from operator import itemgetter
from itertools import islice

# rango de las D columnas de Y más relevantes (mayor varianza)
dia = enumerate(np.diag(Y))
srt = sorted(dia, key=itemgetter(1), reverse=True)
idx = islice(map(itemgetter(0), srt), D)
rng = sorted(idx)

# después
Y[:,rng]
V[:,rng]