   ├── pbcgui.tcl
│       │   ├── pbcjoin.tcl
│       │   ├── pbcset.tcl
│       │   ├── pbctools.tcl
│       │   ├── pbcunwrap.tcl
│       │   ├── pbcwrap.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── pdbtool1.1
│       │   ├── pdbtool.tcl
│       │   └── pkgIndex.tcl
│       ├── plumed2.7
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── templates_list_v1.tcl
│       │   ├── templates_list_v2.tcl
│       │   ├── templates_list_vmdcv.tcl
│       │   └── vmdplumed.tcl
│       ├── propka1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── propka.tcl
│       ├── psipred1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── psipred.tcl
│       ├── qmtool1.3
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── qmtool_analysis.tcl
│       │   ├── qmtool_atomedit.tcl
│       │   ├── qmtool_aux.tcl
│       │   ├── qmtool_charges.tcl
│       │   ├── qmtool_intcoor.tcl
│       │   ├── qmtool_readwrite.tcl
│       │   ├── qmtool_setup.tcl
│       │   └── qmtool.tcl
│       ├── qwikmd1.3
│       │   ├── Annealing.conf
│       │   ├── Equilibration.conf
│       │   ├── MD.conf
│       │   ├── Minimization.conf
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── QMMM-Ann.conf
│       │   ├── QMMM.conf
│       │   ├── QMMM-Equi.conf
│       │   ├── QMMM-Min.conf
│       │   ├── qwikmd_ballon.tcl
│       │   ├── qwikmd_func.tcl
│       │   ├── qwikmd_info.tcl
│       │   ├── qwikmd_logText.tcl
│       │   ├── qwikmd.tcl
│       │   └── SMD.conf
│       ├── ramaplot1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── ramaplot.tcl
│       ├── readcharmmpar1.5
│       │   ├── par_all22_prot.prm
│       │   ├── par_all27_prot_lipid_na.inp
│       │   ├── par_all36_carb.prm
│       │   ├── par_all36_cgenff.prm
│       │   ├── par_all36_lipid.prm
│       │   ├── par_all36_na.prm
│       │   ├── par_all36_prot.prm
│       │   ├── par_amber2charmm.inp
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── readcharmmpar.tcl
│       │   ├── toppar_all36_carb_glycopeptide.str
│       │   └── toppar_water_ions_namd.str
│       ├── readcharmmtop1.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── readcharmmtop.tcl
│       │   ├── top_all22_prot.rtf
│       │   ├── top_all27_hybrid.inp
│       │   ├── top_all27_prot_lipid_na.inp
│       │   ├── top_all36_carb.rtf
│       │   ├── top_all36_cgenff.rtf
│       │   ├── top_all36_hybrid.inp
│       │   ├── top_all36_lipid.rtf
│       │   ├── top_all36_na.rtf
│       │   ├── top_all36_prot.rtf
│       │   ├── top_amber2charmm.inp
│       │   ├── toppar_all36_carb_glycopeptide.str
│       │   └── toppar_water_ions_namd.str
│       ├── remote0.6
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── remote.tcl
│       ├── resptool1.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── resptool.tcl
│       ├── rmsd1.0
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── rmsd.tcl
│       ├── rmsdtt3.0
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── rmsdtt.tcl
│       ├── rmsdvt1.0
│       │   ├── modal.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── rmsdvt-gui.tcl
│       │   └── rmsdvt.tcl
│       ├── ruler1.0
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── ruler.tcl
│       ├── runante0.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── runante.tcl
│       ├── runsqm0.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── runsqm.tcl
│       ├── saltbr1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── saltbr.tcl
│       ├── seqdata1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── seqdata_aln.tcl
│       │   ├── seqdata_astral.tcl
│       │   ├── seqdata_enzyme.tcl
│       │   ├── seqdata_fasta.tcl
│       │   ├── seqdata_genbank.tcl
│       │   ├── seqdata_nex.tcl
│       │   ├── seqdata_notes.tcl
│       │   ├── seqdata_pdb.tcl
│       │   ├── seqdata_phy.tcl
│       │   ├── seqdata_pir.tcl
│       │   ├── seqdata_scop.tcl
│       │   ├── seqdata_swissprot.tcl
│       │   ├── seqdata_taxonomy.tcl
│       │   ├── seqdata.tcl
│       │   ├── seqdata_temperature.tcl
│       │   └── seqdata_vmd.tcl
│       ├── seqedit1.1
│       │   ├── blosum
│       │   │   ├── blosum100.bla
│       │   │   ├── blosum30.bla
│       │   │   ├── blosum35.bla
│       │   │   ├── blosum40.bla
│       │   │   ├── blosum45.bla
│       │   │   ├── blosum50.bla
│       │   │   ├── blosum55.bla
│       │   │   ├── blosum60.bla
│       │   │   ├── blosum62.bla
│       │   │   ├── blosum65.bla
│       │   │   ├── blosum70.bla
│       │   │   ├── blosum75.bla
│       │   │   ├── blosum80.bla
