var _emails = await _context.Email
    .Where(e =>
        e.PersonId == person.Id &&
        person.Emails
            .Where(i => i.Id == e.Id)
            .Count() == 0)
    .ToListAsync();
_context.Email.RemoveRange(_emails);
_context.Person.Update(person);
await _context.SaveChangesAsync();

namespace ProjectNS.Models {
    public partial class Ctx : DbContext {

        public virtual DbSet<Address> Address { get; set; }
        public virtual DbSet<Email> Email { get; set; }
        public virtual DbSet<Person> Person { get; set; }
        public virtual DbSet<Phone> Phone { get; set; }

        protected override void OnModelCreating(ModelBuilder modelBuilder) {
            // Address и Phone пропущены для экономии места (выглядят аналогично)
            modelBuilder.Entity<Email>(entity => {
                // Описание свойств пропущено для экономии места
                entity.HasOne(d => d.Person)
                    .WithMany(p => p.Emails)
                    .HasForeignKey(d => d.PersonId)
                    .HasConstraintName("FK_Email_Person");
            });
            modelBuilder.Entity<Person>(entity => {
                // Описание свойств пропущено для экономии места
                entity.HasOne(d => d.CompanyNavigation)
                    .WithMany(p => p.Person)
                    .HasForeignKey(d => d.CompanyId)
                    .OnDelete(DeleteBehavior.Cascade)
                    .HasConstraintName("FK_Person_Company");
            });
        }
    }
    public partial class Person {
        public int Id { get; set; }
        // ничего особенного
        public ICollection<Address> Addresses { get; set; }
        public ICollection<Phone> Phones { get; set; }
        public ICollection<Email> Emails { get; set; }
    }
    // Address и Phone пропущены для экономии места (выглядят аналогично)
    public partial class Email {
        public int Id { get; set; }
        // ничего особенного
        public int? PersonId { get; set; }
        public Person Person { get; set; }
    }
}

namespace ProjectNS.Controllers {
    public class PeopleController : Controller {
        private readonly Ctx _context;
        public PeopleController(Ctx context) {
            _context = context;
        }
        // Другие методы пропущены для экономии места
        [HttpPost]
        [ValidateAntiForgeryToken]
        public async Task<IActionResult> Edit(int id, [Bind("Id,...,Emails,Phones,Addresses")] Person person) {

            if (id != person.Id) {
                return NotFound();
            }

            if (ModelState.IsValid) {
                try {

                    // Вот здесь начинается "танец с бубном"
                    // для удаления несуществующих сущностей из БД
                    var _emails = await _context.Email
                                 .Where(e =>
                                        e.PersonId == person.Id &&
                                        person.Emails
                                              .Where(i => i.Id == e.Id)
                                              .Count() == 0)
                                    .ToListAsync();
                     _context.Email.RemoveRange(_emails);

                    _context.Person.Update(person);
                    await _context.SaveChangesAsync();
                }
                catch (DbUpdateConcurrencyException) {
                    if (!PersonExists(person.Id)) {
                        return NotFound();
                    } else {
                        throw;
                    }
                }
                return RedirectToAction(nameof(Index));
            }

            ViewData[nameof(Person.CompanyId)] = new SelectList(_context.Company, nameof(Company.Id), nameof(Company.Name), person.CompanyId);
            return View(person);
        }
    }
}

public static IEnumerable<T> Except<T, TKey>(this IEnumerable<T> items,
                                             Enumerable<T> other,
                                             Func<T, TKey> getKey)
{
    return from item in items
           join otherItem in other on getKey(item)
           equals getKey(otherItem) into tempItems
           where !tempItems.Any()
           select item;
 }


var model = new List<Phone>();
model.Add(new Test() {Number = 1);
model.Add(new Test() {Number = 2);
model.Add(new Test() {Number = 3);
model.Add(new Test() {Number = 12);

var source = new List<Phone>();
source.Add(new Test() {Number = 1});
source.Add(new Test() {Number = 2});
source.Add(new Test() {Number = 3});
source.Add(new Test() {Number = 4});

var added = source.Except(model, key=>key.Number);
var deleted = model.Except(source, key=>Key.Number);