SIR-Model-odeint.py

# SIR-Model-odeint.py
# Juhani Kaukoranta 07.03.2020
from scipy.integrate import odeint #diffyht
import numpy as np  # nopeat vektorit, matriisit
import matplotlib.pyplot as plt #plottaus

# diffyhtälöryhmän  sirmodel määrittely
def sirmodel(y,t):
    b = 1.0/2 #parametrit
    k = 1.0/3
    s, i, r = y    # kolme funktiota
    dydt = [-b*s*i, b*s*i - k*i, k*i]  # derivaatat dy/dt
    return dydt

# alkuarvot
y0 = [1, 1.27e-6, 0]
# aikaväli 151 päivää, välillä 0...150,
t = np.linspace(0,150,151)
# ratkaisu
sol = odeint(sirmodel,y0,t)
# plottaukset s,i,r väreillä r,g,b
plt.title('Epidemian kulku')
plt.plot(t, sol[:,0], 'b', label = 's=susceptible')
plt.plot(t, sol[:,1], 'g' ,label = 'i=infected')
plt.plot(t, sol[:,2], 'r' ,label = 'r=recovered')
plt.legend(loc='best')
plt.xlabel('t = päivä')
plt.ylabel('suht osuus')
plt.show()