レコードを電波に乗せると、その周波数に合わせてあったとあるラジオが作動しその脇にいた女性型アンドロイドが起動する
そのアンドロイドはアレックスが頻繁に夢に見たもので、彼女は見張りのエンティティ二体をあっさりと制してしまった
アレックスとヴェラはその光景を幻視し、アレックスは彼女の捜索を訴える
幻視の光景を手掛かりに彼女を発見すると、アレックスは彼女のマインドダンジョンに引き込まれてしまう
曰く、彼女はエンティティが機械の体を授かることで誕生した存在のようだ
その魂は遍く世界で別々の人間として存在しており、ある世界ではサミー、ある世界ではヴェラ、またある世界では職業も人種も多様な才能ある女性と共有されているらしい
彼女はあらゆる世界でアレックスに忠実だった
それは当人曰く、彼がサミーやヴェラをよく気にかけてきたかららしい(しかしアレックスが彼女を傷つけた世界でもやはり忠実らしい)
マインドダンジョンの探索中、人型ロボットを操る謎の日本人男性に襲撃される
エッセンシアでさえ彼については心当たりがないが、推測の範疇では別の世界のアレックスが彼を傷つけたことによる復讐があり得るようだ
(ちなみにその人型ロボットはタイトル画面でも確認できる)
長い旅路の末多くのエンティティのいる広間に出て、彼女はアレックスに語る
彼のいる現実世界は崩壊の危機に瀕しており、唯一被害を減らす手段は人類すべてがソウルスペースに脱出することだと
アレックスは現実の崩壊を食い止めることを訴えるが、エッセンシアはそれを不可能として一蹴する
兎にも角にも現実世界に帰還した二人はヴェラを一人で呼び出し、エッセンシアが一連の事態を説明した
エッセンシアはヴェラと話すことで気が変わったらしく、世界を守るための一歩としてマインドダンジョンで仲間を訓練することを提案する
時は流れて大晦日、長らく失踪していた父と酷似する人物がリビングに現れドアの外に来客がいると告げる
(エンディング分岐)
アレックスが見た外の光景は明らかに破綻を来しており、彼の仲間は平気な様子で年末を祝いに町へ繰り出そうとしていた
エッセンシアが言うには彼らは人格が入れ替わったため世界の危機について忘れてしまったのだという
しかし時計が十二時を回る頃、アレックスの顔を模した一つの巨大隕石が宇宙から降り注ぐ
脅威を前に仲間は記憶を取り戻し決戦に挑むが敵にとどめをさせず仲間は全滅する
アレックスは自宅の残骸に籠もり、ともに生き延びたはずのエッセンシアを想うが彼女は現れない
終末を迎えた世界を捨ててソウルスペースへ脱出し、そこであらゆる世界のアレックス達の拠点に漂着する
彼らはエッセンシアに面倒を見てもらい、島の裏側に回らないよう警告されているようだった
その場所に出向くと数人のアレックスが陣を組み、世界を破壊するために出航する場面に立ち会う(ちなみに彼らに混じって共に世界を破壊することはできるが、止めるのは無理)
アレックスは彼らを尾行することを決め、その旅は百年近くにも及んだ
正気を失いかけた彼は仲間を回想する
(ここはリソースの都合でパズルをボツにしたようだが、それならそれで全部取っ払えばいいのにマップ内で金を拾って店で鍵を買う手抜きギミックがある)
我に返った彼はある世界にたどりつき、その世界のアレックスの魂を持つものに向かいゲームを介して今までの出来事を伝えて助けを求める
それを見た本作のプレイヤーはアレックスと共に戦うことを決意し、彼または彼女の知人友人が新たな仲間となった
一行は隕石に踏み込み、その最奥で共に座すプロト・アレックスとプロト・エッセンシアの二人と出会う
プロト・エッセンシアの魂はヴェラやサミーでなくアレックスの魂を有しており、彼女はプロト・アレックスを滅ぼす手だてを得るためアレックス達を騙していたのである
(しかしヴェラと話すまでの彼女はソウルスペースに逃げる以外頭になく、血の気が多かったのはアレックスの方である)
彼女に従う他なくプロト・アレックスと戦闘になるも敗北し、アレックスは幻視を見る
幻視の中で彼は（Ackkスタジオが昔その制作したTwo Brothersというゲームの主人公の）ロイ・ガーダーと出会い、彼は諦めず戦うよう励ます
その状態でプロト・アレックスに戦いを挑むとゲームオーバーになってしまうため、電源装置の存在に気がついたプレイヤーはアレックスと手分けしてその二つのレバーを同時に引く
プロト・アレックスが言うにはそれを引くとこの場にいるアレックス達はひとりを除いて全滅してしまうらしく、プロト・エッセンシアも二人にやめるよう懇願する
レバーを引いた瞬間プロトらは感電を始め、アレックスも消失しプレイヤーだけがその場に残される

時は戻って大晦日、長らく失踪していた父と酷似する人物がリビングに現れドアの外に来客がいると告げる
(エンディング分岐)
アレックスが見た外の光景は明らかに破綻を来しており、家の前庭の木の陰を見やるとそこにサミーがいた
彼女の職場である新聞社に向かい、アレックスはそこでインターンとして働くことになる
開かずの扉を抜けた先にはketsubanなるNPC群が配置されたままとなっていて、彼らの一人は本作のエンディングが未完成であることに肩を落としていた
アレックスは電話が鳴っていることに気づき、その主はサミーだった
彼女はエッセンシアが自分と同じ魂を持っているというのは嘘だと言い切り、世界を滅ぼさないための唯一の方法はアレックスが自らソウルスペースに脱出することだと語った
アレックスはエレベーターに乗り、ソウルスペースでサミーと再会する