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Feb 20th, 2020
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  1. .
  2. ├── include
  3. │   ├── molfile_plugin.h
  4. │   ├── vmdconio.h
  5. │   └── vmdplugin.h
  6. ├── LINUXAARCH64ARM
  7. │   ├── bin
  8. │   │   ├── catdcd5.2
  9. │   │   │   └── catdcd
  10. │   │   └── cionize1.0
  11. │   │   └── cionize
  12. │   ├── molfile
  13. │   │   ├── abinitplugin.so
  14. │   │   ├── amiraplugin.so
  15. │   │   ├── avsplugin.so
  16. │   │   ├── babelplugin.so
  17. │   │   ├── basissetplugin.so
  18. │   │   ├── bgfplugin.so
  19. │   │   ├── binposplugin.so
  20. │   │   ├── biomoccaplugin.so
  21. │   │   ├── brixplugin.so
  22. │   │   ├── carplugin.so
  23. │   │   ├── ccp4plugin.so
  24. │   │   ├── corplugin.so
  25. │   │   ├── cpmdplugin.so
  26. │   │   ├── crdplugin.so
  27. │   │   ├── cubeplugin.so
  28. │   │   ├── dcdplugin.so
  29. │   │   ├── dlpolyplugin.so
  30. │   │   ├── dsn6plugin.so
  31. │   │   ├── dtrplugin.so
  32. │   │   ├── dxplugin.so
  33. │   │   ├── edmplugin.so
  34. │   │   ├── fs4plugin.so
  35. │   │   ├── gamessplugin.so
  36. │   │   ├── graspplugin.so
  37. │   │   ├── grdplugin.so
  38. │   │   ├── gridplugin.so
  39. │   │   ├── gromacsplugin.so
  40. │   │   ├── jsplugin.so
  41. │   │   ├── lammpsplugin.so
  42. │   │   ├── libmolfile_plugin.a
  43. │   │   ├── libmolfile_plugin.h
  44. │   │   ├── maeffplugin.so
  45. │   │   ├── mapplugin.so
  46. │   │   ├── mdfplugin.so
  47. │   │   ├── mol2plugin.so
  48. │   │   ├── moldenplugin.so
  49. │   │   ├── molemeshplugin.so
  50. │   │   ├── msmsplugin.so
  51. │   │   ├── namdbinplugin.so
  52. │   │   ├── offplugin.so
  53. │   │   ├── parm7plugin.so
  54. │   │   ├── parmplugin.so
  55. │   │   ├── pbeqplugin.so
  56. │   │   ├── pdbplugin.so
  57. │   │   ├── pdbxplugin.so
  58. │   │   ├── phiplugin.so
  59. │   │   ├── pltplugin.so
  60. │   │   ├── plyplugin.so
  61. │   │   ├── pqrplugin.so
  62. │   │   ├── psfplugin.so
  63. │   │   ├── raster3dplugin.so
  64. │   │   ├── rst7plugin.so
  65. │   │   ├── situsplugin.so
  66. │   │   ├── spiderplugin.so
  67. │   │   ├── stlplugin.so
  68. │   │   ├── tinkerplugin.so
  69. │   │   ├── uhbdplugin.so
  70. │   │   ├── vasp5xdatcarplugin.so
  71. │   │   ├── vaspchgcarplugin.so
  72. │   │   ├── vaspoutcarplugin.so
  73. │   │   ├── vaspparchgplugin.so
  74. │   │   ├── vaspposcarplugin.so
  75. │   │   ├── vaspxdatcarplugin.so
  76. │   │   ├── vaspxmlplugin.so
  77. │   │   ├── vtkplugin.so
  78. │   │   ├── xbgfplugin.so
  79. │   │   ├── xsfplugin.so
  80. │   │   └── xyzplugin.so
  81. │   └── tcl
  82. │   ├── bossconvert1.0
  83. │   │   ├── bossconvert.tcl
  84. │   │   ├── imprlist
  85. │   │   ├── oplsaa.par
  86. │   │   ├── oplsaa.sb
  87. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  88. │   │   └── Topology
  89. │   ├── cionize1.0
  90. │   │   ├── cionize.tcl
  91. │   │   └── pkgIndex.tcl
  92. │   ├── clustalw1.1
  93. │   │   ├── clustalw
  94. │   │   ├── clustalw_help
  95. │   │   ├── clustalw.tcl
  96. │   │   └── pkgIndex.tcl
  97. │   ├── libbiokit1.1
  98. │   │   ├── libbiokit_entropy.tcl
  99. │   │   ├── libbiokit_profcombine.tcl
  100. │   │   ├── libbiokit.tcl
  101. │   │   ├── metric.tcl
  102. │   │   ├── percid
  103. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  104. │   │   ├── q
  105. │   │   ├── qpair
  106. │   │   ├── rmsd
  107. │   │   ├── seqqr
  108. │   │   └── structqr
  109. │   ├── mafft1.1
  110. │   │   ├── mafft.tcl
  111. │   │   └── pkgIndex.tcl
  112. │   ├── phylotree1.2
  113. │   │   ├── cluster.tcl
  114. │   │   ├── phylotree_analysis.tcl
  115. │   │   ├── phylotree_data.tcl
  116. │   │   ├── phylotree_export.tcl
  117. │   │   ├── phylotree_je.tcl
  118. │   │   ├── phylotree_matrixviewer.tcl
  119. │   │   ├── phylotree_newick.tcl
  120. │   │   ├── phylotree_nexus.tcl
  121. │   │   ├── phylotree_nodeprops.tcl
  122. │   │   ├── phylotree.tcl
  123. │   │   ├── phylotree_widget.tcl
  124. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  125. │   │   └── upgmaclu
  126. │   ├── rnaview1.1
  127. │   │   ├── BASEPARS
  128. │   │   │   ├── Atomic_A.pdb
  129. │   │   │   ├── Atomic_C.pdb
  130. │   │   │   ├── Atomic_G.pdb
  131. │   │   │   ├── Atomic_I.pdb
  132. │   │   │   ├── Atomic_P.pdb
  133. │   │   │   ├── Atomic_T.pdb
  134. │   │   │   ├── Atomic_U.pdb
  135. │   │   │   ├── CVS
  136. │   │   │   │   ├── Entries
  137. │   │   │   │   ├── Repository
  138. │   │   │   │   └── Root
  139. │   │   │   ├── misc_rna.par
  140. │   │   │   ├── ps_image.par
  141. │   │   │   ├── raster3d.par
  142. │   │   │   └── vrml_image.par
  143. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  144. │   │   ├── rnaview
  145. │   │   └── rnaview.tcl
  146. │   ├── stamp1.2
  147. │   │   ├── dssp.directories