│       │   │   ├── blosum85.bla
│       │   │   ├── blosum90.bla
│       │   │   ├── blosum95.bla
│       │   │   └── blosumn.bla
│       │   ├── clustalw_preferences.tcl
│       │   ├── colormap_default.tcl
│       │   ├── consensus_builder.tcl
│       │   ├── customize_groups.tcl
│       │   ├── get_groupname.tcl
│       │   ├── metric_conservation.tcl
│       │   ├── metric_element.tcl
│       │   ├── metric_entropy.tcl
│       │   ├── metric_import.tcl
│       │   ├── metric_insertions.tcl
│       │   ├── metric_mutualinfo.tcl
│       │   ├── metric_percentid.tcl
│       │   ├── metric_selection.tcl
│       │   ├── metric_signatures.tcl
│       │   ├── metric_similarity.tcl
│       │   ├── metric_type.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── removegaps_options.tcl
│       │   ├── seqedit_preview.tcl
│       │   ├── seqedit.tcl
│       │   ├── seqedit_widget_edit.tcl
│       │   ├── seqedit_widget_select.tcl
│       │   ├── seqedit_widget_statusbar.tcl
│       │   ├── seqedit_widget.tcl
│       │   └── taxonomy_options.tcl
│       ├── solvate1.7
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── solvate.tcl
│       │   ├── wat.pdb
│       │   ├── wat.psf
│       │   └── wat.top
│       ├── ssrestraints1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── ssrestraints_stride.tcl
│       │   └── ssrestraints.tcl
│       ├── stingtool1.0
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── stingtool.tcl
│       ├── structurecheck1.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── structurecheck.tcl
│       ├── symmetrytool1.3
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── symmetry.tcl
│       ├── tablelist5.13
│       │   ├── CHANGES.txt
│       │   ├── COPYRIGHT.txt
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── scripts
│       │   │   ├── mwutil.tcl
│       │   │   ├── pencil.cur
│       │   │   ├── repair.tcl
│       │   │   ├── tablelistBind.tcl
│       │   │   ├── tablelistConfig.tcl
│       │   │   ├── tablelistEdit.tcl
│       │   │   ├── tablelistImages.tcl
│       │   │   ├── tablelistMove.tcl
│       │   │   ├── tablelistSort.tcl
│       │   │   ├── tablelistThemes.tcl
│       │   │   ├── tablelistUtil.tcl
│       │   │   ├── tablelistWidget.tcl
│       │   │   └── tclIndex
│       │   ├── tablelistPublic.tcl
│       │   ├── tablelist.tcl
│       │   └── tablelist_tile.tcl
│       ├── timeline2.3
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── timeline.tcl
│       ├── tktooltip1.0
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── tktooltip.tcl
│       ├── topotools1.7
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── README
│       │   ├── topoangles.tcl
│       │   ├── topoatoms.tcl
│       │   ├── topobonds.tcl
│       │   ├── topocrossterms.tcl
│       │   ├── topodihedrals.tcl
│       │   ├── topogromacs.tcl
│       │   ├── topohelpers.tcl
│       │   ├── topoimpropers.tcl
│       │   ├── topolammps.tcl
│       │   ├── topotools.tcl
│       │   ├── topoutils.tcl
│       │   └── topovarxyz.tcl
│       ├── torsionplot1.1
│       │   ├── AMAN_12_AMAN.dx
│       │   ├── AMAN_12_BGLN.dx
│       │   ├── AMAN_14_BGLN.dx
│       │   ├── AMAN_16_AMAN.dx
│       │   ├── BGLN_14_BMAN.dx
│       │   ├── BGLN_16_AFUC.dx
│       │   ├── BGLN_or_AMAN_14_BGLN.dx
│       │   ├── BMAN_16_AMAN.dx
│       │   ├── MAN_13_AMAN.dx
│       │   ├── NGLB_FUC.dx
│       │   ├── NGLB_no_FUC.dx
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── rama-cispro.dx
│       │   ├── rama-general.dx
│       │   ├── rama-gly.dx
│       │   ├── rama-ileval.dx
│       │   ├── rama-prepro-noGP.dx
│       │   ├── rama-transpro.dx
│       │   └── torsionplot.tcl
│       ├── trunctraj1.5
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── toppar
│       │   │   ├── acepar19.inp
│       │   │   ├── acepar22_prot.inp
│       │   │   ├── acepar27_na.inp
│       │   │   ├── non_charmm
│       │   │   │   ├── par_amber_98.inp
│       │   │   │   ├── par_amber_cornell.inp
│       │   │   │   ├── par_bms_dec03.inp
│       │   │   │   ├── par_opls_aa.inp
│       │   │   │   ├── par_opls_ligand.inp
│       │   │   │   ├── top_amber_cornell.inp
│       │   │   │   ├── top_bms_dec03.inp
│       │   │   │   └── top_opls_aa.inp
│       │   │   ├── par_all22_prot_cmap.inp
│       │   │   ├── par_all22_prot.inp
│       │   │   ├── par_all22_sugar.inp
│       │   │   ├── par_all27_lipid.prm
│       │   │   ├── par_all27_na_lipid.prm
│       │   │   ├── par_all27_na.prm
│       │   │   ├── par_all27_prot_lipid.prm
│       │   │   ├── par_all27_prot_na.prm
