parent_folder
    my_project
        __init__.py
        __main__.py
        models
            __init__.py
            a_model.py
        controllers
            __init__.py
            a_controller.py
        utilities
            __init__.py
            a_utility.py

python -m my_project

<?php
$output=shell_exec('python /path/to/parent_folder -m my_project');
echo "<pre>$output</pre>";
?>