  148. │   │   ├── pdb.directories
  149. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  150. │   │   ├── stamp
  151. │   │   ├── stamp.defaults
  152. │   │   └── stamp.tcl
  153. │   └── volutil1.3
  154. │   ├── pkgIndex.tcl
  155. │   ├── volutil
  156. │   └── volutil.tcl
  157. ├── noarch
  158. │   └── tcl
  159. │   ├── alascanfep1.0
  160. │   │   ├── alascan_analysis.tcl
  161. │   │   ├── alascan.tcl
  162. │   │   ├── fep.tcl
  163. │   │   └── pkgIndex.tcl
  164. │   ├── apbsrun1.3
  165. │   │   ├── apbsrun.tcl
  166. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  167. │   │   └── radii.dat
  168. │   ├── atomedit1.0
  169. │   │   ├── atomedit.tcl
  170. │   │   └── pkgIndex.tcl
  171. │   ├── autoimd1.7
  172. │   │   ├── autoimd-api.tcl
  173. │   │   ├── autoimd-gui.tcl
  174. │   │   ├── autoimd-settings.tcl
  175. │   │   ├── autoimd.tcl
  176. │   │   ├── autoimd-template.namd
  177. │   │   ├── namdrun.tcl
  178. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  179. │   │   └── ug.pdf
  180. │   ├── autoionize1.5
  181. │   │   ├── autoionizegui.tcl
  182. │   │   ├── autoionize.tcl
  183. │   │   └── pkgIndex.tcl
  184. │   ├── bdtk1.0
  185. │   │   ├── bdtk_gui.tcl
  186. │   │   ├── bdtk_procs.tcl
  187. │   │   ├── bdtk.tcl
  188. │   │   ├── database
  189. │   │   │   ├── CVS
  190. │   │   │   │   ├── Entries
  191. │   │   │   │   ├── Repository
  192. │   │   │   │   └── Root
  193. │   │   │   ├── interactions.dat
  194. │   │   │   ├── ions.dat
  195. │   │   │   ├── membrane.dat
  196. │   │   │   ├── potentials
  197. │   │   │   │   ├── CVS
  198. │   │   │   │   │   ├── Entries
  199. │   │   │   │   │   ├── Repository
  200. │   │   │   │   │   └── Root
  201. │   │   │   │   ├── extend114_chl-chl.dat
  202. │   │   │   │   ├── extend114_pot-chl.dat
  203. │   │   │   │   ├── extend114_pot-pot.dat
  204. │   │   │   │   ├── graphene_cla.dat
  205. │   │   │   │   └── graphene_pot.dat
  206. │   │   │   └── shapes
  207. │   │   │   ├── CVS
  208. │   │   │   │   ├── Entries
  209. │   │   │   │   ├── Repository
  210. │   │   │   │   └── Root
  211. │   │   │   ├── shape1.gif
  212. │   │   │   ├── shape1.shp
  213. │   │   │   ├── shape2.gif
  214. │   │   │   └── shape2.shp
  215. │   │   └── pkgIndex.tcl
  216. │   ├── bendix1.1
  217. │   │   ├── bendix.tcl
  218. │   │   ├── GUI-tips.gif
  219. │   │   ├── Monsieur_Bendix_smaller_still.gif
  220. │   │   └── pkgIndex.tcl
  221. │   ├── bfeestimator0.4
  222. │   │   ├── bfee.tcl
  223. │   │   └── pkgIndex.tcl
  224. │   ├── bignum1.0
  225. │   │   ├── bignum.tcl
  226. │   │   └── pkgIndex.tcl
  227. │   ├── biocore1.1
  228. │   │   ├── biocorechat.tcl
  229. │   │   ├── biocoreHelper.tcl
  230. │   │   ├── biocorelogin.tcl
  231. │   │   ├── biocorepubsync.tcl
  232. │   │   ├── biocore.tcl
  233. │   │   ├── biocoreutil.tcl
  234. │   │   ├── locked.gif
  235. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  236. │   │   └── unlocked.gif
  237. │   ├── blast1.11
  238. │   │   ├── blast_resultviewer.tcl
  239. │   │   ├── blast.tcl
  240. │   │   └── pkgIndex.tcl
  241. │   ├── cgtools1.2
  242. │   │   ├── cggui.tcl
  243. │   │   ├── cgnetworking.tcl
  244. │   │   ├── cgtools.tcl
  245. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  246. │   │   ├── protein.cgc
  247. │   │   ├── rbcg-2007.par
  248. │   │   ├── rbcg-2007.top
  249. │   │   └── water.cgc
  250. │   ├── chirality1.2
  251. │   │   ├── chirality_gui.tcl
  252. │   │   ├── chirality.tcl
  253. │   │   └── pkgIndex.tcl
  254. │   ├── cispeptide1.3
  255. │   │   ├── cispeptide_gui.tcl
  256. │   │   ├── cispeptide.tcl
  257. │   │   └── pkgIndex.tcl
  258. │   ├── cliptool1.0
  259. │   │   ├── cliptool.tcl
  260. │   │   └── pkgIndex.tcl
  261. │   ├── clonerep1.3
  262. │   │   ├── clonerep.tcl
  263. │   │   └── pkgIndex.tcl
  264. │   ├── colorscalebar3.0
  265. │   │   ├── colorscalebar.tcl
  266. │   │   └── pkgIndex.tcl
  267. │   ├── contactmap1.1
  268. │   │   ├── contactmap.tcl
  269. │   │   └── pkgIndex.tcl
  270. │   ├── cv_dashboard1.1
  271. │   │   ├── cv_dashboard_editor.tcl
  272. │   │   ├── cv_dashboard_main.tcl
  273. │   │   ├── cv_dashboard_plots.tcl
  274. │   │   ├── cv_dashboard.tcl
  275. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  276. │   │   └── templates
  277. │   │   ├── colvar_analysis.in
  278. │   │   ├── colvar_extended.in
  279. │   │   ├── colvar.in
  280. │   │   ├── components
  281. │   │   │   ├── angle.in
  282. │   │   │   ├── coordnum.in
  283. │   │   │   ├── CVS
  284. │   │   │   │   ├── Entries
  285. │   │   │   │   ├── Repository
  286. │   │   │   │   └── Root
  287. │   │   │   ├── dihedral.in
  288. │   │   │   ├── dihedralPC.in
  289. │   │   │   ├── dipoleangle.in
  290. │   │   │   ├── dipolemagnitude.in