│       │   │   ├── par_all30_cheq_prot.inp
│       │   │   ├── param19.inp
│       │   │   ├── pardna10_22.inp
│       │   │   ├── par_hbond.inp
│       │   │   ├── stream
│       │   │   │   ├── toppar_all22_prot_aldehydes.str
│       │   │   │   ├── toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str
│       │   │   │   ├── toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str
│       │   │   │   ├── toppar_all22_prot_heme.str
│       │   │   │   ├── toppar_all22_prot_model.str
│       │   │   │   ├── toppar_all22_prot_pyridines.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_lipid_cholesterol.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_lipid_model.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_na_base_modifications.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_na_bkb_modifications.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_na_carbocyclic.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_na_model.str
│       │   │   │   ├── toppar_all27_na_nad_ppi.str
│       │   │   │   ├── toppar_amines.str
│       │   │   │   ├── toppar_dum_nobel_gases.str
│       │   │   │   ├── toppar_hbond.str
│       │   │   │   ├── toppar_prot_na_all.str
│       │   │   │   └── toppar_water_ions.str
│       │   │   ├── top_all22_prot_cmap.inp
│       │   │   ├── top_all22_prot.inp
│       │   │   ├── top_all22_sugar.inp
│       │   │   ├── top_all27_lipid.rtf
│       │   │   ├── top_all27_na_lipid.rtf
│       │   │   ├── top_all27_na.rtf
│       │   │   ├── top_all27_prot_lipid.rtf
│       │   │   ├── top_all27_prot_na.rtf
│       │   │   ├── top_all30_cheq_prot.inp
│       │   │   ├── toph19.inp
│       │   │   └── toprna10r_22.inp
│       │   └── trunctraj.tcl
│       ├── utilities1.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── utilities.tcl
│       ├── vdna2.2
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── vdna.tcl
│       ├── viewchangerender1.8
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── vcr_gui.tcl
│       │   └── vcr.tcl
│       ├── viewmaster2.6
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── viewmaster.tcl
│       ├── vmddebug1.1
│       │   ├── debugatomsel.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── vmddebug.tcl
│       ├── vmdlite1.1
│       │   ├── centerMolecule.tcl
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── sandboxMolecules
│       │   │   ├── 1nqg.pdb
│       │   │   ├── 1ubq.pdb
│       │   │   ├── 3zoj.pdb
│       │   │   ├── 6tna.pdb
│       │   │   ├── bdna.pdb
│       │   │   ├── CVS
│       │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   └── Root
│       │   │   └── membrane.pdb
│       │   ├── vmdlite_analysis.tcl
│       │   ├── vmdlite_graphics.tcl
│       │   ├── vmdlite_guiProcs.tcl
│       │   ├── vmdlite_main.tcl
│       │   ├── vmdlite_sandbox.tcl
│       │   ├── vmdlite_system.tcl
│       │   ├── vmdlite.tcl
│       │   └── vmd.rc
│       ├── vmdmovie1.9
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── vmdmovie.tcl
│       ├── vmdprefs1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── vmdprefs.tcl
│       ├── vmdtkcon1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   ├── README
│       │   ├── tkcon-2.3
│       │   │   ├── ChangeLog
│       │   │   ├── CVS
│       │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   └── Root
│       │   │   ├── docs
│       │   │   │   ├── bindings.html
│       │   │   │   ├── changes.txt
│       │   │   │   ├── CVS
│       │   │   │   │   ├── Entries
│       │   │   │   │   ├── Repository
│       │   │   │   │   └── Root
│       │   │   │   ├── demopic.gif
│       │   │   │   ├── dump.html
│       │   │   │   ├── idebug.html
│       │   │   │   ├── index.html
│       │   │   │   ├── license.terms
│       │   │   │   ├── limits.html
│       │   │   │   ├── nontcl.html
│       │   │   │   ├── observe.html
│       │   │   │   ├── perl.txt
│       │   │   │   ├── plugin.html
│       │   │   │   ├── procs.html
│       │   │   │   ├── purpose.html
│       │   │   │   ├── start.html
│       │   │   │   ├── style.css
│       │   │   │   ├── tkcon.html
│       │   │   │   └── todo.html
│       │   │   ├── index.html
│       │   │   ├── README.txt
│       │   │   └── tkcon.tcl
│       │   ├── tkcon-modified.tcl
│       │   └── vmdtkcon.tcl
│       ├── volmapgui1.1
│       │   ├── pkgIndex.tcl
│       │   └── volmapgui.tcl
│       └── zoomseq1.2
│           ├── pkgIndex.tcl
│           └── zoomseq.tcl
└── t.txt

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