#とりあえず作った日本のエピカーブ作成のRスクリプトです

library(tidyverse)
library(readxl)

# 定数定義
EXCEL_PATH <- "./positivelist.xlsx"
DATE_BREAKES <- "1 months"
DATE_LABELS <- "%B"

# エクセルファイルを読み込んでエピカーブを描画する
drawEpicurve <- function(filename = EXCEL_PATH) {

  #エクセルファイルから読み込み
  data.frame <- read_excel(normalizePath(filename), sheet="陽性者リスト", range = cell_cols("A:L"))

  # 不明、不詳の類を空白に置換
  data.frame["発症日"] <- lapply(data.frame["発症日"], gsub, pattern="\\W+", replacement = "")
  # エクセルの日時変数をPOSIXctに変換
  data.frame$発症日 <- as.POSIXct('1899-12-30') + as.difftime(as.numeric(data.frame$発症日), units = 'days')

  data.frame %>%
    select(都道府県,　年齢,　発症日) %>%
    gather(key = variable,value = 都道府県, -発症日, -年齢) -> P2

  graph1 <- ggplot(P2,　aes(x　=　発症日))+
    geom_histogram()　+
    scale_x_datetime(date_breaks = DATE_BREAKES, date_labels = DATE_LABELS)　+
    facet_wrap(~ 都道府県)　+
    theme_minimal(base_size = 14, base_family = "HiraKakuPro-W3")

  return(graph1)
}

# 使い方
# drawEpicurve("./hoge/positivelist.xlsx")