Допустим, есть объект yii2 ActiveRecord, созданный как $model = new Model().

А надо сохранить его в БД вместо существующей записи.

Казалось бы, $model->id = <существующий id> ; $model->save(), но нет.

Надо сделать подготовительную работу:

<?php

// вот эти все хитрые штуки нужны, чтобы сделать из isNewRecord такую запись, как будто
// она была из БД, чтобы отработал нормально save()
$id = ...; // ID существующей в БД записи
$new->setIsNewRecord(false);
$new->setOldAttributes(['id' => $id]);
$new->id = $id;
// и теперь можно сохранять
$new->save();