public class GeraPDF {
    public void rodar () {
        // lógica para gerar o pdf...
    }
}

public class BarraDeProgresso {
    public void rodar () {
        // mostra barra de progresso e vai atualizando ela...
    }
}

public class MeuPrograma {
    public static void main (String[] args) {

        GeraPDF gerapdf = new GeraPDF();
        Thread threadDoPdf = new Thread(gerapdf);
        threadDoPdf.start();

        BarraDeProgresso barraDeProgresso = new BarraDeProgresso();
        Thread threadDaBarra = new Thread(barraDeProgresso);
        threadDaBarra.start();

    }
}

public class GeraPDF implements Runnable {
    public void run () {
        // lógica para gerar o pdf...
    }
}

public class BarraDeProgresso implements Runnable {
    public void run () {
        // mostra barra de progresso e vai atualizando ela...
    }
}

public class GeraPDF extends Thread {
    public void run () {
        // ...
    }
}