if (isset($_POST['submit'])) {
$allowed = array('csv');
$filename = $_FILES['file']['name'];
$ext = pathinfo($filename, PATHINFO_EXTENSION);
if (!in_array($ext, $allowed)) {
    $message = 'Archivo invalido, porfavor usa un archivo .CSV!';
} else {

    move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"], "files/" . $_FILES['file']['name']);

    $file = "files/" . $_FILES['file']['name'];

    $query = <<<eof
    LOAD DATA LOCAL INFILE '$file'
     INTO TABLE documento
     FIELDS TERMINATED BY ';'
     LINES TERMINATED BY 'rn'
     IGNORE 1 LINES
    (titulo_documento,proyecto,estado,idioma,num_documento,version,revision,descripcion,fecha,subcategoria,confidencialidad,tipo_documento,acro_usuario,aprobado_por,autorizado_por,revisor,compania,codigo_proyecto)
eof;
    if (!$result = mysqli_query($con, $query)) {
        exit(mysqli_error($con));
    }
    $message = "CSV importado correctamente!";
}
}

drwxrwxrwx. 2 apache apache  4096 jul 21 10:34 files

Can't find file 'files/Documento2.csv'.