<?
$restIds=$_SESSION['restaurants'];
$restIds=substr($restIds,0,strlen($restIds)-1);

$query="SELECT cli.restaurant_id as id, CONCAT(cli.nombre,' ',cli.sucursal) as nombre FROM s3menudt.clientes cli left join options opt on (opt.restId=cli.restaurant_id) WHERE cli.restaurant_id in ($restIds) and opt.controlCatalogos=1";

$result = $mysqli->query($query);

if (mysqli_num_rows($result)!=0)
{
    ?><label>Sucursal:</label>
    <select name="idSucursal" id="idSucursal"><?
    while($row = $result->fetch_array(MYSQLI_ASSOC))
    {
        if($fst==0 and $_SESSION['idSucursal']==''){
            $_SESSION['idSucursal']=$row['id'];
        }
        echo '<option id="'.$row['id'].'" value="'.$row['id'].'"';
        if($row['id']==$_SESSION['idSucursal']) echo ' selected';
        echo '>'.$row['nombre'].'</option>';

        $fst++;
    }
    ?></select><br><?
}
else{ echo "<script>alert('No hay sucursales configuradas para edición Web.'); window.top.location='../landing/index.php'; </script>"; die(); }
?>
</div>
<?
    $col = $col + 2;
    $jsvars .= 'var idSucursal = $("#idSucursal").val();
    ';
    $params .= 'idSucursal';
    $fsucursalCat = false;
}

elseif($fcatalogos){ ?>
<!-- ++++++++++++ CATÁLOGO ++++++++++++ -->
<div class="col-md-2">
<?

//Creo que tu conexión es $mysqli  ????
$stmt = $dbConnection->prepare('SELECT cli.restaurant_id as id, CONCAT(cli.nombre,' ',cli.sucursal) as nombre FROM s3menudt.clientes cli left join options opt on (opt.restId=cli.restaurant_id) WHERE cli.restaurant_id in ($restIds) and opt.controlCatalogos=1');

$stmt->bind_param('s', $nombre); // 's' especifica el tipo de dato => 'string'

$stmt->execute();

$result = $stmt->get_result();
while ($row = $result->fetch_assoc()) {
    // Hacer cosas seguras :)
}