LetterExchengerFull

import javax.swing.JOptionPane;

public class LetterExchanger {

    // немножко кода для тестирования, нужную функцию раскомментировать
    public static void main(String[] args) {
        LetterExchanger exchenger = new LetterExchanger();
        String demonstrationString = JOptionPane.showInputDialog("Введите строку:");
        String outputString = exchenger.lowerWithDotToUpper(demonstrationString);
        // String outputString = exchenger.toLowerWithDot(demonstrationString);
        JOptionPane.showMessageDialog(null, outputString);
    }

    /** Этот метод меняет все большие буквы на маленькие с точкой */
    String toLowerWithDot(String inputString) {
        // StringBuilder просто быстрее работает, можно использовать и просто String
        StringBuilder outputBuilder = new StringBuilder();
        // Разбиваем строку на массив символов
        char[] lettersArray = inputString.toCharArray();
        for (int i = 0; i < lettersArray.length; i++) {
            // Если символ в верхнем регистре..
            if (Character.isUpperCase(lettersArray[i])) {
                // добавляем его в результирующую строку, но с точкой, и в нижнем регистре
                outputBuilder.append("." + Character.toLowerCase(lettersArray[i]));
            } else {
                // (а если нет, то просто добавляем)
                outputBuilder.append(lettersArray[i]);
            }
        }
        return outputBuilder.toString();
    }


    // флаг пропуска итерации
    boolean skipNextStep = false;

    /** Этот метод меняет маленькие с точкой буквы на большие */
    String lowerWithDotToUpper(String inputString) {
        // StringBuilder как элемент оптимизации
        StringBuilder outputBuilder = new StringBuilder();
        char[] lettersArray = inputString.toCharArray();
        for (int i = 0; i < lettersArray.length; i++) {
            /*
             * точка и маленькая буква - это два символа, и когда они сливаются в один
             * (большая буква), следующая итерация становится бессмысленной, и её можно
             * пропустить
             */
            if (skipNextStep) {
                skipNextStep = false;
                continue;// пропускаем
            }
            // как только обнаружена точка, и за ней маленькая буква, (и это не конец
            // предложения, а то вообще будет NPE)
            // то этот и следующий символ сливаются в большую букву
            // p.s. кстати, использовать "==" в таком случае вполне правильно, ибо char -
            // это разновидность числа, и не нуждается в equals(), в отличие от String
            if (lettersArray[i] == '.' && (i + 1 < lettersArray.length) && Character.isLowerCase(lettersArray[i + 1])) {
                outputBuilder.append(Character.toUpperCase(lettersArray[i + 1]));
                skipNextStep = true;
            } else {
                // в случае провала любого из условий, символ просто добавляется в строку
                outputBuilder.append(lettersArray[i]);
            }
        }
        return outputBuilder.toString();
    }
}