<?php
// Configurações
$filename = "seq.fas";


////////////////////////////////////////////////////////////////
// Não mexa daqui em diante! :)
////////////////////////////////////////////////////////////////
$report = array();
$outFile = "";

// Lê arquivo
$filedata = file_get_contents( $filename );

// Separa em linhas
$line = explode("\n", $filedata);

// Pega numero de linhas
$numLines = count( $line );

// Realiza o parsing
for( $i = 0; $i < $numLines; $i++ )
{
    $matches = "";

    if ( preg_match( '/\#(.+) : _(.+)_ \(.+\) : MITOCHONDRION/', $line[ $i ], $matches ) )
    {
        $report[ $match[0] ] = preg_replace( "/ /", "_", $match[1] );
    }
    else if ( preg_match( '/>(.+)\((.+)\)/', $line[ $i ], $matches ) )
    {
        $outFile = $match[1].".fasta";
    }
}