  291. │   │   │   ├── distancedir.in
  292. │   │   │   ├── distance.in
  293. │   │   │   ├── distanceinv.in
  294. │   │   │   ├── distancepairs.in
  295. │   │   │   ├── distancevec.in
  296. │   │   │   ├── distancexy.in
  297. │   │   │   ├── distancez.in
  298. │   │   │   ├── groupcoord.in
  299. │   │   │   ├── gyration.in
  300. │   │   │   ├── hbond.in
  301. │   │   │   ├── inertia.in
  302. │   │   │   ├── orientation.in
  303. │   │   │   ├── rmsd.in
  304. │   │   │   ├── selfcoordnum.in
  305. │   │   │   ├── spinangle.in
  306. │   │   │   └── tilt.in
  307. │   │   ├── CVS
  308. │   │   │   ├── Entries
  309. │   │   │   ├── Repository
  310. │   │   │   └── Root
  311. │   │   └── moving_frame_of_reference.in
  312. │   ├── dataimport1.0
  313. │   │   ├── dataimport.tcl
  314. │   │   └── pkgIndex.tcl
  315. │   ├── demomaster1.0
  316. │   │   ├── demomaster.tcl
  317. │   │   └── pkgIndex.tcl
  318. │   ├── dipwatch1.2
  319. │   │   ├── dipwatch.tcl
  320. │   │   └── pkgIndex.tcl
  321. │   ├── dowser1.1
  322. │   │   ├── dowser_gui.tcl
  323. │   │   ├── dowser.tcl
  324. │   │   └── pkgIndex.tcl
  325. │   ├── exectool1.2
  326. │   │   ├── exectool.tcl
  327. │   │   ├── jobmanager.tcl
  328. │   │   └── pkgIndex.tcl
  329. │   ├── extendedpdb1.0
  330. │   │   ├── extendedpdb.tcl
  331. │   │   └── pkgIndex.tcl
  332. │   ├── fftk1.3
  333. │   │   ├── fftk_BondAngleOpt.tcl
  334. │   │   ├── fftk_BuildPar.tcl
  335. │   │   ├── fftk_ChargeOpt_ESP.tcl
  336. │   │   ├── fftk_ChargeOpt.tcl
  337. │   │   ├── fftk_Configuration.tcl
  338. │   │   ├── fftk_DihOpt.tcl
  339. │   │   ├── fftk_distort.tcl
  340. │   │   ├── fftk_GenBonded.tcl
  341. │   │   ├── fftk_GenDihScan.tcl
  342. │   │   ├── fftk_GenZMatrix.tcl
  343. │   │   ├── fftk_GeomOpt.tcl
  344. │   │   ├── fftk_guiInterface.tcl
  345. │   │   ├── fftk_guiProcs.tcl
  346. │   │   ├── fftk_QMGaussian.tcl
  347. │   │   ├── fftk_QMORCA.tcl
  348. │   │   ├── fftk_SharedFcns.tcl
  349. │   │   ├── fftk.tcl
  350. │   │   └── pkgIndex.tcl
  351. │   ├── gofrgui1.3
  352. │   │   ├── gofrgui.tcl
  353. │   │   └── pkgIndex.tcl
  354. │   ├── hbonds1.2
  355. │   │   ├── hbonds.tcl
  356. │   │   └── pkgIndex.tcl
  357. │   ├── heatmapper1.1
  358. │   │   ├── heatmapper.tcl
  359. │   │   └── pkgIndex.tcl
  360. │   ├── idatm0.2
  361. │   │   ├── idatm.tcl
  362. │   │   └── pkgIndex.tcl
  363. │   ├── ilstools1.5
  364. │   │   ├── acetylene.xyz
  365. │   │   ├── carbondioxide.xyz
  366. │   │   ├── carbonmonoxide.xyz
  367. │   │   ├── ethene.xyz
  368. │   │   ├── hydrogen.xyz
  369. │   │   ├── ilstools.tcl
  370. │   │   ├── methane.xyz
  371. │   │   ├── nitricoxide.xyz
  372. │   │   ├── nitrogendioxide.xyz
  373. │   │   ├── nitrogen.xyz
  374. │   │   ├── nitrousoxide.xyz
  375. │   │   ├── oxygen.xyz
  376. │   │   └── pkgIndex.tcl
  377. │   ├── imdmenu1.0
  378. │   │   ├── imdmenu.tcl
  379. │   │   └── pkgIndex.tcl
  380. │   ├── infobutton1.0
  381. │   │   ├── infobutton.tcl
  382. │   │   ├── info.gif
  383. │   │   └── pkgIndex.tcl
  384. │   ├── inorganicbuilder0.1
  385. │   │   ├── inorganicbuilder.tcl
  386. │   │   ├── materials
  387. │   │   │   ├── asio2.inp
  388. │   │   │   ├── asio2.pdb
  389. │   │   │   ├── asio2.top
  390. │   │   │   ├── au.pdb
  391. │   │   │   ├── au.top
  392. │   │   │   ├── CVS
  393. │   │   │   │   ├── Entries
  394. │   │   │   │   ├── Repository
  395. │   │   │   │   └── Root
  396. │   │   │   ├── graphite.pdb
  397. │   │   │   ├── graphite.top
  398. │   │   │   ├── quartz_alpha.pdb
  399. │   │   │   ├── quartz_alpha.top
  400. │   │   │   ├── si3n4.inp
  401. │   │   │   ├── si3n4.pdb
  402. │   │   │   ├── si3n4.top
  403. │   │   │   ├── sio2.inp
  404. │   │   │   ├── sio2.pdb
  405. │   │   │   ├── sio2.top
  406. │   │   │   ├── si.pdb
  407. │   │   │   └── si.top
  408. │   │   └── pkgIndex.tcl
  409. │   ├── irspecgui1.3
  410. │   │   ├── irspecgui.tcl
  411. │   │   └── pkgIndex.tcl
  412. │   ├── json1.0
  413. │   │   ├── json.tcl
  414. │   │   ├── json_write.tcl
  415. │   │   └── pkgIndex.tcl
  416. │   ├── mdff0.6
  417. │   │   ├── load-mdff-results.tcl
  418. │   │   ├── mdff_check.tcl
  419. │   │   ├── mdff_correlation.tcl
  420. │   │   ├── mdffgui_balloon.tcl
  421. │   │   ├── mdff_gui.tcl
  422. │   │   ├── mdff_map.tcl
  423. │   │   ├── mdff_setup.tcl
  424. │   │   ├── mdff_sim.tcl
  425. │   │   ├── mdff.tcl
  426. │   │   ├── mdff_template.namd
  427. │   │   ├── mdff_tmp.tcl
  428. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  429. │   │   ├── README_REMDFF.txt
  430. │   │   ├── remdff_template.namd
  431. │   │   ├── replica-mdff.namd
  432. │   │   ├── resetmaps.sh
  433. │   │   ├── show_replicas_mdff.vmd
  434. │   │   ├── xmdff_phenix.tcl
  435. │   │   └── xmdff_template.namd
  436. │   ├── membrane1.2
