#Miguel Román Sánchez
#IMPORTANTE: ESTE PROGRAMA TOMA DATOS DE LA MATRIZ @ARGV, SUS ARGUMENTOS SON:
#   NOMBRE_DE_FICHERO LONGITUD_DE_VENTANA PASO_DE_VENTANA

open (INPUT, $ARGV[0]);
    @input = <INPUT>;   #recogida de datos del fichero
    chomp (@input);
close INPUT;

#---------------------------------------------------------------------------------------------------------|
    #FRAGMENTO NECESARIO PARA ARCHIVOS CON SECUENCIAS PARTIDAS EN LÍNEAS
for (my $i = 0; $i < @input; $i++) {

    if ($input[$i] =~ /^>/) {   #Si encontramos una cabecera:
        if (defined($line)) {       #Si además teníamos previamente una secuencia:
            push (@format, $line);      #Guardamos la secuencia
            undef $line;                #Reiniciamos la variable temporal que recoge la secuencia
        }
        push (@format, $input[$i]);

    }else{
        $line .= $input[$i];
    }
}
push (@format, $line);
#---------------------------------------------------------------------------------------------------------|


#-------------------------------------------------------------|
    #ESTE BLOQUE SELECCIONA LA ID Y SECUENCIA CON MAYOR %GC
for (my $i = 1; $i < @format; $i+=2) {
    if (gcratio($format[$i]) >= gcratio($winnerSeq)) {
            $winnerSeq = $format[$i];
            $winnerID = $format[$i-1];
            $winnerID =~ s/>//;
        }
}
#-------------------------------------------------------------|
print $winnerID."\n";   # Ahora winnerID tiene la ID de la secuencia con mayor %GC
print ((gcratio($winnerSeq)*100)."\n"."\n");


#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|
    #ESTE BLOQUE MUESTRA LOS PORCENTAJES TRAS PASAR VENTANAS
if (defined($ARGV[1])) {
    $windowL = $ARGV[1];
    }else{
    $windowL = 100;
} #Definición de la longitud de la ventana (default = 100)

if (defined($ARGV[2])) {
    $offset = $ARGV[2];
    }else{
    $offset = 100;
} #Definición del paso de las ventanas (default = 100)

$LNG = length($winnerSeq);
for (my $i = 0; $i < $LNG-$windowL; $i+=$offset) {
    print(gcratio(substr($winnerSeq, $i, $windowL))."\n"); #imprime los porcentajes de GC que va encontrando en cada ventana.
}
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|

#DEFINICIÓN DE LA FUNCIÓN QUE DEVUELVE EL %GC DE UNA STRING
sub gcratio () {
    my ($seq) = @_;
    my $gcCounter;
    $gcCounter = () = $seq =~ /[CG]/gi;

    if (length($seq) != 0) {
        return ($gcCounter/length($seq));
    }else{
        return 0;
    }
}