$builder->add('name', EntityType::class, [
            'class' => Region::class,
            'choice_label' => 'name_with_type',
            'query_builder' => function (EntityRepository $er) {
                return $er->createQueryBuilder('u')
                    ->orderBy('u.name_with_type', 'ASC');
            },
            'multiple' => true,
            'expanded' => true,
        ])
   //         'choice_name' => function ($entity) {
   //             return $entity->getNameWithType();
   //        },
            ->add('save', SubmitType::class, array('label' => 'Найти'))
        ;
// Это генерит
<input type="checkbox" id="region_form_name_46" name="region_form[name][]" value="46">
// Вылавливаю массив отмеченных чекбоксов
$query = $request->query->get("region_form");
$clinics = $clinicRepository->findByRegionField($query);

// Репозиторий
public function findByRegionField($value)
    {
        return $this->createQueryBuilder('c')
            ->andWhere('c.region IN (:val)')
            ->setParameter('val', $value)
            ->orderBy('c.id', 'ASC')
            ->setMaxResults(10)
            ->getQuery()
            ->getResult()
            ;
    }