  437. │   │   ├── membrane.tcl
  438. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  439. │   │   ├── popc36_box.pdb
  440. │   │   ├── popc36_box.psf
  441. │   │   ├── popc_box.pdb
  442. │   │   ├── popc_box.psf
  443. │   │   ├── pope36_box.pdb
  444. │   │   ├── pope36_box.psf
  445. │   │   ├── pope_box.pdb
  446. │   │   ├── pope_box.psf
  447. │   │   └── top_all27_prot_lipid.inp
  448. │   ├── mergestructs1.1
  449. │   │   ├── mergestructs.tcl
  450. │   │   └── pkgIndex.tcl
  451. │   ├── modelmaker0.1
  452. │   │   ├── align2d.py
  453. │   │   ├── CCColor.tcl
  454. │   │   ├── clash_selection.tcl
  455. │   │   ├── clusterK.py
  456. │   │   ├── find_selection.tcl
  457. │   │   ├── helix-turn-cc.tcl
  458. │   │   ├── makepsf.tcl
  459. │   │   ├── modelmaker.tcl
  460. │   │   ├── model-single.py
  461. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  462. │   │   ├── README.md
  463. │   │   ├── rosetta_input_generator.tcl
  464. │   │   ├── rosetta_scoring_wrapper.tcl
  465. │   │   ├── rosetta_vmd.tcl
  466. │   │   ├── ss_analysis.tcl
  467. │   │   └── utilities.tcl
  468. │   ├── molefacture2.0
  469. │   │   ├── lib
  470. │   │   │   ├── amino_acids
  471. │   │   │   │   ├── ALA.mfrag
  472. │   │   │   │   ├── ARG.mfrag
  473. │   │   │   │   ├── ASN.mfrag
  474. │   │   │   │   ├── ASP.mfrag
  475. │   │   │   │   ├── CVS
  476. │   │   │   │   │   ├── Entries
  477. │   │   │   │   │   ├── Repository
  478. │   │   │   │   │   └── Root
  479. │   │   │   │   ├── CYS.mfrag
  480. │   │   │   │   ├── GLN.mfrag
  481. │   │   │   │   ├── GLU.mfrag
  482. │   │   │   │   ├── GLY-end.mfrag
  483. │   │   │   │   ├── GLY.mfrag
  484. │   │   │   │   ├── HIS.mfrag
  485. │   │   │   │   ├── HSE.mfrag
  486. │   │   │   │   ├── ILE.mfrag
  487. │   │   │   │   ├── LEU.mfrag
  488. │   │   │   │   ├── LYS.mfrag
  489. │   │   │   │   ├── MET.mfrag
  490. │   │   │   │   ├── PHE.mfrag
  491. │   │   │   │   ├── PRO.mfrag
  492. │   │   │   │   ├── SER.mfrag
  493. │   │   │   │   ├── THR.mfrag
  494. │   │   │   │   ├── TRP.mfrag
  495. │   │   │   │   ├── TYR.mfrag
  496. │   │   │   │   └── VAL.mfrag
  497. │   │   │   ├── ATOMTYPE_OPLS.DEF
  498. │   │   │   ├── basemol
  499. │   │   │   │   ├── acetone.mfrag
  500. │   │   │   │   ├── ammonia.mfrag
  501. │   │   │   │   ├── anthracene.mfrag
  502. │   │   │   │   ├── basefrag.mdb
  503. │   │   │   │   ├── benzene.mfrag
  504. │   │   │   │   ├── benzene.pdb
  505. │   │   │   │   ├── butane.mfrag
  506. │   │   │   │   ├── CVS
  507. │   │   │   │   │   ├── Entries
  508. │   │   │   │   │   ├── Repository
  509. │   │   │   │   │   └── Root
  510. │   │   │   │   ├── cyclobutane.mfrag
  511. │   │   │   │   ├── cycloheptane.mfrag
  512. │   │   │   │   ├── cyclohexane.mfrag
  513. │   │   │   │   ├── cyclooctane.mfrag
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  515. │   │   │   │   ├── cyclopropane.mfrag
  516. │   │   │   │   ├── formic_acid.mfrag
  517. │   │   │   │   ├── furan.mfrag
  518. │   │   │   │   ├── hcn.mfrag
  519. │   │   │   │   ├── indole.mfrag
  520. │   │   │   │   ├── isoprene.mfrag
  521. │   │   │   │   ├── methane.mfrag
  522. │   │   │   │   ├── naphthalene.mfrag
  523. │   │   │   │   ├── norbornane.mfrag
  524. │   │   │   │   ├── oxyrane.mfrag
  525. │   │   │   │   ├── piperazine.mfrag
  526. │   │   │   │   ├── pyrazole.mfrag
  527. │   │   │   │   ├── pyridine.mfrag
  528. │   │   │   │   ├── pyrrole.mfrag
  529. │   │   │   │   ├── sulfate.mfrag
  530. │   │   │   │   ├── thf.mfrag
  531. │   │   │   │   ├── thiophene.mfrag
  532. │   │   │   │   └── water.mfrag
  533. │   │   │   ├── convert_xbgf_to_frags.tcl
  534. │   │   │   ├── CVS
  535. │   │   │   │   ├── Entries
  536. │   │   │   │   ├── Repository
  537. │   │   │   │   └── Root
  538. │   │   │   ├── fragments
  539. │   │   │   │   ├── amino.mfrag
  540. │   │   │   │   ├── butyl.mfrag
  541. │   │   │   │   ├── carbonyl.mfrag
  542. │   │   │   │   ├── carboxylate.frag
  543. │   │   │   │   ├── carboxyl.mfrag
  544. │   │   │   │   ├── chloride.mfrag
  545. │   │   │   │   ├── CVS
  546. │   │   │   │   │   ├── Entries
  547. │   │   │   │   │   ├── Repository
  548. │   │   │   │   │   └── Root
  549. │   │   │   │   ├── cycloheptane.frag
  550. │   │   │   │   ├── cyclooctane.frag
  551. │   │   │   │   ├── epoxide.frag
  552. │   │   │   │   ├── formyl.mfrag
  553. │   │   │   │   ├── frag.mdb
  554. │   │   │   │   ├── furan_1C.frag
  555. │   │   │   │   ├── furan_2C.frag
  556. │   │   │   │   ├── hydroxyl.mfrag
  557. │   │   │   │   ├── indole.frag
  558. │   │   │   │   ├── methyl.mfrag
  559. │   │   │   │   ├── methyl.pdb
  560. │   │   │   │   ├── nitrile.frag
  561. │   │   │   │   ├── nitro.frag
  562. │   │   │   │   ├── phenyl.mfrag
  563. │   │   │   │   ├── phospho.frag
  564. │   │   │   │   ├── tbutyl.mfrag
