import json
import timeit
import functools
import locale

# Подготавливаю словаь и читаю сырые данные из файла
with open("data.json", "r") as read_file:
    jsons = json.load(read_file)

# Мой вариант сортировки
def sorted_json_data(jsons):
    json_list = []

    # Определяю то, какие linkeddata_id есть в сырых данных
    for json in jsons:
        if json_list != json['linkeddata_id']:
            json_list.append(json['linkeddata_id'])

    # Убираю дубликаты
    json_list = set(json_list)

    # Формирую готовый список
    data = []
    for a, json_items in enumerate(json_list):
        data.append([])
        for i, json in enumerate(jsons):
            if json['linkeddata_id'] == json_items:
                data[a].append(
                    {'linkeddata_id': json['linkeddata_id']})

    return data

# Твой вариант сортировки
def old_sorted_json_data(jsons):
  data = [[] for imes in jsons]
  for i, l in enumerate(jsons):
      for r, m in enumerate(l.many.all()):
          data[i].append({
              'linked_data_id': l['linkeddata_id'],
          })

  return data


# Подсчитываем время выполнения сортировки
measure = timeit.Timer(functools.partial(sorted_json_data, jsons))
measure_old = timeit.Timer(functools.partial(old_sorted_json_data, jsons))
print (locale.format_string('sorted_json_data: %f', measure.timeit(100)))
print (locale.format_string('old_sorted_json_data: %f', measure.timeit(100)))