# Import du tableau / Question 1

mydata<-read.table("projet2019.txt",header=T,sep=";",fileEncoding = "UTF-8")
mydata

# Dataset partiel / Question 2

datapartiel<-subset(mydata,algae=="Cystoseira brachycarpa")
datapartiel

View(datapartiel)

# Fonctions moyennes / Question 3

# moyenne79 <- function(datapartiel) {
#   moyenne <- mean(datapartiel["abdce_79"])  #Fonctionne mais peut être optimisé
#   return(moyenne)
# }
# moyenne91<-function(datapartiel){moy=mean(datapartiel$abdce_91)  #Fonctionne mais peut être optimisé
# moy
# }

moyenne <- function(row) {
  return (mean(datapartiel[row,]$abdce_79))
}

mean79 <- function(site) {
  indices <- which(datapartiel$site == site)
  databysite <- datapartiel[c(indices),]$abdce_79
  return (mean(databysite))
  # return (sapply(indices, moyenne))
}
mean91 <- function(site) {
  indices <- which(datapartiel$site == site)
  databysite <- datapartiel[c(indices),]$abdce_91
  return (mean(databysite))
  # return (sapply(indices, moyenne))
}

# Boucles implicites / Question 4

sites <- levels(datapartiel$site) #Récupère les différents sites
results79 <- sapply(sites, mean79)
print(results79)
results91 <- sapply(sites, mean91)
print(results91)


  # Fonctionne pour le moment
meanCity <- sapply(datapartiel[which(datapartiel$site == sites), names(datapartiel) %in% c("abdce_79", "abdce_91")], moyenne79)
meanCity
meanAlga <- sapply(datapartiel[which(datapartiel$site == "Alga"), names(datapartiel) %in% c("abdce_79", "abdce_91")], mean)
meanAlga


dataStFr<-subset(datapartiel,site=="St-François")
dataUrb<-subset(datapartiel,site=="Urb.coast")
dataBiblio<-subset(datapartiel,site=="Biblio.")
dataNat<-subset(datapartiel,site=="Nat.coast")
dataAlga<-subset(datapartiel,site=="Alga")
dataOscel<-subset(datapartiel,site=="Oscellucia")
dataReve<-subset(datapartiel,site=="Revellata")

clodo<-function(datapartiel){ #Fonctionne mais il n'y a pas de boucle implicite
  vecteurCity<-c(moyenne79(dataCity),moyenne91(dataCity))
  vecteurStFr<-c(moyenne79(dataStFr),moyenne91(dataStFr))
  vecteurUrb<-c(moyenne79(dataUrb),moyenne91(dataUrb))
  vecteurBiblio<-c(moyenne79(dataBiblio),moyenne91(dataBiblio))
  vecteurNat<-c(moyenne79(dataNat),moyenne91(dataNat))
  vecteurAlga<-c(moyenne79(dataAlga),moyenne91(dataAlga))
  vecteurOscel<-c(moyenne79(dataOscel),moyenne91(dataOscel))
  vecteurReve<-c(moyenne79(dataReve),moyenne91(dataReve))
  matricesolution<-matrix(c(vecteurCity,vecteurStFr,vecteurUrb,vecteurBiblio,vecteurNat,vecteurAlga,vecteurOscel,vecteurReve),nrow=2,ncol = 8,byrow=FALSE)
  colnames(matricesolution)<-c("City","St-François","Urb.coast","Biblio.","Nat.coast","Alga","Oscellucia","Revellata")
  rownames(matricesolution)<-c("Abondance 1979","Abondance 1991")
  matricesolution
}
graphique<-function(matricesolution){
  mongraphique1<-barplot(matricesolution,main="Abondances de Cystoreira brachycarpa en 1979 et 1991 par site",ylab="Abondance",xlab = "Site",col=c("darkgreen","lightgreen"),beside=T)
  mongraphique1
}
nom<-"Cystoseira stricta"
autrealgue<-function(nom) {
  datapartiel2<-subset(mydata,algae==nom)
  datapartiel2
  dataCity2<-subset(datapartiel2,site=="City")
  dataStFr2<-subset(datapartiel2,site=="St-François")
  dataUrb2<-subset(datapartiel2,site=="Urb.coast")
  dataBiblio2<-subset(datapartiel2,site=="Biblio.")
  dataNat2<-subset(datapartiel2,site=="Nat.coast")
  dataAlga2<-subset(datapartiel2,site=="Alga")
  dataOscel2<-subset(datapartiel2,site=="Oscellucia")
  dataReve2<-subset(datapartiel2,site=="Revellata")
  vecteurCity2<-c(moyenne79(dataCity2),moyenne91(dataCity2))
  vecteurStFr2<-c(moyenne79(dataStFr2),moyenne91(dataStFr2))
  vecteurUrb2<-c(moyenne79(dataUrb2),moyenne91(dataUrb2))
  vecteurBiblio2<-c(moyenne79(dataBiblio2),moyenne91(dataBiblio2))
  vecteurNat2<-c(moyenne79(dataNat2),moyenne91(dataNat2))
  vecteurAlga2<-c(moyenne79(dataAlga2),moyenne91(dataAlga2))
  vecteurOscel2<-c(moyenne79(dataOscel2),moyenne91(dataOscel2))
  vecteurReve2<-c(moyenne79(dataReve2),moyenne91(dataReve2))
  matricesolution2<-matrix(c(vecteurCity2,vecteurStFr2,vecteurUrb2,vecteurBiblio2,vecteurNat2,vecteurAlga2,vecteurOscel2,vecteurReve2),nrow=2,ncol = 8,byrow=FALSE)
  colnames(matricesolution2)<-c("City","St-François","Urb.coast","Biblio.","Nat.coast","Alga","Oscellucia","Revellata")
  rownames(matricesolution2)<-c("Abondance 1979","Abondance 1991")
  matricesolution2
  mongraphique2<-barplot(matricesolution2,main="Abondances de Cystoseira strica en 1979 et 1991 par site",ylab="Abondance",xlab="Site",col=c("darkgreen","lightgreen"),beside=T)
  mongraphique2
}
nom3<-"Cystoseira compressa"
autrealgue(nom3)