  565. │   │   │   │   ├── thiol.mfrag
  566. │   │   │   │   ├── thiophene_1C.frag
  567. │   │   │   │   ├── thiophene_2C.frag
  568. │   │   │   │   └── vinyl.mfrag
  569. │   │   │   ├── icons
  570. │   │   │   │   ├── add_atom.gif
  571. │   │   │   │   ├── add_atom_mac.gif
  572. │   │   │   │   ├── add_atom_selected.gif
  573. │   │   │   │   ├── add_atom_selected_mac.gif
  574. │   │   │   │   ├── add_bond.gif
  575. │   │   │   │   ├── add_bond_mac.gif
  576. │   │   │   │   ├── add_hydrogen.gif
  577. │   │   │   │   ├── add_hydrogen_mac.gif
  578. │   │   │   │   ├── arrow_down.gif
  579. │   │   │   │   ├── arrow_right.gif
  580. │   │   │   │   ├── bond_order.gif
  581. │   │   │   │   ├── bond_order_mac.gif
  582. │   │   │   │   ├── CVS
  583. │   │   │   │   │   ├── Entries
  584. │   │   │   │   │   ├── Repository
  585. │   │   │   │   │   └── Root
  586. │   │   │   │   ├── delete_bond.gif
  587. │   │   │   │   ├── delete_bond_mac.gif
  588. │   │   │   │   ├── delete.gif
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  590. │   │   │   │   ├── delete_selected.gif
  591. │   │   │   │   ├── delete_selected_mac.gif
  592. │   │   │   │   ├── duplicate.gif
  593. │   │   │   │   ├── duplicate_mac.gif
  594. │   │   │   │   ├── move_frag.gif
  595. │   │   │   │   ├── move_frag_mac.gif
  596. │   │   │   │   ├── move_frag_selected.gif
  597. │   │   │   │   ├── move_frag_selected_mac.gif
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  600. │   │   │   │   ├── move_selected.gif
  601. │   │   │   │   ├── move_selected_mac.gif
  602. │   │   │   │   ├── rotate.gif
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  604. │   │   │   │   ├── rotate_selected.gif
  605. │   │   │   │   ├── rotate_selected_mac.gif
  606. │   │   │   │   ├── selectatom.gif
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  608. │   │   │   │   ├── selectatom_sel.gif
  609. │   │   │   │   ├── selectatom_sel_mac.gif
  610. │   │   │   │   ├── translate.gif
  611. │   │   │   │   ├── translate_mac.gif
  612. │   │   │   │   ├── translate_selected.gif
  613. │   │   │   │   └── translate_selected_mac.gif
  614. │   │   │   └── nucleic_acids
  615. │   │   │   ├── A.mfrag
  616. │   │   │   ├── C.mfrag
  617. │   │   │   ├── CVS
  618. │   │   │   │   ├── Entries
  619. │   │   │   │   ├── Repository
  620. │   │   │   │   └── Root
  621. │   │   │   ├── dna_backbone.mfrag
  622. │   │   │   ├── dna_dihedrals.gif
  623. │   │   │   ├── G.mfrag
  624. │   │   │   ├── rna_backbone_added.mfrag
  625. │   │   │   ├── rna_backbone.mfrag
  626. │   │   │   ├── T.mfrag
  627. │   │   │   └── U.mfrag
  628. │   │   ├── molefacture_balloontext.tcl
  629. │   │   ├── molefacture_builder.tcl
  630. │   │   ├── molefacture_edit.tcl
  631. │   │   ├── molefacture_geometry.tcl
  632. │   │   ├── molefacture_gui.tcl
  633. │   │   ├── molefacture_internals.tcl
  634. │   │   ├── molefacture_state.tcl
  635. │   │   ├── molefacture.tcl
  636. │   │   └── pkgIndex.tcl
  637. │   ├── moltoptools0.1
  638. │   │   ├── moltoptools.tcl
  639. │   │   └── pkgIndex.tcl
  640. │   ├── multimolanim1.0
  641. │   │   ├── multimolanim.tcl
  642. │   │   └── pkgIndex.tcl
  643. │   ├── multiplot1.7
  644. │   │   ├── multiplot.tcl
  645. │   │   └── pkgIndex.tcl
  646. │   ├── multiseq2.1
  647. │   │   ├── colormap_vmd.tcl
  648. │   │   ├── export_options.tcl
  649. │   │   ├── find.tcl
  650. │   │   ├── get_input.tcl
  651. │   │   ├── import_options.tcl
  652. │   │   ├── multiseq.tcl
  653. │   │   ├── phylotree_options.tcl
  654. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  655. │   │   ├── plot.tcl
  656. │   │   ├── select_contactshell.tcl
  657. │   │   ├── select_nrset.tcl
  658. │   │   ├── select_residues.tcl
  659. │   │   ├── stamp_options.tcl
  660. │   │   ├── versions.txt
  661. │   │   └── versions_WIN32.txt
  662. │   ├── multiseqdialog1.1
  663. │   │   ├── download_updates.tcl
  664. │   │   ├── multiseqdialog.tcl
  665. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  666. │   │   ├── scrolledframe.tcl
  667. │   │   └── wait_dialog.tcl
  668. │   ├── multitext1.1
  669. │   │   ├── multitext.tcl
  670. │   │   └── pkgIndex.tcl
  671. │   ├── namdenergy1.4
  672. │   │   ├── namdenergy.tcl
  673. │   │   └── pkgIndex.tcl
  674. │   ├── namdgui1.4
  675. │   │   ├── namdgui.tcl
  676. │   │   ├── namdgui_tclforces.tcl
  677. │   │   └── pkgIndex.tcl
  678. │   ├── namdplot1.2
  679. │   │   ├── namdplot.tcl
  680. │   │   └── pkgIndex.tcl
  681. │   ├── namdserver1.1
  682. │   │   ├── namdserver.tcl
  683. │   │   └── pkgIndex.tcl
  684. │   ├── nanotube1.6
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  687. │   │   ├── nanotube.tcl
  688. │   │   └── pkgIndex.tcl
  689. │   ├── navfly1.0
  690. │   │   ├── navfly.tcl
  691. │   │   └── pkgIndex.tcl
