Advertisement
Guest User

Khader Shameer

a guest
Apr 27th, 2010
225
Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. # Perl code to report the common region between chromosome regions
  2. # Khader Shameer
  3.    new();
  4.     sub new{
  5.             my @regions = qw(35388351-55114603 37310186-52396773 38511024-48638500 32729632-48638502 17446360-51119526);
  6.             #my @regions = qw(24328000-29166946 25388351-27114603 22310186-25239677 28511024-29638159 23729632-26385029);
  7.             my(@starts, @ends);
  8.             #my @regions = qw(1-20 1-80 10-20 5-25);
  9.                     foreach my $region(@regions)
  10.                                     {
  11.                                     my($start, $end) = split('-', $region);
  12.                                     push @starts, $start;
  13.                                     push @ends, $end;
  14.                                     }
  15.                                              my ($left_max) = reverse sort{$a <=> $b} @starts;
  16.                                              my ($right_min) = sort{$a <=> $b} @ends;
  17.                                                     foreach my $each_region(@regions)
  18.                                                             {
  19.                                                             my ($left, $right) = split('-', $each_region);
  20.                                                             next if $left != $left_max || $right != $right_min;
  21.                                                             print "$left -  $right \n";
  22.                                                             }
  23.             }
Advertisement
RAW Paste Data Copied
Advertisement