import sys
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord

przeznaczenie_skryptu = """
    1 opis/przeznaczenie skryptu
"""

autor = 'Anna Gabryanczyk'
rok = 'Rok przygotowania: 2018'

print(przeznaczenie_skryptu)
print(autor)
print(rok)

insert_position = int(sys.argv[1])
insert_nucleotide = sys.argv[2]

sequence_file = SeqIO.parse("seq1.fasta", "fasta")
sequence = ''

print(sequence_file, 'length is', len(sequence_file))

if insert_nucleotide not in ['a', 'c', 'g', 't']:
    print('zły rodzaj nukleotydu. Wybierz z listy [a, c, g, t]')
    sys.exit(3)

if len(sequence_file) > 99:
    print('za dluga sekwencja')
    sys.exit(1)

if len(sequence_file) < 1:
    print('za krótka sekwencja')
    sys.exit(2)

for s in sequence_file:
    sequence = s.seq
    break

result_sequence = sequence[0:insert_position] + insert_nucleotide + sequence[insert_position:]
sequence_rectord = SeqRecord(result_sequence, id="gi", description="Przetworzone juz")
SeqIO.write(sequence_rectord, "result.faa", "fasta")