  692. │   ├── navigate1.0
  693. │   │   ├── navigate.tcl
  694. │   │   └── pkgIndex.tcl
  695. │   ├── networkview1.41
  696. │   │   ├── adjacencyMatrix.tcl
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  698. │   │   ├── networkSetup.tcl
  699. │   │   ├── networkViewGui.tcl
  700. │   │   ├── networkView.tcl
  701. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  702. │   │   └── suboptimalPaths.tcl
  703. │   ├── nmwiz1.2
  704. │   │   ├── nmwiz.tcl
  705. │   │   └── pkgIndex.tcl
  706. │   ├── optimization1.3
  707. │   │   ├── optimization.tcl
  708. │   │   └── pkgIndex.tcl
  709. │   ├── palettetool1.0
  710. │   │   ├── palettetool.tcl
  711. │   │   └── pkgIndex.tcl
  712. │   ├── paratool1.6
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  714. │   │   ├── paratool_aux.tcl
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  716. │   │   ├── paratool_components.tcl
  717. │   │   ├── paratool_energies.tcl
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  719. │   │   ├── paratool_intcoor.tcl
  720. │   │   ├── paratool_lists.tcl
  721. │   │   ├── paratool_parameters.tcl
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  723. │   │   ├── paratool_readwrite.tcl
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  727. │   │   ├── paratool_tmcomplex.tcl
  728. │   │   ├── paratool_topology.tcl
  729. │   │   └── pkgIndex.tcl
  730. │   ├── parsefep2.1
  731. │   │   ├── parseFEP.tcl
  732. │   │   └── pkgIndex.tcl
  733. │   ├── pbctools2.8
  734. │   │   ├── pbcbox.tcl
  735. │   │   ├── pbcgui.tcl
  736. │   │   ├── pbcjoin.tcl
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  738. │   │   ├── pbctools.tcl
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  740. │   │   ├── pbcwrap.tcl
  741. │   │   └── pkgIndex.tcl
  742. │   ├── pdbtool1.1
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  745. │   ├── plumed2.7
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  751. │   ├── propka1.1
  752. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  753. │   │   └── propka.tcl
  754. │   ├── psipred1.1
  755. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  756. │   │   └── psipred.tcl
  757. │   ├── qmtool1.3
  758. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  759. │   │   ├── qmtool_analysis.tcl
  760. │   │   ├── qmtool_atomedit.tcl
  761. │   │   ├── qmtool_aux.tcl
  762. │   │   ├── qmtool_charges.tcl
  763. │   │   ├── qmtool_intcoor.tcl
  764. │   │   ├── qmtool_readwrite.tcl
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  766. │   │   └── qmtool.tcl
  767. │   ├── qwikmd1.3
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  769. │   │   ├── Equilibration.conf
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  771. │   │   ├── Minimization.conf
  772. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  773. │   │   ├── QMMM-Ann.conf
  774. │   │   ├── QMMM.conf
  775. │   │   ├── QMMM-Equi.conf
  776. │   │   ├── QMMM-Min.conf
  777. │   │   ├── qwikmd_ballon.tcl
  778. │   │   ├── qwikmd_func.tcl
  779. │   │   ├── qwikmd_info.tcl
  780. │   │   ├── qwikmd_logText.tcl
  781. │   │   ├── qwikmd.tcl
  782. │   │   └── SMD.conf
  783. │   ├── ramaplot1.1
  784. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  785. │   │   └── ramaplot.tcl
  786. │   ├── readcharmmpar1.5
  787. │   │   ├── par_all22_prot.prm
  788. │   │   ├── par_all27_prot_lipid_na.inp
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  791. │   │   ├── par_all36_lipid.prm
  792. │   │   ├── par_all36_na.prm
  793. │   │   ├── par_all36_prot.prm
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  795. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  796. │   │   ├── readcharmmpar.tcl
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  798. │   │   └── toppar_water_ions_namd.str
  799. │   ├── readcharmmtop1.2
  800. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  807. │   │   ├── top_all36_hybrid.inp
  808. │   │   ├── top_all36_lipid.rtf
  809. │   │   ├── top_all36_na.rtf
  810. │   │   ├── top_all36_prot.rtf
  811. │   │   ├── top_amber2charmm.inp
  812. │   │   ├── toppar_all36_carb_glycopeptide.str
  813. │   │   └── toppar_water_ions_namd.str
  814. │   ├── remote0.6
  815. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  826. │   ├── rmsdvt1.0
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  828. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  829. │   │   ├── rmsdvt-gui.tcl
  830. │   │   └── rmsdvt.tcl
  831. │   ├── ruler1.0
  832. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  833. │   │   └── ruler.tcl
  834. │   ├── runante0.2
  835. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  836. │   │   └── runante.tcl
  837. │   ├── runsqm0.2
  838. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  839. │   │   └── runsqm.tcl
  840. │   ├── saltbr1.1
  841. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  842. │   │   └── saltbr.tcl
  843. │   ├── seqdata1.1
  844. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  845. │   │   ├── seqdata_aln.tcl
  846. │   │   ├── seqdata_astral.tcl
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  849. │   │   ├── seqdata_genbank.tcl
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  853. │   │   ├── seqdata_phy.tcl
  854. │   │   ├── seqdata_pir.tcl
  855. │   │   ├── seqdata_scop.tcl
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  857. │   │   ├── seqdata_taxonomy.tcl
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  859. │   │   ├── seqdata_temperature.tcl
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  861. │   ├── seqedit1.1
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  863. │   │   │   ├── blosum100.bla
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  879. │   │   │   └── blosumn.bla
  880. │   │   ├── clustalw_preferences.tcl
  881. │   │   ├── colormap_default.tcl
  882. │   │   ├── consensus_builder.tcl
  883. │   │   ├── customize_groups.tcl
  884. │   │   ├── get_groupname.tcl
  885. │   │   ├── metric_conservation.tcl
  886. │   │   ├── metric_element.tcl
  887. │   │   ├── metric_entropy.tcl
  888. │   │   ├── metric_import.tcl
  889. │   │   ├── metric_insertions.tcl
  890. │   │   ├── metric_mutualinfo.tcl
  891. │   │   ├── metric_percentid.tcl
  892. │   │   ├── metric_selection.tcl
  893. │   │   ├── metric_signatures.tcl
  894. │   │   ├── metric_similarity.tcl
  895. │   │   ├── metric_type.tcl
  896. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  897. │   │   ├── removegaps_options.tcl
  898. │   │   ├── seqedit_preview.tcl
  899. │   │   ├── seqedit.tcl
  900. │   │   ├── seqedit_widget_edit.tcl
  901. │   │   ├── seqedit_widget_select.tcl
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  904. │   │   └── taxonomy_options.tcl
  905. │   ├── solvate1.7
  906. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  910. │   │   └── wat.top
  911. │   ├── ssrestraints1.1
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  914. │   │   └── ssrestraints.tcl
  915. │   ├── stingtool1.0
  916. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  918. │   ├── structurecheck1.2
  919. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  924. │   ├── tablelist5.13
  925. │   │   ├── CHANGES.txt
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  927. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  942. │   │   │   └── tclIndex
  943. │   │   ├── tablelistPublic.tcl
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  945. │   │   └── tablelist_tile.tcl
  946. │   ├── timeline2.3
  947. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  948. │   │   └── timeline.tcl
  949. │   ├── tktooltip1.0
  950. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  951. │   │   └── tktooltip.tcl
  952. │   ├── topotools1.7
  953. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  954. │   │   ├── README
  955. │   │   ├── topoangles.tcl
  956. │   │   ├── topoatoms.tcl
  957. │   │   ├── topobonds.tcl
  958. │   │   ├── topocrossterms.tcl
  959. │   │   ├── topodihedrals.tcl
  960. │   │   ├── topogromacs.tcl
  961. │   │   ├── topohelpers.tcl
  962. │   │   ├── topoimpropers.tcl
  963. │   │   ├── topolammps.tcl
  964. │   │   ├── topotools.tcl
  965. │   │   ├── topoutils.tcl
  966. │   │   └── topovarxyz.tcl
  967. │   ├── torsionplot1.1
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  979. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  980. │   │   ├── rama-cispro.dx
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  986. │   │   └── torsionplot.tcl
  987. │   ├── trunctraj1.5
  988. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  989. │   │   ├── toppar
  990. │   │   │   ├── acepar19.inp
  991. │   │   │   ├── acepar22_prot.inp
  992. │   │   │   ├── acepar27_na.inp
  993. │   │   │   ├── non_charmm
  994. │   │   │   │   ├── par_amber_98.inp
  995. │   │   │   │   ├── par_amber_cornell.inp
  996. │   │   │   │   ├── par_bms_dec03.inp
  997. │   │   │   │   ├── par_opls_aa.inp
  998. │   │   │   │   ├── par_opls_ligand.inp
  999. │   │   │   │   ├── top_amber_cornell.inp
  1000. │   │   │   │   ├── top_bms_dec03.inp
  1001. │   │   │   │   └── top_opls_aa.inp
  1002. │   │   │   ├── par_all22_prot_cmap.inp
  1003. │   │   │   ├── par_all22_prot.inp
  1004. │   │   │   ├── par_all22_sugar.inp
  1005. │   │   │   ├── par_all27_lipid.prm
  1006. │   │   │   ├── par_all27_na_lipid.prm
  1007. │   │   │   ├── par_all27_na.prm
  1008. │   │   │   ├── par_all27_prot_lipid.prm
  1009. │   │   │   ├── par_all27_prot_na.prm
  1010. │   │   │   ├── par_all30_cheq_prot.inp
  1011. │   │   │   ├── param19.inp
  1012. │   │   │   ├── pardna10_22.inp
  1013. │   │   │   ├── par_hbond.inp
  1014. │   │   │   ├── stream
  1015. │   │   │   │   ├── toppar_all22_prot_aldehydes.str
  1016. │   │   │   │   ├── toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str
  1017. │   │   │   │   ├── toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str
  1018. │   │   │   │   ├── toppar_all22_prot_heme.str
  1019. │   │   │   │   ├── toppar_all22_prot_model.str
  1020. │   │   │   │   ├── toppar_all22_prot_pyridines.str
  1021. │   │   │   │   ├── toppar_all27_lipid_cholesterol.str
  1022. │   │   │   │   ├── toppar_all27_lipid_model.str
  1023. │   │   │   │   ├── toppar_all27_na_base_modifications.str
  1024. │   │   │   │   ├── toppar_all27_na_bkb_modifications.str
  1025. │   │   │   │   ├── toppar_all27_na_carbocyclic.str
  1026. │   │   │   │   ├── toppar_all27_na_model.str
  1027. │   │   │   │   ├── toppar_all27_na_nad_ppi.str
  1028. │   │   │   │   ├── toppar_amines.str
  1029. │   │   │   │   ├── toppar_dum_nobel_gases.str
  1030. │   │   │   │   ├── toppar_hbond.str
  1031. │   │   │   │   ├── toppar_prot_na_all.str
  1032. │   │   │   │   └── toppar_water_ions.str
  1033. │   │   │   ├── top_all22_prot_cmap.inp
  1034. │   │   │   ├── top_all22_prot.inp
  1035. │   │   │   ├── top_all22_sugar.inp
  1036. │   │   │   ├── top_all27_lipid.rtf
  1037. │   │   │   ├── top_all27_na_lipid.rtf
  1038. │   │   │   ├── top_all27_na.rtf
  1039. │   │   │   ├── top_all27_prot_lipid.rtf
  1040. │   │   │   ├── top_all27_prot_na.rtf
  1041. │   │   │   ├── top_all30_cheq_prot.inp
  1042. │   │   │   ├── toph19.inp
  1043. │   │   │   └── toprna10r_22.inp
  1044. │   │   └── trunctraj.tcl
  1045. │   ├── utilities1.2
  1046. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1047. │   │   └── utilities.tcl
  1048. │   ├── vdna2.2
  1049. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1050. │   │   └── vdna.tcl
  1051. │   ├── viewchangerender1.8
  1052. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1053. │   │   ├── vcr_gui.tcl
  1054. │   │   └── vcr.tcl
  1055. │   ├── viewmaster2.6
  1056. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1057. │   │   └── viewmaster.tcl
  1058. │   ├── vmddebug1.1
  1059. │   │   ├── debugatomsel.tcl
  1060. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1061. │   │   └── vmddebug.tcl
  1062. │   ├── vmdlite1.1
  1063. │   │   ├── centerMolecule.tcl
  1064. │   │   ├── pkgIndex.tcl
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  1066. │   │   │   ├── 1nqg.pdb
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  1071. │   │   │   ├── CVS
  1072. │   │   │   │   ├── Entries
  1073. │   │   │   │   ├── Repository
  1074. │   │   │   │   └── Root
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  1076. │   │   ├── vmdlite_analysis.tcl
  1077. │   │   ├── vmdlite_graphics.tcl
  1078. │   │   ├── vmdlite_guiProcs.tcl
  1079. │   │   ├── vmdlite_main.tcl
  1080. │   │   ├── vmdlite_sandbox.tcl
  1081. │   │   ├── vmdlite_system.tcl
  1082. │   │   ├── vmdlite.tcl
  1083. │   │   └── vmd.rc
  1084. │   ├── vmdmovie1.9
  1085. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1086. │   │   └── vmdmovie.tcl
  1087. │   ├── vmdprefs1.1
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  1089. │   │   └── vmdprefs.tcl
  1090. │   ├── vmdtkcon1.1
  1091. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1092. │   │   ├── README
  1093. │   │   ├── tkcon-2.3
  1094. │   │   │   ├── ChangeLog
  1095. │   │   │   ├── CVS
  1096. │   │   │   │   ├── Entries
  1097. │   │   │   │   ├── Repository
  1098. │   │   │   │   └── Root
  1099. │   │   │   ├── docs
  1100. │   │   │   │   ├── bindings.html
  1101. │   │   │   │   ├── changes.txt
  1102. │   │   │   │   ├── CVS
  1103. │   │   │   │   │   ├── Entries
  1104. │   │   │   │   │   ├── Repository
  1105. │   │   │   │   │   └── Root
  1106. │   │   │   │   ├── demopic.gif
  1107. │   │   │   │   ├── dump.html
  1108. │   │   │   │   ├── idebug.html
  1109. │   │   │   │   ├── index.html
  1110. │   │   │   │   ├── license.terms
  1111. │   │   │   │   ├── limits.html
  1112. │   │   │   │   ├── nontcl.html
  1113. │   │   │   │   ├── observe.html
  1114. │   │   │   │   ├── perl.txt
  1115. │   │   │   │   ├── plugin.html
  1116. │   │   │   │   ├── procs.html
  1117. │   │   │   │   ├── purpose.html
  1118. │   │   │   │   ├── start.html
  1119. │   │   │   │   ├── style.css
  1120. │   │   │   │   ├── tkcon.html
  1121. │   │   │   │   └── todo.html
  1122. │   │   │   ├── index.html
  1123. │   │   │   ├── README.txt
  1124. │   │   │   └── tkcon.tcl
  1125. │   │   ├── tkcon-modified.tcl
  1126. │   │   └── vmdtkcon.tcl
  1127. │   ├── volmapgui1.1
  1128. │   │   ├── pkgIndex.tcl
  1129. │   │   └── volmapgui.tcl
  1130. │   └── zoomseq1.2
  1131. │   ├── pkgIndex.tcl
  1132. │   └── zoomseq.tcl
  1133. └── t.txt
  1134.  
  1135. 158 directories, 974 files
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